Нажимаем комбинацию Alt+F2 и пишем команду

gconftool --recursive-unset /apps/panel

Нажимаем на кнопку Запустить и видим, что нижняя панель тоже исчезла. Теперь нажимаем комбинацию Alt+F1 и видим, что обе панели появились в их первоначальном виде. Остается только настроить их снова под себя.