Иосиф Флавий родился в первый год царствования Гая Калигулы, то есть в 37 году. По отцу он принадлежал к знатному священническому роду (был священником «первой череды»), а его мать происходила из царского рода Хасмонеев-Маккавеев. Что, на первый взгляд, противоречит Вавилонскому Талмуду Бава Батра 3б, где говорится, что из рода Хасмонеев не осталось никого. Однако, это лишь кажущееся противоречие, ибо царские и священнические титулы наследуются у евреев исключительно по мужской линии.

Иосиф получил хорошее образование — как еврейское, так и греческое. В возрасте 19 лет присоединился к фарисеям. В 26 лет (около 64 года) ездил в Рим в качестве защитника нескольких знатных евреев, обвинённых прокуратором Феликсом и отправленных в цепях в Рим. Здесь Иосиф, благодаря еврею Алигуру, придворному актёру Нерона, познакомился с женой Нерона Поппеей и через неё добился для этих евреев освобождения.

 Мощь и культура Римской империи, произвели на молодого Иосифа огромное впечатление. По возвращении в Иерусалим он обнаружил, что евреи готовятся восстать против римского правления. Сознавая опасность борьбы с Римом, Иосиф присоединился сначала к миролюбивой партии фарисеев, однако вскоре ему была поручена оборона Галилеи (северной части Иудеи). Там он набрал около 10 000 войска, укрепил Йотапату (Йодфат), Тивериаду (Тверия), Гамалу (Гамла), Вирсавию(Беэр-Шеву), Тарихею и др. Когда Веспасиан в 67 году вступил в пределы Галилеи, и сильные крепости почти без боя одна за другой переходили во власть римлян, Иосиф с своим отрядом заперся в крепости Йотапата. Однако ни мужество Иосифа и его войска, ни военные хитрости не спасли крепость. Выдержав 47-дневную осаду, Йотапата пала. Сам Иосиф успел вместе с 40 товарищами скрыться в пещере, вход в которую был из глубокой цистерны. Это убежище было открыто, и Веспасиан через военачальника Никанора увещевал Иосифа сдаться, обещая ему полную безопасность. Иосиф согласился, но не мог склонить к тому же своих товарищей, покушавшихся убить его за измену. Тогда он предложил по жребию постепенно умерщвлять друг друга. В конце концов остался в живых только Иосиф с товарищем, которого он убедил отдаться римлянам.

Приведённый в римский лагерь и представленный Веспасиану, Иосиф предсказал ему императорскую власть. Веспасиан первоначально счёл предсказание Иосифа за лукавую выдумку, но, когда узнал о смерти Нерона и Гальбы и о борьбе между Оттоном и Вителлием, поверил Иосифу и осыпал его дарами. Чтобы спасти себе жизнь, Иосиф предложил Веспасиану свои услуги и тот, отправляясь в Рим, оставил Иосифа в свите своего сына Тита в качестве переводчика и дал ему свободу. С того времени Иосиф, стал носить фамильное имя своего господина — «Флавий». Чтобы понять почему это произошло, необходимо знать обычаи Рима, где каждый иноземец, в особенности, иудейского происхождения, воспринимался по традиции и законам империи, как враг, приравненный к лицам вне закона, и убийство и ограбление их не носило никаких правовых последствий, как и убийство и ограбление этих людей и народов во время агрессивных войн, ведомых Римом. Исключение из этого правила составляли «нужные» Риму и его элите (из числа патрициев). Для них в юридическом порядке совершался публичный акт «покровительства» (защиты): иностранцу или вольноотпущеннику давали официальную грамоту типа современного паспорта, в которой указывалось, что данное лицо находится в метрополии (Риме) под покровительством конкретного представителя элиты, и его жизнь и имущество гарантировалось не законом, а этим покровителем, что считалось привилегией, которую могли отобрать в любой момент. Употребление в его имени слова «Флавий» (более правильно «флавиев») не носило характера фамилии, ибо в те времена в Риме всех называли по имени, а говорило о принадлежности к конкретному покровителю.

Во время осады Иерусалима Иосиф несколько раз выступал парламентёром, убеждая своих соотечественников отдаться во власть римлянам, даже «со слезами» умолял их о том. После взятия Иерусалима в 70 году Тит по просьбе Иосифа отдал ему священные книги и освободил 190 человек, запершихся в Храме.

Последние годы своей жизни Иосиф провел при дворе римских императоров. Веспасиан возвёл его в звание римского гражданина, подарил ему поместья в Иудее и дал ему помещение в Риме в своем прежнем дворце. Тит и Домициан продолжали покровительствовать Иосифу Флавию. Год смерти Иосифа Флавия неизвестен. Проводя спокойную жизнь при дворе римских императоров, Иосиф Флавий занялся литературным трудом.

В первом своем сочинении, «Иудейская война», Иосиф Флавий по свежим впечатлениям повествует о войне римлян с евреями и о разрушении Иерусалима, предпослав подробному рассказу об этом событии краткий очерк (1-я и 2-я книги) всего случившегося со времени взятия Иерусалима Антиохом Епифаном до отступления от Иерусалима Цестия Галла, римского наместника Сирии, и разгрома его войск евреями. Эта победа опьянила евреев и послужила первым толчком к серьёзному восстанию против римской власти, история которого и составляет предмет повествования остальных пяти книг.

Другое сочинение Иосифа Флавия, «Автобиография», написано гораздо позднее, в царствование Домициана, о котором есть упоминание в конце этого сочинения. В нём излагаются факты из жизни Иосифа, не вошедшие в состав книг «Иудейской войны», и оно является дополнением как этого последнего сочинения, так и «Иудейских древностей», так что в некоторых кодексах Флавиевых сочинений она присоединяется к 20-ти книгам «Древностей» в качестве последней, 21-й книги. Цель «Автобиографии» — апологетическая: Иосиф Флавий защищает свои распоряжения в должности правителя Галилеи против нападок на него со стороны еврейского историка Юста Тивериадского, секретаря Агриппы II, который в написанной им истории войны иудеев с римлянами обвинял Иосифа Флавия в том, что тот первый положил начало восстанию против римского господства.

Третье произведение Иосифа Флавия — «Иудейские древности», состоящее из 20 глав. Этот труд, охватывающий историю всей еврейской древности — как говорит сам Иосиф в предисловии к нему — предназначался для греков; для них он сделал извлечение из еврейских книг (то есть книг священных). Своим произведением Иосиф Флавий надеялся рассеять те басни, какие сложились о евреях в римском народе и усердно распространялись римскими писателями. Флавий хотел доказать, что и еврейский народ имеет свою историю и притом историю, насчитывающую десятки веков. До 7-й главы XI книги повествование Иосифа Флавия идет параллельно повествованию Талмуда ; затем он продолжает прервавшийся на царствовании Кира библейский рассказ. Его повествование особенно подробным делается с эпохи Птолемеев и Селевкидов. Три последние книги передают события со смерти Ирода Великого до управления Иудеей Гессия Флора.

Кроме перечисленных сочинений, Иосифу Флавию принадлежат ещё две книги «О древности иудейского народа», или «Против Апиона», александрийского грамматика, который был послан александрийскими греками в Рим, где обвинял евреев перед Калигулой в том, что они не чтут его как бога.

В 1-й книге Иосиф Флавий говорит о преимуществах историографии евреев и всех вообще восточных народов перед историографией греков и римлян и обличает Манефона и других историков, писавших о происхождении евреев из Египта. Вторая книга направлена против сочинения Апиона о евреях; здесь Иосиф Флавий защищает Моисея и его законодательство. Как в этом, так и во всех других своих сочинениях Иосиф Флавий отдает предпочтение воззрениям фарисеев.

Историческое значение сочинений Иосифа Флавия заключается, главным образом, в том, что его труды являются почти единственным источником истории евреев начиная с эпохи Маккавеев до завоевания Иерусалима римлянами.

Христианские учители церкви, как Феофил Антиохийский, Климент Александрийский, Тертуллиан, равно и церковные писатели Евсевий, Иероним и другие, с похвалой отзываются об Иосифе Флавие, ссылаясь на него как на признанный авторитет.

В книге Дверности имеется запись о  смерти Иоанна Крестителя (Древн. XVIII, 5, 2), побиения камнями Иакова, брата Господня (Древн. XX, 9, 1), а также распятия Иисуса Христа (Древн. XVIII, 3, 3). 

Ещё в конце XIX века было установлено, что эти главы  являются  вставками позднейшего происхождения (Бруно Бауэр).

Первые сомнения возникли вследствие того, что во вставке Флавий называет Иисуса Христом. Однако имеются свидетельства того, что Флавий не был христианином, а был фарисеем и не считал Иисуса Спасителем. Об этом писал и Ориген. Епископ Агапий бытался возразить, что Флавий лишь передал слова христиан, не обязательно их разделяя, но как мы знаем, даже термина "христианин" в то время, когда писал Флавий ещё не было.

Таким образом Флавий вообще не упоминает о существовании такой яркой личности, как Иисус. Почему?

Теперь, кажется, есть ответ на этот вопрос. Иисус жил на 200 лет раньше, чем жил и писал Иосиф Флавий.