16 июня 1904 года во время занятий с экипажем по погружению из-за несвоевременного закрытия рубочного люка и неадекватного поведения экипажа на поступление через него воды (паника), лодка затонула у западной стенки Балтийского завода. Из 36 человек спастись смогли 24. Авария произошла из-за особенностей конструкции. При заполнении балластных цистерн воздух из них стравливался внутрь лодки и поэтому то люк нужно было закрывать как говориться «в последний момент». 18 июня лодка поднята и после ремонта 15 ноября отправлена во Владивосток для участия в Русско-японской войне. Первый выход в море состоялся 28 февраля 1905 года. Вместе с ПЛ «Сом» и «Касатка», «Дельфин» неоднократно принимал участие в боевом патрулировании в районе бухты Преображения, но встреч с японскими кораблями не было. 5 мая для проведения ремонтных работ на лодке производили вентиляцию (для удаления паров бензина), тем не менее произошёл взрыв и лодка затонула (погиб один человек). При подъеме лодки произошёл взрыв гремучих газов и при следующих подъемах эти взрывы повторялись. Капитальный ремонт лодки закончился в конце 1905 года, уже после окончания Русско-Японской войны. 9 декабря 1914 года при зарядке АБ с транспорта «Ксения» на лодке произошёл взрыв. До мая 1916 года лодка была в составе отряда подводных лодок Сибирской флотилии. 22 мая ПЛ отправили из Владивостока в Вологду по железной дороге, перегрузили на баржу и доставили в Александровск (Полярный). 26 апреля 1917 года из-за небрежного несения вахты при стоянке в порту во время шторма ударами о ПЛ № 1 расшатало сальники рулей, через них стала поступать вода, в результате чего «Дельфин» затонул. 8 августа Морской штаб принял решение лодки не восстанавливать и 10 августа их сдали порту.