Многие программы любят назначать свой запуск при загрузке Windows, что при достаточно большом количество программ приводит к медленной загрузке и уменьшению доступной оперативной памяти.
И папка Автозапуск не единственное место, откуда могут загружаться программы.

Откуда могут загружатся программы:
1. Из папки "Автозапуск" (Startup) для текущего пользователя и всей группы пользователей.
2. Из реестра:
HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnce
HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunServices
HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunServicesOnce
HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon\Userinit
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnce
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunServices
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunServicesOnce
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Windows
Из строк run и load файла %systemroot%\win.ini