Монастырь велик своими послушниками. По преданию, в конце XIV века в Борисоглебском монастыре принял постриг монах Пересвет, который стал позже героем Куликовской битвы, поразив в поединке богатыря Челубея.
Особую известность получил преподобный Иринарх Затворник (преподобный в Православии – достигший подобия Христу), живший в монастыре в конце XVI — начале XVII: сын крестьянина из ростовского села Кондакова, он занимался торговлей, а в 30 лет принял монашеский постриг в Ростовском Борисоглебском монастыре. В нём он обрёк себя на суровое затворничество и 38 лет до смерти не снимал вериг:

142 медных креста, семь наплечных вериг, цепь в 20 сажен, которую он носил на шее, железные ножные путы, восемнадцать ручных оков, „связни“, которые он носил на поясе, весом в пуд, и железная палка, которой он избивал свое тело и прогонял бесов...

 

Келья Преподобного Иринарха в монастырской стене

Каменное строительство началось в монастыре в начале XVI века. Для этой цели в обитель был направлен великого князя мастер "каменный здатель" Григорий Борисов, который, кроме Борисоглебского монастыря и Ростова, предположительно трудился также в Переславле, Кирилло-Белозерском и Ферапонтовом монастырях.
К 1690-м годам сложился цельный архитектурный ансамбль монастыря, который превратился в огромную крепость и с тех пор практически не подвергался значительным изменениям. Правда, мощные стены не уберегли его от захвата польскими войсками, в отличие от Кирилло-Белозерского монастыря.

Сергиевская надвратная церковь, вид из монастыря

Процветанию пришел конец при Екатерине II, которая в 1764 году земельные владения монастыря передала своему фавориту, графу Г. Г. Орлову.

После революции, в 1924 году монастырь был официально упразднён и действовал как музей, филиал Ростовского музея-заповедника. Кроме того, его огромная территория использовалась самыми разнообразными способами — производство, учреждения, общежитие. К счастью, он довольно мало от этого пострадал, а длившиеся около десяти лет в 1980-х—1990-х годах реставрационные работы привели его примерно в то же состояние, в каком он был в конце XVII века.