В семье у Паниных была два ребенка. У Андрея была сестра Нина, которая впоследствии стала экономистом. О своем детстве Андрей рассказывал: «Мне запомнились походы в горы с отцом. Он воспитывал меня довольно жестко. Нагружал рюкзак по самое некуда и в любую погоду мы с ним шагали высоко-высоко. Помню, я уставал, срывался вниз и кувырком летел. А отец только мрачно оглядывался и кричал: «Эй, ты живой? Поднимайся. Идем дальше». Такая закалка мне в жизни очень пригодилась».

После отчисления из пищевого института Андрей поступил в Институт культуры на режиссерский факультет, окончив который продолжил работать в Кемерово режиссером. При этом Панин постоянно хотел переехать в столицу, куда регулярно приезжал покупать джинсы и кроссовки. В Москве Андрей Панин однажды пытался поступить в школу при МХАТе, но его туда не приняли, обратив внимание на дефект речи. К тому, что с первого раза не удалось поступить в институт, Панин отнесся философски: «Я нескромно скажу: понять, гениален абитуриент или обычная серость, с первого раза нельзя. Это все равно что ты – дилетант – пойдешь искать бриллианты. Люди привыкли, что бриллианты должны блестеть, и поэтому с легкостью проходят мимо неограненных невзрачных алмазов. Искать жемчужные зерна должны специально обученные профессионалы. Внешность не главное. Пусть наивным девочкам нравится Ален Делон». После неудачи во МХАТе Панин занялся исправлением дефекта дикции. По признанию друзей он три года ходил с камешками во рту, буквально переламывая себя ради достижения идеальной актерской дикции. Критически отнеслись экзаменаторы и к внешности Панина, порекомендовав идти Андрею со своими внешними данными в рабочие.
С 1983-го по 1984-й год Андрей работал в студенческом театре-студии «Встреча», где вел студию пантомимы. Эта студия просуществовала 2 года. «Андрей всегда был очень крепким, спортивным, - вспоминал однокурсник актёра, его близкий друг Сергей Сергеев, - Он, казалось, рожден был для сцены. Было очевидно, что он очень, очень талантлив, несмотря на то, что у Панина были проблемы с дикцией. Мы с ним вместе играли в первом студенческом спектакле, это был «Сашка» по повести Кондратьева. Этот спектакль ставил не Глухов, а Казаринов. Это был своего рода прорыв, спектакль о войне глазами простых, рядовых солдат. Так вот, я играл Сашку, а Андрею досталась роль солдата, у которого ампутированы руки и ноги. И, несмотря на то, что реплик у него было немного, да и сидеть ему пришлось в полутемном подвале, спелёнанным по рукам и ногам, он сумел так сыграть, что… мороз по коже! Все зрители рыдали…».

Для Андрея Панина театр-студия «Встреча» при Кемеровском госуниверситете запомнился навсегда. «Мне очень приятно это осознавать, - рассказывала впоследствии руководитель театра-студии «Встреча» Ирина Петрова, - Три года назад Андрей… приехал к нам в театр, где была совершенно потрясающая, непринужденная встреча с актером. И тогда он сказал всем нам: «Нет ничего лучше студенческого театра, где все – единомышленники, и играют для себя, для души». Тогда же он сказал, что его роль в «Альпийской балладе» - это его самая любимая роль. Я тоже была задействована в этом спектакле, но не на сцене – я «сидела на звуке», и помню прекрасную игру Панина. И еще помню, что та студия пантомимы, которую вел Панин, даже в те годы была замечена на международном уровне. Как-то сюда приезжали по обмену иностранные преподаватели и студенты, а потом фото Панина мы увидели в одной из японских газет».Первым местом работы Панина стал Минусинский театр. Но Панин считал, что его судьбой должна стать работа в Москве, а не в провинции, и после работы в Минусинском театре Андрей переехал в столицу, где снова предпринял попытку поступить в Школу-студию МХАТа. Это ему удалось с четвертой попытки. О своем поступлении Панин рассказывал: «Я обозлился. Не принимаете? Ну, я вам сейчас покажу. В какой-то момент я понял, что на конкурсной основе могу разрывать людей на части. Потому что я серьезный, опытный боец. Я остро почувствовал цель. А мне почувствовать цель - сложнее, чем потом ее достичь. Когда она поставлена - все. Я добьюсь. При этом могу долго ее не ставить и в задумчивости сидеть на берегу реки, наблюдая, как мимо плывут головы моих врагов».

Фильмография Панина началась с картины «По прямой», снятой в 1992 году. Славы эта роль Панину не принесла, но доказав свою профессиональную пригодность, актер через пять лет смог реализоваться в картине «Мама, не горюй!», замеченной зрителями. В компании с Ниной Руслановой, Иваном Бортником и Евгением Сидихиным актер чувствовал себя уверенно. Режиссер фильма разрешил Панину встроить роль самостоятельно, так, как она виделась самому Андрею. И получилось это у Панина, по мнению режиссера Максима Пежемского, просто замечательно.Фактически, путь Панина к признанию и славе занял семь лет после окончания Школы-студии МХАТа. Однажды своего земляка случайно встретил Евгений Гришковец и в беседе Панин признался, что едва сводит концы с концами из-за очень низкого заработка в театре. Фактически актер шел к своей цели через нищету и неустроенность, но при этом не сдавался, верил в успех и в то, что сможет сполна реализоваться на актерском поприще.В 1998 году был снят телевизионный сериал «Чехов и Ко» по рассказам этого великого русского писателя. В ролях был задействован цвет российской актерской школы, в том числе и Андрей Панин. Дальнейшая фильмография Андрея Панина не раз удивляла зрителей и критиков своей многогранностью. Очень яркий персонаж был сыгран Андреем Паниным в фильме «24 часа». В 2000 году вышел на экраны фильм с участием Андрея Панина «Свадьба», получивший в том же году приз на Каннском фестивале. Нельзя обойти вниманием фильм, который принес актеру поистине массовую популярность – «Бригада», где Панину досталась роль милиционера.

Были и другие роли, благодаря которым раскрылся многогранный талант Панина - Вагит Валиев в фильме «Бой с тенью», роль отца главного героя в фильме «Шик», за которую Панин получил премию «Ника», и роль майора Агапова в «Трио». Яркие образы, удачно воплощенные Андреем Паниным, надолго запоминались зрителям. «Он знал эту жизнь прекрасно. То его сибирское прошлое, его приключения юности и молодости, он так хорошо знал 90-е, он так активно их прожил в разных слоях… Ни когда он не смог бы сыграть этих персонажей, которые мы знаем и любим в кино, если бы он не знал так хорошо эту жизнь», - рассказывал Евгений Гришковец.В интервью Андрей Панин особенно отмечал работу во время съемок сериала «День рождения Буржуя 2». Ему понравилась сплоченность коллектива и слаженность всей работы, умение участников съемочной группы быстро находить общий язык друг с другом. Эти качества были очень ценимы актером. «Режиссер там просто потрясающий, он сам актер и прекрасно понимает специфику профессии. Его и на площадке-то не видно было. Он ни с кем не спорит, все тихо-мирно», — рассказывал Андрей. Он также отмечал свою роль в фильме «24 часа»: «Роль в этом фильме была первой моей большой по объему актерской работой в кино. Фильм не прозвучал настолько, насколько хотелось бы, потому что тогда случился дефолт. Какое-то время это был единственный фильм, работа над которым продолжалась на постсоветском пространстве – просто уже имелись проплаты. Но позже процесс застопорился, а потом вышел хороший фильм «Брат», собравший все лавры. Если бы не обстоятельства, то «24 часа» могли бы с ним посоревноваться».

Наравне с участием в таких телевизионных сериалах, как «Каменская» и «День рождения Буржуя», Андрей был востребован в экранизациях серьезных литературных произведений, в числе которых были «Шукшинские рассказы» и булгаковские «Записки земского врача» («Морфий»). Эти работы стали настоящими творческими удачами Панина, великолепный исходный материал позволял раскрыть мастерство и талант актера в полной мере. В фильме «Доктор Живаго» режиссера Александра Прошкина Андрей Панин снялся бесплатно, заменив актера, который не смог приехать на съемки. По словам Прошкина Панин за ночь освоил огромный объем текста. Хотя обычно к гонорарам Андрей относился очень внимательно. В интервью он рассказывал: «К материальным благам я стал внимательно, если не сказать трепетно, относиться еще во время работы во МХАТе имени Чехова, когда зарплата артиста составляла 100 рублей. Но это еще полбеды. Ведь у нас был целый отдел, который занимался отслеживанием левых заработков артистов. Ведь с каждого гонорара актер должен был отдать родному театру «десятину». Мы создали профсоюз молодых артистов, это было еще при жизни Олега Ефремова, серьезно мы тогда повздорили, и я решил, что на вольных хлебах чувствую себя более защищенным и довольным собой и миром. Мне нравится распоряжаться самим собой. Это риск, который здорово подстегивает. Заставляет крутиться, развиваться».

Особо выделялась в фильмографии Панина роль Порфирия Петровича из произведения Достоевского «Преступление и наказание». О работе над этой ролью Андрей Панин рассказывал: «Очень любопытно и очень опасно. Все-таки Достоевский выплескивал на бумагу все, что у него на душе было, не заботясь о том, как его будут экранизировать. Сложно в сериальном формате это воплотить. Я играл Порфирия Петровича, и у меня было всего три сцены. Каждую из них в театре репетировали бы месяц. А мы снимали неделю – напряжение дикое». Однако не только роли в известных классических произведениях обеспечили Андрею Панину успех у зрителей и критиков. В фильме «Водитель для Веры» Андреем Паниным был создан феноменально яркий образ сотрудника КГБ. Роли злодеев в кино давались актеру легко и убедительно. Растущей популярности способствовали и другие фильмы с участием Андрея Панина. Он был задействован в съемках многих сериалов, в числе которых были сериалы «Граница», «Отрыв» и «Журов». Умение создавать яркие и выразительные образы было признаком настоящего мастерства, и это неизменно проявлялось во всех работах Панина. Актер часто работал на износ, мог в один день сниматься одновременно в нескольких картинах, его не останавливали болезни и плохое самочувствие. «Андрей не берег себя. Он жил, как играл – наотмашь. Не было ощущения никаких тормозов», - рассказывал Виктор Гинзбург.

Панин трижды снялся в фильмах режиссера Карена Шахназарова – в том числе в роли Чезаре Борджиа в картине «Яды, или всемирная история отравлений» в 2001 году и в роли Бориса Савинкова в картине «Всадник по имени Смерть» в 2004 году.

Удачными получилась роли Панина в фильмах «Высоцкий. Спасибо, что живой» и «Кандагар». Андрей Панин попробовал себя в качестве режиссера телевизионного сериала «Полный, вперед!». О работе над этим сериалом Андрей рассказывал: «В основе этого сериала лежит цепь случайностей. Денис Евстигнеев и Ираклий Квирикадзе думали над тем, чтобы снять мелодраматическую комедию, доброе кино. Вспомнили фильм «Верные друзья». Из той истории взята мысль о том, что порой бывает очень нужно бросить грешную жизнь, отрешиться от суеты и попытаться ответить на вопрос: Куда ты идешь? Евстигнеев мне сказал: А почему тебе не снять этот фильм? Затем при встрече с Александром Галиным обмолвился об этой идее, и тот с радостью согласился написать сценарий. Это не римейк, а микс, что-то среднее между «Верными друзьями» и «Трое в лодке, не считая собаки». От «Верных друзей» там осталась только сама идея: люди бегут от нервов, пытаются вернуться назад, в свое детство, к чему-нибудь настоящему и чистому. Съемки на воде были, естественно, связаны с разными казусами. Оказалось, чтобы управлять плотом, требуется мастерство. И хотя все происходило под строгим руководством профессиональных плотогонов, не обошлось без экстрима. В первый же день на первом же повороте плот сел на мель. Спрыгнуть с плота было нельзя, тем более что вместе со взрослыми был маленький сын Назарова - его хотели прокатить заодно. Снять с мели тоже было не так просто - работы на полдня, ведь плот огромный. И только, наконец, снялись с мели, как въехали мачтой в линию электропередачи. Треск стоял страшный».

Андрей очень любил рисовать. О своем увлечении он не любил говорить и рисовал без претензии на профессионализм. О том, что он мог часами сидеть в комнате за любимым делом, знали только самые близкие, но и они до конца не понимали смысл его рисунков.

Но впоследствии художественная ценность картин Панина была подтверждена специалистами: «Эти работы сделаны на высоком профессиональном, качественном уровне, это не любительские работы. В картинах художника Панина столько же художественной ценности, сколько и в работах Панина-актёра и Панина-режиссёра», — таким было мнение искусствоведа Елизаветы Земляновой.

Андрей Панин трагически ушел из жизни 6 марта 2013 года на самом пике своей творческой карьеры. Судмедэксперты, исследовавшие тело актёра, пришли к выводу, что получить такие раны случайно невозможно, и что актёр был убит. Тело Панина было обнаружено около 11 часов утра 7 марта 2013 года в квартире дома на Балаклавском проспекте в столице. В эту квартиру Андрей часто приезжал на отдых после съемок, в то время как семья жила в доме за чертой города. Одной из выдвигавшихся причин смерти был несчастный случай. Актёр был обнаружен лежащим на полу, и, как полагали поначалу специалисты, он упал с высоты собственного роста и ударился головой. Первой предварительной причиной его смерти была потеря крови, однако на следующий день после загадочной смерти Панина судмедэксперты пришли к выводу, что перед смертью артист был жестоко избит, его лицо было изуродовано, в ранах были найдены осколки стекла, а на коленях — гематомы. Согласно источникам из судмедбюро, Панин, скорее всего, сопротивлялся и ранил убийцу. Странные звуки и стоны слышали соседи, не уделив им должного внимания. По сообщению официального представителя СК РФ Владимира Маркина, следователи возбудили уголовное дело по факту смерти актёра Андрея Панина в Москве. Дело возбуждено по части 4 статьи 111 УК РФ (причинение тяжкого вреда здоровью, повлёкшее по неосторожности смерть потерпевшего). Буквально за несколько часов до трагической гибели актера академия кинематографических искусств России объявила номинантов на ежегодную премию «Ника», среди которых был и Андрей Панин – за лучшую мужскую роль в фильме «Искупление» (второго плана). Прощание с актёром прошло 12 марта 2013 года в Московском Художественном театре имени А.П.Чехова. После гражданской панихиды состоялось отпевание в храме Николая Чудотворца в Троекурове.

Андрей Панин был похоронен на Троекуровском кладбище рядом с Владиславом Галкиным.