Угрозы балансу солености могут представлять увеличение заиливания притоков водораздела озеро Натрон и планируемая гидроэлектростанция на озере Эвасо Нгиро. Хотя планы развития включают строительство плотины в северном конце озера, чтобы содержать пресную воду, угроза растворения соленой части озера все еще остается серьезной. Пока что нет никакой формальной защиты соленой части озера.

Новую угрозу Озеру Натрон представляет предложенное развитие завода по производству поташа на его берегах. Завод накачал бы воду от озера и извлек бы карбонат калия, чтобы преобразовать его в стиральный порошок. Строительство завода обеспечило бы жильем более чем 1000 рабочих завода и угольной электростанции, обеспечивающий энергию комплекса завода. Кроме того, разработчики могут использовать гибридную артемию, чтобы увеличить эффективность извлечения.

Согласно Крису Мэджину, сотруднику RSPB по Африке, "Шансы малых фламинго на продолжение размножения перед лицом такого погрома на нуле. Такое развитие событий может привести к исчезновению малых фламинго в Восточной Африке". В настоящее время, группа, состоящая из пятидесяти восточноафриканских экологов, управляет международной кампанией, имеющей целью остановить запланированное строительство фабрики по производству поташа компании Tata Chemicals Ltd (Индия) и Национальной строительной корпорации Танзании.

В июне 2008 года Tata Chemicals из-за Рамсарской конвенции отказалась возобновлять строительство фабрики.

Из-за уникального биоразнообразия Бассейн Озера Натрон был принят в Список заболоченных мест международного значения Рамсарской конвенции 4 июля 2001. Озеро также входит в Всемирный фонд дикой природы региона Восточная Африка.