Вулкан не имеет опознаваемого горного профиля, но вместо этого имеет форму большого вулканического кратера. Знаменит катастрофическим извержением 19 февраля 1600 года, которое было сильнейшим извержением вулкана за всю историю Южной Америки.

Huaynaputina не похож на гору — скорее он представляет собой большой вулканический кратер.

Извержение началось 19 февраля 1600-го и длилось до 6 (по другим данным — 15) марта. Васкез де Эспиноса в «Кратком очерке и описании Вест-Индии» упоминает этот случай. Сила извержения составила VEI-6 (по шкале вулканических извержений это предпоследняя позиция). Извержение Huaynaputina было сильнейшим извержением за всю историю Южной Америки и одним из самых сильных в мировой истории.

При извержении образовалось около 30 кубических километров вулканического пепла, язык из горячего газа, пепла и камней прошел 13 км на восток и юго-восток, сель разрушил несколько деревень и достиг побережья Тихого океана, находящегося в 120 км от вулкана. Вулканический пепел и землетрясения, вызванные извержением, серьезно повредили города Арекипы (70 км на запад) и Мокегуа.

Вулканический пепел наблюдали в радиусе 250—500 км — на юге Перу, севере современного Чили и западе современной Боливии. Местное сельское хозяйство смогло оправиться только спустя 150 лет после извержения.

Извержение серьезно повлияло и на климат Северного полушария. Huaynaputina называют одной из причин так называемого Малого ледникового периода — наиболее холодного по среднегодовым температурам периода в истории Земли за последние 2000 лет. 1601-й стал самым холодным годом за предыдущие шесть столетий. «Вулканическая зима» привела к страшному голоду в России. За 2,5 года (1601—1603) только в одной Москве в братских могилах было погребено 127 000 тел. По оценкам историков, этот голод унес два миллиона жизней и, вероятно, привел к свержению Бориса Годунова. Таким образом, извержение Huaynaputina стало поворотным моментом в российской истории.