Необходимо обратить внимание на правильность в понимании выражения «сущую Богородицу». Здесь отнюдь не имеется в виду, что Богородица существовала всегда или же имеет самодостаточное бытие. Последние два свойства (существования вечного и самобытного) относятся только к Богу, который на вопрос Моисея о Своем имени ответил: «Я есмь сущий» - «Его ими о Он» (Исх. 3:14). В греческом тексте песнопения стоит: «тин онтос Феотокон сэ мегалиномен» - «сущую Богородицу, Тя величаем». «Онтос» - это наречие (что видно по букве «омега» перед «сигма»), которое можно перевести так: «существенно, по-существу, по-настоящему». Тогда смысл всей фразы: «Мы величаем Тебя, по-настоящему Богородицу» - то есть как настоящую, истинную Богородицу.

Поскольку во времена св. Косьмы продолжался период иконоборчества, а борьба против икон своими корнями уходила в монофизитство (утверждение, что божественная природа во Христе полностью поглотила человеческую), то важно было подчеркнуть реальность человеческой природы Христа. А это возможно сделать, указав на Его рождение по плоти от Девы Марии, которая в таком случае должна быть названа истинной Богородицей.

Видимо, уже в скором времени после написания песнь «Честнейшую Херувим» стала использоваться как припев к 9-й библейской песни на канонах «Величит душа моя Господа» (изначально и на протяжении долгого времени каноны исполнялись - и писались - вместе с 10-ю библейскими песнями. Подробнее о библейских песнях на канонах см.: [2, II, с. 258; 4]). Позже «Честнейшую» вместе с «Достойно есть» - которая была составлена, может быть, по образцу «Достойно и праведно есть» [2, III-47] - стала использоваться как песнопение на литургии, причем на важнейшей части литургии, после евхаристического канона, - чтобы подчеркнуть важность почитания Девы Марии как истинной, «сущей» Богородицы.
http://www.sinai.spb.ru/dy/hymn.html