В русских словарях слово «кофе» было зафиксировано с 1762 года. Но в широкое употребление оно вошло значительно раньше: в Петровскую эпоху (причем в форме кофе, кафе, но чаще кофий, кофей). Первоисточником, скорее всего, является арабское слово, обозначающее тропическое вечнозеленое дерево. Из арабского оно пришло и в турецкий, и в афганский языки. В русском языке слово кофе восходит, вероятно, к голландскому koffie - «кофе».
Русский лингвист, создатель первой стилистической грамматики русского языка В. И. Чернышев писал в начале 20 века: «Иностранные, несклоняющиеся слова на -а, -е, -и, -о, -у, означающие предметы неодушевленные единственного числа, употребляются обычно в среднем роде». Среди приведенных им примеров есть и «черное кофе». Но далее В. И.Чернышев пишет, что некоторые авторы предпочитают употреблять такие слова в мужском роде согласно с французским языком, из которого они были заимствованы. Так, у Ф. М. Достоевского можно встретить: «…прихлебывал свой кофе», а у А. С. Пушкина: «…свой кофе выпивал». Да и сам Чернышев склоняется на сторону классиков.
В словарях, учебных пособиях род слова кофе всегда сопровождался специальными пометками. Толковый словарь русского языка под редакцией Ушакова рекомендовал мужской род, но при этом не исключался и средний (предлагаемый в качестве разговорного варианта). Словарь С. И. Ожегова долго рекомендовал употреблять это слово в мужском роде.
Между тем и форма среднего рода не была забыта. Словарь-справочник К.С. Горбачевича указывает, что «в современной разговорной речи широко встречается употребление слова кофе в среднем роде».
Наконец, в 2009 году Министерство образования обновило список официальных словарей и справочников. А в них слово «кофе» оказалось среднего рода. Теперь можно произносить в приличном обществе словосочетания типа «горячее кофе», не боясь прослыть невеждой и деревенщиной.
Но, тем не менее, большинство филологов настаивают на употреблении кофе в мужском роде. Сравните «бодрящее кофе» и «бодрящий кофе». На каком из вариантов язык спотыкается?