Таинственная книга, написанная около 500 лет назад неизвестным автором, на неизвестном языке, с использованием неизвестного алфавита.
Рукопись Войнича пытались расшифровать множество раз, но до сих пор без всякого успеха. Она стала Святым Граалем криптографии, но совсем не исключено, что рукопись есть лишь мистификация, бессвязный набор знаков.
Книга названа в честь американского книготорговца литовского происхождения Вилфрида Войнича (мужа известной писательницы Этель Лилиан Войнич, автора «Овода»), который приобрёл её в 1912 году. Сейчас она хранится в Библиотеке редких книг Байнеке (Beinecke Rare Book And Manuscript Library) Йельского университета.

В книге около 240 страниц тонкого пергамента. На обложке нет никаких надписей или рисунков. Размеры страницы — 15 на 23 см, толщина книги — меньше 3 см. Пробелы в нумерации страниц (которая, видимо, моложе самой книги) указывают на то, что некоторые страницы были утеряны ко времени обретения книги Вилфридом Войничем. Текст написан птичьим пером, им же выполнены иллюстрации. Иллюстрации грубовато раскрашены цветными красками, возможно, уже после написания книги.

За исключением завершающей части книги, на всех страницах есть картинки. Судя по ним, в книге несколько разделов, разных по стилю и содержанию:
* «Ботанический». На каждой странице находится изображение одного растения (иногда двух) и несколько абзацев текста — манера, обычная для книг европейских травников того времени. Некоторые части этих рисунков — увеличенные и более чёткие копии набросков из «фармацевтического» раздела.
* «Астрономический». Содержит круглые диаграммы, некоторые из них с луной, солнцем и звёздами, предположительно астрономического или астрологического содержания. Одна серия из 12 диаграмм изображает традиционные символы зодиакальных созвездий (две рыбы для Рыб, бык для Тельца, солдат с арбалетом для Стрельца и т. д.). Каждый символ окружён ровно тридцатью миниатюрными женскими фигурами, большинство из которых обнажены, каждая из них держит надписанную звезду. Последние две страницы этого раздела (Водолей и Козерог, или, условно говоря, — Январь и Февраль) были утеряны, а Овен и Телец разделены на четыре парные диаграммы с пятнадцатью звёздами в каждой. Некоторые из этих диаграмм расположены на вложенных страницах.
* «Биологический». Плотный неразрывный текст, обтекающий изображения тел, главным образом обнажённых женщин, купающихся в прудах или протоках, соединённых скрупулёзно продуманным трубопроводом, некоторые «трубы» чётко принимают форму органов тела. У некоторых женщин на головах короны.
* «Космологический». Другие круговые диаграммы, но непонятного смысла. Эта секция также имеет вложенные страницы. Одно из таких вложений размером в шесть страниц содержит некое подобие карты или диаграммы с шестью «островами», соединёнными «дамбами», с замками и, возможно, вулканом.
* «Фармацевтический». Множество подписанных рисунков частей растений с изображениями аптекарских сосудов на полях страниц. В этом разделе также есть несколько абзацев текста, возможно, с рецептами.
* «Рецептный». Раздел состоит из коротких абзацев, разделённых цветкообразными (или звездообразными) пометками.

Так как алфавит манускрипта не имеет визуальной схожести ни с одной известной системой письма и текст до сих пор не расшифрован, единственная «зацепка» для определения возраста книги и её происхождения — иллюстрации. В частности, — одежды и убранство женщин, а также пара за́мков на диаграммах. Все детали характерны для Европы периода между 1450 и 1520 годами, так что рукопись чаще всего датируется именно этим периодом. Это косвенно подтверждается и другими признаками.
Самым первым точно известным владельцем книги был Георг Бареш (Georg Baresch), алхимик, живший в Праге в начале XVII века. Бареш, по-видимому, был также озадачен тайной этой книги из его библиотеки. Узнав, что Атанасиус Кирхер (Athanasius Kircher), известный иезуитский учёный из Римской Коллегии (Collegio Romano), опубликовал коптский словарь и расшифровал (как тогда считалось) египетские иероглифы, он скопировал часть рукописи и послал этот образец Кирхеру в Рим (дважды), прося помочь расшифровать его. Письмо Бареша 1639 года Кирхеру, обнаруженное уже в наше время Рене Цандбергеном (Rene Zandbergen) — самое раннее известное упоминание о Рукописи.
Осталось невыясненным, ответил ли Кирхер на просьбу Бареша, но известно, что он хотел купить книгу, однако Бареш, вероятно, отказался её продать. После смерти Бареша книга перешла его другу — Иоганну Маркусу Марци (Johannes Marcus Marci), ректору Пражского университета. Марци предположительно отослал её Кирхеру, своему давнему другу. Его сопроводительное письмо 1666 года до сих пор прикреплено к Рукописи. Среди прочего, в письме утверждается, что её первоначально купил за 600 дукатов император Священной Римской империи Рудольф II, который считал книгу работой Роджера Бэкона.
Дальнейшие 200 лет судьбы Рукописи неизвестны, но наиболее вероятно, что она хранилась вместе с остальной перепиской Кирхера в библиотеке Римской коллегии (ныне Григорианский университет). Книга, вероятно, там и оставалась, пока войска Виктора Эммануила II не захватили город в 1870 году и не присоединили Папское государство к Итальянскому королевству. Новые итальянские власти решили конфисковать у Церкви большое количество имущества, в том числе и библиотеку. Согласно исследованиям Ксавьера Чеккальди (Xavier Ceccaldi) и других, перед этим множество книг из университетской библиотеки были спешно перенесены в библиотеки сотрудников университета, имущество которых не конфисковывалось. Переписка Кирхера была среди этих книг, а также, очевидно, там была рукопись Войнича, так как до сих пор книга несёт на себе экслибрис Петруса Бекса (Petrus Beckx), в то время главы иезуитского ордена и ректора университета.
Библиотека Бекса была перенесена на виллу Мондрагон во Фраскати (villa Borghese di Mondragone a Frascati) — большой дворец близ Рима, приобретённый обществом иезуитов в 1866.
В 1912 году Вилфрид Войнич приобрёл 30 рукописей, среди прочего и ту, которая сейчас носит его имя. В 1961 году, после смерти Войнича, книга была продана его вдовой Этель Лилиан Войнич (автором «Овода») другому книготорговцу Хэнсу Краусу (Hanse P. Kraus). Не найдя покупателя, в 1969 году Краус подарил манускрипт Йельскому Университету.