Причин, из-за которых может пропасть рассада, несколько.

1. Частые поливы. Иногда в стремлении побыстрее вырастить рассаду, мы начинаем ее часто поливать. Это может привести к загниванию корня и к развитии такого заболевания, как черная ножка. Растения просто падают, иногда за одну ночь. Помочь в этом случае уже ничем нельзя. Нужно садить заново. В качестве профилактики рекомендуется перед посадкой семян пролить землю крепким раствором марганцовки. Для предотвращения загнивания почвы на дне емкости для рассады проделывают отверстия для стока лишней воды. Если грунт покрылся белым налетом (плесенью), необходимо посыпать его пеплом (золой), поставить в теплое место для того, чтобы грунт мог подсохнуть, после чего взрыхлить землю, а поливать только по мере необходимости, то есть когда высохнет. 
2. Недостаток света. Если рассада посеяна в феврале или начале марта, когда еще короткий световой день, то молодые растения могут испытывать недостаток света, из-за чего листья становятся светлыми, могут опадать семядольные листья. Рекомендуется в этом случае продлевать световой день искусственно, то есть с помощью лампы дневного света.
3. Зараженность семян. Иногда сами семена могут нести в себе опасность возникновения заболевания. Рекомендуется перед посадкой семена замочить в растворе марганцовокислого калия на несколько часов. После чего семена просушить, а затем только высевать в подготовленный грунт. Чтобы избежать вирусных заболеваний саженцев, возникающих из-за зараженных семян, необходимо приобретать семена в специализированных магазинах. Важны также условия хранения семян: сухое и темное место.
4. Некачественный грунт. Если для рассады взята обыкновенная земля, она может содержать вредные микроорганизмы, личинки вредных насекомых. Ее необходимо прокалить при высокой температуре. Некачественный, бедный микроэлементами грунт может привести к бледности, вялости, пожелтению и деформации листьев. Спасти такие растения можно путем внесения необходимых веществ. Маленькие, бледные и вялые листья - внесите азот, листья внизу приобрели красно-фиолетовый оттенок - нужен фосфор, кончики листьев стали светлыми - подкормите калием, пожелтели или стали совсем белыми - не хватает магния.
5. Вредители. У молодой рассады их много. Это и ростковая муха, и трипсы, и клещ. Их можно увидеть при внимательном осмотре саженцев. В таком случае необходима специальная обработка. Можно попробовать опрыскать растения раствором чеснока.
6. Болезни. Мозаика листьев, фитофтороз. Рекомендуется обработка раствором медного купороса, марганцовки. Хорошо помогает опрыскивание "Эпином" или "Цирконом". Можно воспользоваться фитоспорином.

http://samocvetik.mirtesen.ru