Управление полетом МКС осуществляется из двух Центров: российским сегментом - из ЦУП–М (ЦУП-Москва, г.Королев, Россия), американским сегментом - из ЦУП-Х (ЦУП-Хьюстон, г.Хьюстон, США).

Работу входящих в состав МКС лабораторных модулей – европейского «Колумбус» и японского «Кибо» – контролируют соответственно Центры управления Европейского космического агентства (г. Оберпфаффенхофен, Германия) и Японского агентства аэрокосмических исследований (г. Цукуба, Япония). Полётом европейского автоматического грузового корабля ATV «Жюль Верн», предназначенного для снабжения МКС, управлял другой Центр Европейского космического агентства (г, Тулуза, Франция). Это управление осуществлялось совместно с ЦУП-М и ЦУП-Х.

В ЦУП для программы МКС оборудован один из двух Главных залов управления, который создавался в свое время для обеспечения полета корабля «Буран». Для управления российскими модулями МКС и кораблями «Союз» и «Прогресс» привлекаются так называемые малые залы. Персонал рабочих групп и групп поддержки размещается в специально подготовленных рабочих помещениях оборудованных необходимыми средствами получения информации по полету, средствами связи и обмена информацией.

Для повышения надежности управления и безопасности полета в ЦУП развернут сектор управления американскими модулями, входящими в состав МКС. Задачей специалистов НАСА, работающих в этом секторе, является проведение операций по управлению полетом американского сегмента в случае выхода из строя ЦУП-Х.