Родился в Тульне-на-Дунае (близ Вены) 12 июня 1890 в семье начальника железнодорожного вокзала. Пристрастился к рисованию в гимназические годы, а в 1906–1909 учился в венской Академии художеств. В 1907 познакомился с Г.Климтом, который стал главным его наставником и покровителем. Уйдя из Академии, в 1909 основал с единомышленниками «Группу нового искусства».

В ранний период нередко впрямую следовал Климту, воспроизводя его типические мотивы с их бравурной эротикой. Однако нервная экспрессия всегда брала у молодого мастера верх над декоративным началом, а острая, судорожная графичность – над поэзией цвета (хотя он был и достаточно чутким колористом). Вызывающе-сексуальные нагие фигуры в его рисунках воспринимались публикой как порнография, что привлекало к Шиле – помимо внимания серьезных коллекционеров и критиков типа искусствоведов А.Рёсслера и О.Бенеша – интерес полиции и любителей «клубнички». Поселившись в Нойленгбахе (Нижняя Австрия), он в 1912 был обвинен в распространении непристойных изображений и совращении несовершеннолетней (его тогдашней подруге было 17 лет), после чего провел около месяца в тюрьме. Призванный в армию, в 1915–1917 служил в охране лагеря русских военнопленных, где, получив должность писаря, сумел оборудовать мастерскую.

Драма человеческой жизни и любовных влечений предстает у Шиле откровенно трагичной , позднее же все более органически-стихийной. Писал также лирические пейзажи, выдвинулся в число лучших портретистов своего времени, оставив немало надрывно-исповедальных автопортретов, живописных и графических. Часто обращался к акварели. Своими произведениями впрямую связал модерн с экспрессионизмом. Шиле выставлял свои картины на многочисленных выставках , но первый значительный успех пришел к нему на 49-й выставке Венского Сецессиона (1918).

Умер Шиле в Вене 31 октября 1918 от пандемического гриппа («испанки»).