Очень инетересно!

По поводу "ходящих фигур". Я думаю все же - нижний ярус. Рассуждения такие. Описание дано "...выходили фигуры, изображавшие кирасира, гусара, улана, драгуна и других родов войск солдат, маршировавших и уходивших в другую дверь". Если считать его исторически верным (а сомневаться, как я понял, поводов нет), то будем рассуждать так.
Конструкция, когда фигуры выходят в одну дверь и заходят в другую, - общеизвестная конструкция вертепа, когда в полу прорезана дуга (или проложены дугой рельсы), по которой фигуры на вертикальных стержнях двигаются из левой (для зрителя) двери в правую. При этом фигуры не могут быть маленькие - иначе их снизу практически не будет видно. Минимум в половину роста человека. Когда фигуры не двигаются - они все стоят внутри башни. Их было 5-6 судя по описанию. Отсюда вывод - им необходимо было больше места, чем дает верхнее помещение башни, даже если учесть что его перестраивали.
Проверить гипотезу можно рассмотрев пол в башне и под ней (нижний ярус) и смотреть есть ли (были ли) там рельсы или прорезь.

Хотя если я ошибся с выводом о размерах фигур (и они все же были маленькие), то те же самые рассуждения верны и для верхнего яруса. В пользу этой гипотезы (про верхний ярус) говорит история с часовщиком, который безусловно двигал фигуры вручную, а значит находился в помещении под ними.
Вот такой "метод дедукции по Холмсу". :)))