Отряд Синсэнгуми также был известен под не слишком лестным прозвищем «Волки Мибу» (Мибу ро:), по названию городка, в котором они возникли. Первоначально, название было несколько другим, Мибу Росигуми, то есть, «Ронины из Мибу», но впоследствии было изменено из-за плохой репутации этого соединения, заработанной в первое время после возникновения.

После прибытия в 1853 г. «чёрных кораблей» коммодора Мэтью Пэрри в Японию, Сёгунат Токугава был вынужден заключить с иностранными державами неравноправные торговые договора. Таким образом, Япония была вынуждена отказаться от политики добровольной самоизоляции, проводившейся cёгунатами на протяжении более двух веков. Это вызвало крайне негативную реакцию по всей Японии и популярность сёгуната резко упала. Возникло движение за возвращение власти императору и изгнание «варваров» с японской земли.

Для борьбы с этим движением власти сёгуната организовали местные ополчения в помощь полиции (которая более двух столетий существовала в стране, в которой не было войн и не была расчитана на борьбу с вооружёнными людьми).
Синсэнгуми образовался, когда 13 членов отряда Росигуми решили сохранить верность сёгуну. Росигуми («отряд ронинов»), отряд, сформированный сёгунатом для тех же целей, но возглавлявшийся тайным сторонником императора, перешёл на сторону императора. Его глава, Xатамото Киёкава Хатиро, намеревался использовать сформированный на деньги сёгуната отряд для того, чтобы стравить правительство и иностранцев-варваров, напав на американский квартал.

13 оставшихся верными правительству членов отряда решили сформировать новое подразделение, которому впоследствии дали имя Синсэнгуми («новый особый отряд»).
Первоначально командирами Синсэнгуми были Сэридзава Камо, его помошник Ниими Нисики и Кондо Исами. Базировались они в пригороде Киото, в городке Мибу. Основная их задача была охрана порядка в Киото и борьба со сторонниками реставрации императорской власти. Однако, Сэридзава Камо и Ниими Нисики стали использовать своё положение для того, чтобы заниматься вымогательством и грабежами. «Идейной» части Синсэнгуми это не нравилось, и вскоре они заставили Ниими Нисики совершить сэппуку и убили Сэридзава Камо. После этого Синсэнгуми превратился в самое дисциплинированное и боеспособное воинское подразделение на службе у Сёгуната.

Ирония ситуации заключалась в том, что глава самурайской организации, призванной защищать традиции, Кондо Исами, был родом из крестьянской семьи. Некогда он был усыновлён самураем-учителем фехтовальной школы за свой фехтовальный талант. Его заместитель, Хидзиката Тосидзо, также был сыном крестьянина. Неизвестно, откуда он взял свою фамилию, которая вообще-то была крестьянам не положена. Остальной личный состав Синсэнгуми также состоял в основном из бывших крестьян, ремесленников, торговцев и самураев низшего ранга.
При зачислении в отряд важно было только умение владеть ружием, роспособность учиться и согласие подчиняться очень жёстким требованиям устава организации.

Устав Синсэнгуми
Точно не известно, кто автор устава Синсэнгуми, но есть большая вероятность, что это был Хидзиката Тосидзо (его широко известная суровость и прямота говорят в пользу этой версии).

В уставе содержалось пять статей, запрещающих:
1. Отклоняться от пути воина (бусидо)
2. Покидать Синсэнгуми
3. Частным образом зарабатывать деньги
4. Участвовать в чьих-то тяжбах
5. Участвовать в посторонних поединках

Наказанием за нарушение любого правила было сэппуку. Плюс к этому, устав содержал следующие требования:
1. Если лидер подразделения был смертельно ранен в бою, все члены подразделения должны сражаться и умереть на том же самом месте.
2. Даже в битве, в которой потери были велики, не позволено забирать тела погибших, за исключением тела лидера подразделения.

Наиболее известным требованием было следующее: «Если член Синсэнгуми был вовлечён в поединок с незнакомцем — при исполнении служебных обязанностей или нет — и был ранен и не смог убить врага, позволив тому скрыться, он должен сделать сэппуку, так же, как и в случае ранения в спину.»

Дело в Икеда-я в 1864, когда Синсэнгуми предотвратил поджёг Киото, сделало Синсэнгуми чрезвычайно популярным, после чего поток денег и рекрутов значительно усилился. Максимальная численность Синсэнгуми составляла около 300 человек.

Иерархия Синсэнгуми после дела в Икэда-я
Командир: Кондо Исами, глава фехтовальной школы Тэннэн Рисин Рю
Зам. по боевой части: Хидзиката Тосидзо, начальник штаба: Яманами Кэйсукэ
Военный советник: Ито Каситаро

Командиры подразделений:
1. Окита Содзи
2. Нагакура Синпати
3. Сайто Хадзимэ
4. Мацубара Цудзи
5. Такэда Канрюсай
6. Иноуэ Гэндзабуро
7. Тани Сандзюро
8. Тодо Хэйсукэ
9. Судзуки Микисабуро
10. Харада Саносукэ
Разведка: Симада Кай, Ямадзаки Сусуму

Конец Синсэнгуми
Синсэнгуми остваались верными сёгуну, и, когда власть перешла к сторонникам императора они были вынуждены покинуть Киото.
Они сражались до самого конца. Кондо Исами был схвачен и обезглавлен. Cмерть Хидзикаты Тосидзо 11 мая 1869 г. фактически положила конец не только Синсэнгуми, но войне.

Из командиров Синсэнгуми выжили только Нагакура Синпати и Сайто Хадзимэ.