Вообще странное поведение для Stop! Обычно он такими глупостями не страдает, вот DrWeb - любит (не будем вспоминать эпопею с вирусом OneHalf). А что за вирус-то был?
win32.Parite-based
Видимо, был неизвестен для него, но похож на известного. Самое то для карантина, но почему-то этого режима (если не можешь вылечить - поместить в карантин) я там не нашел.