Богоявленский мужской (с 1863 года – Богоявленско-Анастасиин женский) монастырь был основан в двадцатых годах XV века на тогдашней окраине Костромы преподобным Никитой Костромским, учеником и родственником преподобного Сергия Радонежского. Точная дата кончины преподобного Никиты неизвестна (предположительно – середина XV столетия); погребен он был в деревянном Богоявленском храме созданной им обители.
Монастырь стоит на месте трех древних обителей: мужского Богоявленского монастыря и двух женских − Крестовоздвиженского и Анастасиина. У всех трех монастырей – многовековая история.
В 1559-1565 годах по благословению святителя Макария, митрополита Московского, в монастыре построили каменный Богоявленский собор.
Богоявленский собор – стал кафедральным собором Костромы. Это наиболее древний из сохранившихся храмов монастыря. Построенный в 1559–65 годах, первоначально он представлял собою пятиглавый, с по закомарным покрытием четверик с подклетом, трёхсторонним открытым гульбищем и трёхчастной алтарной апсидой. Гульбища вскоре были надстроены открытыми арочными галереями.
В середине XVIII века были растёсаны окна четверика. В 1672 году интерьер собора расписан фресками, как предполагают, артелью костромских монументалистов во главе с Гурием Никитиным и Силой Савиным. Но и они не сохранились.
30 декабря 1608 года отряды Лжедмитрия II («тушинского вора»), возглавляемые Александром Лисовским, при захвате Костромы ворвались в Богоявленский монастырь, братия которого отказалась изменить данной царю Василию Шуйскому присяге; интервенты подвергли обитель разграблению, а ее насельников предали смерти. Имена тринадцати преподобномучеников Богоявленского монастыря, погибших от рук захватчиков, ныне почитаются в лике местночтимых святых Костромской епархии. Осенью 1619 года, совершая благодарственное паломничество в Макариево-Унженский монастырь, Богоявленскую обитель посетили царь Михаил Феодорович и его мать инокиня Марфа.
XVII век стал для Богоявленского монастыря временем обширного каменного строительства: здесь были воздвигнуты Иоанно-Богословский и Трехсвятительский (впоследствии Сретенский) храмы, Никольский придел к Богоявленскому собору, звонница с храмом во имя преподобного Сергия Радонежского, служебные здания.
В 1642-1648 годах вокруг монастыря построили каменную ограду с шестью башнями; руководил работами настоятель монастыря игумен Герасим (управлявший обителью в 1644-1672 годах), опытный и высокообразованный пастырь.
В 1667-1672 годах артель костромских изографов расписала Богоявленский собор «стенным письмом»; к тому же времени относится написание на стене угловой юго-западной монастырской башни Смоленской иконы-фрески Божией Матери – впоследствии прославившейся чудотворениями.
Фрагмент росписи "нового" Богоявленского собора.
С началом XVIII столетия – эпохи петровских преобразований – Богоявленский монастырь постепенно стал приходить в упадок. Число насельников уменьшалось, практически прекратилось новое строительство; лишь в 1752-1760 годах в обители была воздвигнута одноглавая Никольская («Салтыковская») церковь с приделом во имя Архистратига Михаила, построенная над местом погребения генерал-майора М.П. Салтыкова попечением его вдовы Е.М. Салтыковой.
12 мая 1779 года в Костроме произошел опустошительный пожар, испепеливший большую часть города и причинивший немалый ущерб Богоявленскому монастырю. Но Смоленская икона-фреска на юго-западной башне монастырской ограды чудесным образом сохранилась неповрежденной в огне; с того времени началась история ее почитания как одной из костромских святынь.
В 1814-1847 годах в стенах Богоявленской обители размещалась Костромская духовная семинария, ректорами которой являлись настоятели монастыря. В 1821-1824 годах монастырем и семинарией руководил преподобный архимандрит Макарий (Глухарев), прославившийся затем миссионерскими трудами на Алтае. Его трудами юго-западная башня с чудотворной иконой-фреской была перестроена в церковь, посвященную Смоленской иконе Пресвятой Богородицы.
">
6 сентября 1847 года еще один пожар обратил Богоявленский монастырь в руины. В конце 1847 года он был закрыт, а его насельники – переведены в Богородицкую Игрицкую мужскую обитель под Костромой. Лишь в ноябре 1863 года Богоявленский монастырь решением Святейшего Синода был возрожден как женский, объединен с костромской Анастасииной Крестовоздвиженской женской обителью и получил именование Богоявленско-Анастасииного. Первой настоятельницей Богоявленско-Анастасииной обители стала игумения Мария (Давыдова; 1822-1889), до этого возглавлявшая Анастасиин Крестовоздвиженский монастырь.
Под руководством игумении Марии древняя обитель восстанавливалась и благоукрашалась. К Богоявленскому собору было пристроено обширное здание «нового собора» из красного кирпича; величественный соборный храм, в котором собору XVI века отводилась роль алтаря, стал именоваться также Богоявленско-Анастасииным – в честь Богоявления и во имя преподобномученицы Анастасии Римляныни, небесной покровительницы Анастасииного монастыря. В 1867 году в усыпальнице собора был устроен небольшой храм, посвященный преподобному Сергию Радонежскому и святому великомученику Никите (небесному покровителю основателя Богоявленской обители). В шестидесятые-восьмидесятые годы XIX века строения монастыря были полностью восстановлены или отстроены заново. К началу ХХ века Богоявленско-Анастасиин женский монастырь стал центром церковного социального служения: здесь действовали училище для девиц из бедных семей, курсы сестер милосердия Красного Креста и первая в России монастырская лечебница для сельского населения.
В 1918 году монастырь был закрыт богоборческой властью, однако Богоявленско-Анастасиин собор стал приходским храмом и действовал до 1924 года. В 1918-1922 годах здесь служил диаконом священномученик Василий Разумов, впоследствии – священник, расстрелянный 21 сентября 1937 года. С 1925 года в здании закрытого собора размещалось губернское архивное бюро, ставшее затем областным архивом. В двадцатых-тридцатых годах были почти полностью уничтожены монастырские стены и башни, разобран Никольский храм. Огромный ущерб собору причинил пожар в областном архиве 16 августа 1982 года.
Богоявленско-Анастасиин женский монастырь был возрожден определением Священного Синода Русской Православной Церкви 20 июля 1990 года. В марте 1991 года сюда из Свято-Успенской Пюхтицкой обители в Эстонии сюда прибыли первые насельницы во главе с монахиней Иннокентией (Травиной), возведенной затем в сан игумении. 17 августа 1991 года состоялось освящение восстановленного Богоявленско-Анастасииного собора, ставшего кафедральным храмом Костромской епархии, а на следующий день под своды собора была торжественно перенесена главная святыня Костромской земли – чудотворная Феодоровская икона Пресвятой Богородицы.
Икона Федоровской Божьей матери без оклада
В 1991 году начались богослужения в возобновленном Смоленском храме, в 2006 году был восстановлен храм в подклете собора (освященный во имя преподобного Сергия Радонежского и преподобного Никиты Костромского). В декабре 2003 года в кафедральном соборе были положены честные мощи преподобного Тимона, старца Надеевского, местночтимого святого Костромской епархии, ученика и духовного друга преподобного Серафима Саровского.
В настоящее время на территории Богоявленско-Анастасииного женского монастыря располагаются Костромское епархиальное управление и Костромская духовная семинария. При обители действуют богадельня во имя святой равноапостольной Марии Магдалины и детский приют для девочек-сирот во имя святого праведного Иоанна Кронштадтского.
Именно этот монастырь стал духовным центром Костромской епархии. В 2002 году у стены кафедрального собора был установлен бронзовый памятник небесному покровителю Костромы – Георгию Победоносцу.