В целом проходка через крышу делается по таким же принципам, как и проходка через перекрытия. Считается, что при проходке через стропила расстояние до защищённых деревянных конструкций может быть уменьшено до 150 мм. 

– Предполагается, что дымоход при проходке сквозь кровлю остывает, а пространство вокруг него хорошо проветривается, поэтому можно уменьшить расстояние до защищённых стропил. По моему мнению, это справедливо для холодной кровли, а при утеплённой нужно применять нормы и расстояния, как у междуэтажных перекрытий.

Для герметизации выхода через кровлю применяются специальные крышные разделки. Они выпускаются под разный угол наклона кровли от 15-35° до 35-55°. Крышная разделка монтируется на трубу дымоход сверху, а край листа разделки заводится под конёк кровли.

Что касается высоты дымовой трубы:

дымовая труба выступает не менее чем на 50 см над верхней точкой крыши при её расположении менее чем в 1.5 м от парапета или конька;
верхний срез дымовой трубы располагается вровень с коньком, если её ось находится на расстоянии от 1.5 до 3 м от конька;
если расстояние от конька до дымовой трубы превышает 3 метра, то верхняя часть трубы располагается на уровне воображаемой линии, проведённой от конька вниз под углом 10° к горизонту.

Подведем итоги: правильный монтаж дымохода начинается ещё на стадии проектирования дома. Только так можно соблюсти все требования по противопожарным нормам и расстояниям, не прибегая к дорогостоящим переделкам уже возведённых перекрытий и стропильной системы.