Мухтар Джакишев родился 28 июня 1963г. в г. Алма-Ате в семье советских интеллигентов. Отец – Джакишев Еркын Газизович, доктор юридических наук, преподавал на юридическом факультете КазГУ, был заведующим кафедры криминалистики. Мать –Джакишева Раиса Нургалиевна,  кандидат химических наук, работала в Институте химии Академии Наук КазССР.

В 1980 году Мухтар окончил Республиканскую физико-математическую школу в г. Алма-Ате и поступил на физический факультет КазГУ. В 1983 году перевелся на специальный факультет физики Московского инженерно-физического института (МИФИ), в феврале 1986 года защитил диплом на 25-ой кафедре.

Там же, в Москве, Мухтар знакомится со своей будущей женой Жамилей.

В юности Мухтар профессионально занимался каратэ. Он неоднократно выступал на соревнованиях и в 1983 году занял первое место в чемпионате МГС «Динамо» в городе Москве.

В 1987 году Мухтар поступает в аспирантуру в МИФИ, где работает под руководством профессоров Быковского и Белкина над темой: «Использование лазерной флюоресценции при расследовании преступлений». Параллельно он проходит стажировку в экспертно-криминалистическом управлении ГУВД Мосгорисполкома, на Петровке 38. Там же Мухтар и его коллеги изобрели уникальный прибор - портативный лазерный детектор скрытых следов преступлений. В специализированных журналах не раз публиковались статьи на эту тему.

В 1988 году Мухтар женится на Жамиле. В 1989 году у Мухтара и Жамили рождается первенец – дочка Айгерим.

В 1992 году Мухтар защитил диссертацию в области использования лазерных методов в криминалистике и судебной экспертизе. Получает ученую степень кандидата юридических наук. В этом же году Мухтар был приглашен в США на 77-ую ежегодную конференцию международной ассоциации идентификации. В эту ассоциацию входят более 12 тысяч человек из 138 стран. Там же он был принят в ее ряды.

Уникальный прибор, который изобрел Мухтар со своими коллегами, вызвал большой интерес. После чего Мухтара привлекли к практической работе по раскрытию преступлений. С помощью своего прибора Мухтар раскрыл политическое убийство в Атлантик-Сити 15 летней давности. В Америке Мухтар также читал лекции в университете Род-Айлэнда. Оценив его работу, ФБР предложило Мухтару остаться в качестве специалиста с  годовым окладом в 110 000 долларов США и полным социальным пакетом американского федерального агента. Но Мухтар отказался. Кто помнит конец восьмидесятых, хорошо представляет, какое это было заманчивое предложение. Свой отказ Мухтар аргументировал желанием вернуться на родину Казахстан и работать в интересах страны.

После возвращения из Америки, в 1993 году, Мухтар и его семья возвращается в Казахстан. Там он начинает работать в качестве финансового директора в компании «Бутя», где успешно реализует несколько бизнес-проектов. Работа в компании «Бутя» предоставила ему возможность развить свои навыки как успешного бизнесмена. Его работа в команде «Бутя» способствовала появлению таких брэндов в Казахстане, как Adidas, Dutch lady, Bmw, Toyota, Procter & Gamble и многих других брэндов.

В 1994 году рождается его второй ребенок – сын Айторе. Со временем Айторе поступает в физмат – ту же школу, где учился его отец.

В 1997 году Мухтар становится руководителем «Алаутрансгаз». В эти годы отчетливо проявились качества Мухтара как очень эффективного первого руководителя. Он превратил эту компанию из слабой и убыточной в высокодоходную и стабильно работающую.

В тот год Мухтар в третий раз становится отцом, у него рождается дочь Айсулу.

В следующем году Мухтара назначают президентом в Национальную Атомную компанию «Казатомпром», руководителем которой он проработал практически до своего ареста за исключением периода с конца 2001 до лета 2002 года, когда Мухтар занимал пост заместителя министра в министерстве энергетики и минеральных ресурсов Республики Казахстан.

В 1999 году родились девочки – близнецы Айдай и Алтынай.