Япония обладает большим разнообразием животных, которое вы не найдете в соседних странах. Великое множество видов существует благодаря широко различающимся природным условиям, которые меняются с севера на юг. Японские острова населяют животные контрастных климатических зон: юго-восточные тропические виды Азии, виды умеренных зон Кореи и Китая, сибирские и субарктические животные. В тропическом море около архипелага Рюкю плавают ярко окрашенные тропические коралловые рыбы, черепахи и морские змеи. Это место также является домом для дюгоня, который занесен в международную Красную книгу. С ним соседствует бесперая морская свинья семейства дельфиновых. Около северного берега Хонсю обитают морские львы, морские котики, северный плавун из отряда китообразных. Животные арктических районов, например, моржи, иногда посещают северо-восточные берега острова Хоккайдо, которые расположены со стороны Охотского моря. На островах Рюкю, в южной конечности Японии обитают главным образом тропические животные, такие как хохлатый змееяд из семейства ястребиные, индийская летучая лисица и различные виды ящериц.

На островах Хонсю, Сикоку и Кюсю блуждают енотовидные собаки, пятнистые олени, самые красивые утки на Земле - утки мандаринки. Эти виды характерны для лиственных лесов Кореи, а также для центрального и северного Китая. Из сибирских хвойных лесов пришли бурый медведь, рябчик.

Исторически, распространение животных на Японских островах не было непрерывным. Всё из-за того, что острова то отделялись, то опять присоединялись к азиатскому континенту, и миграция животных была чрезвычайно сложной. Кроме того, были найдены виды, которые обитают только в Японии. Среди них - японская соня, японский макак, бронзовый фазан, японская гигантская саламандра.

В глубинах моря могут быть найдены живые ископаемые - мечехвост, плащеносная акула. Среди других японских водных животных есть рекордсмены: гигантский краб-паук - самый крупный вид современных крабов, размеры которого между растянутыми конечностями достигают 3,3 м.

Однако, много животных Японии находятся на грани исчезновения - 22 вида считаются исчезнувшими, 132 вида подвергаются опасности вымирания. Последний красноногий ибис исчез в 1997 году. Особенно сильно нуждаются в охране ириомотейская кошка, японская выдра, белоспинный альбатрос, дальневосточный аист.