Самое реалистичное объяснение появления легенды принадлежит историку и немецкому теологу Игнацу фон Дёллингеру, отъявленному критику папства. В своей книге Легенды Средневековья, связанные с папами, опубликованной в Германии в 1863 и в Италии в 1866, он разоблачает эту историю, как популярную римскую легенду, основанную на открытии старинной статуи женщины, неподалёку от Колизея, которая носила надпись - посвящение в виде формулы «Р.Р.Р.» (проприе пекуния позуит: «сделано за свой счёт»), а также имя благотворителя, Пап. (ирус?), патер патрум. Патер Патрум означает Отец Отцов, это был титул, применяемый к Папе Римскому в языческом культе Митра, и, на самом деле, археологи, во время раскопок, нашли под церковью Святого Клемента останки старинного языческого храма. Он находился когда-то именно в том месте, где, по версии Мартина Полония, произошли роды разоблачённой Иоанны. Даже более древняя версия легенды, принадлежащая Жану де Майи, содержала эту деталь, что для Дёллингера является доказательством её народного происхождения: римляне, обладающие богатой фантазией, по своему интерпретировали эти шесть букв «П», как «Петре, Патер Патрум, Паписсе Продито Патрум» («О Пётр, Отец Отцов, разоблачи рождение сына папессой»). Это был не первый раз, когда плодом народной выдумки становились смачные, часто фривольные, истории, связанные с античными двусмысленным памятниками. Мартин, имеющий польские корни, и слабое знание характера римлян, мог и не отдавать себе отчёта в том, что, рассказывавшие ему эту историю, над ним просто посмеивались.
Кроме того, узкая дорога, ведущая из Латерана к Собору Святого Петра, когда-то действительно называлась викус Паписса, как это свидетельствуют старинные деревья города, так как она проходила мимо дома семейства по фамилии Папе. В средние века семейство Папе было таким богатым, что имело частную капеллу. По старинным хроникам, последним представителем семейства был некий Джованни Папе, умерший и оставив вдову, Папессу.
Неплохие статьи на эту тему здесь: http://dreifeld2010.narod.ru/