Артемий Лебедев пишет:
Признаком псевдоинтеллигентности является замечание «кофе — он». Обычно так говорят люди, не замечающие настоящих ошибок в речи.
 Мужской род бедному напитку достался от устаревших форм «кофий» или «кофей». К примеру, до войны слово «метро» тоже было мужского рода (потому что метрополитен — он), в газетах писали: «наш метро».
 В ботанике растение кофе — оно. Мужской род не делает напиток из зерен кофейного дерева более благородным, чем, скажем, напиток из бобов какао.
 «Кофе — он» — такая же глупость и архаика, как январское отмечание рождества «по старому стилю».
 Кофе должно быть среднего рода. 

А вы как говорите?