Они инсталлируются, просто по умолчанию не стартуют. Нужно вначале сконфигурировать X сервер, например, программой xorgcfg, а потом запускать его скриптом startx либо через xdm/kdm. Если ставить сейчас, лучше всего как раз инсталлировать систему в минимальной конфигурации, ну маны там ещё дополнительно поставить, cvsup, а потом скачать самую последнюю версию портов (или проcvsиться до неё) и собрать графику из неё, напр., пакет kde3-lite. Так будет проще. Использовать стоит именно новые порты; если в систему поставить старые пакеты или собрать из старых портов, при обновлении придётся проделать ряд далеко не очевидных действий!