Ну, я думаю, месячные могут пойти от физической нагрузки (скорее всего), такое бывает. Так же нагрузка может дать прерывание беременности (выкидыш), надеюсь, к Вашей сестре это не относится. Так же гормональные изменения в организме (все таки изменился режим питания, что влияет на обмен веществ в организме) могут ускорить появление месячных. Ну а боль в коленках - это естественно! Попробуйте столько прыгать если никогда не прыгали,там не только коленки, еще и руки должны побаливать столько махать.
На счет почек ничего сказать не могу, нужно посоветоваться со специалистом какую нагрузку и в каком виде можно давать организму. Но, мне кажется, почки здесь ни при чем.