Основными участниками конфликта со стороны индейцев были так называемые «Пять цивилизованных племен» Индейской территории (нынешняя Оклахома) — чероки, крики, чокто, чикасо и, с известными оговорками, семинолы. Исторически они населяли Юго-Восток США, который затем вошел в состав Конфедерации. Следует отметить, что среди аборигенов они занимали совершенно особое место. В ходе эксперимента, запущенного американской администрацией в конце XVIII века (так называемая «программа федерализации индейцев») они, по сути дела, стали «американцами индейского происхождения».

Владения «цивилизованных племен» превратились в маленькие индейские республики, смоделированные по образцу США — со своими конституциями и ветвями власти (президентов по традиции называли «верховными вождями»). Граждане этих республик во многом переняли образ жизни своих белых соседей из южных штатов. Часто это происходило благодаря смешанным бракам с лицами европейского или африканского происхождения — в канун Гражданской войны чистокровными оставались лишь 1/4 членов «Пяти цивилизованных племен». Богатые индейцы владели плантациями и жили, как аристократы; у некоторых число чернокожих рабов исчислялось сотнями. Рабовладение стало для индейцев своего рода «побочным продуктом» программы федерализации, поскольку на момент ее начала оно являлось частью жизни самих учителей-американцев.

Самостоятельное развитие «Пяти цивилизованных племен» было грубо прервано в 1830-х годов. Власти южных штатов при поддержке (а во многом и с подачи) федерального правительства решили ликвидировать индейские анклавы, а самих индейцев выселить на пустующие земли к западу от р. Миссисипи. Им пришлось воссоздавать свою цивилизацию заново. За последнее десятилетие перед войной Индейская территория превратилась в один из самых развитых регионов США к западу от Миссисипи. Правительства «Пяти цивилизованных племен» открыли первую сеть бесплатных школ в стране. У индейцев был самый высокий уровень грамотности на Западе. Большинство образованных индейцев умело читать и писать на двух языках — английском и своем родном, который сами сделали письменным, изобретя свои алфавиты. Они печатали на двух языках газеты. Многие приняли христианство.

В самой крупной индейской республике — Территории Чероки — в конце 1850-х годов насчитывалось около 22 тысяч жителей. Из них только 4 тысячи чероки-мужчин считались гражданами и имели право голоса. Остальную часть населения составляли женщины и дети чероки, негры (около 4 тысяч, в основном рабы), белые (около 1 тысячи) и индейцы других племен. Около 1500 индейцев посещало 30 общественных школ, где все учителя (кроме двоих) также были чероки.

Когда южные штаты вышли из Союза, индейские республики оказались перед тяжелым выбором. У них установились прочные экономические и культурные связи с южанами — Индейскую территорию в литературе иногда даже называют «малой Конфедерацией». Однако вопрос о единодушной поддержке КША не стоял. Не все индейцы восприняли «южный образ жизни». Если у чокто и чикасо таковых было большинство, то у чероки, криков и семинолов оставались приверженцы традиционного уклада. Они сторонились городов, занимались привычным хозяйством и не собирались вмешиваться в конфликт белых людей. Среди чистокровных индейцев активно работали миссионеры-аболиционисты. Сильнее всего против рабства были настроены семинолы, которые давно жили с неграми бок о бок и укрывали у себя беглых рабов. Наконец, были те, кто не хотел изменять старым договорам с федеральным правительством и рушить наладившуюся за последние годы жизнь. Кто-то не забыл, что с исконных земель северяне и южане прогоняли индейцев сообща. Ко всем белым, независимо от цвета мундира, они относились одинаково.

У криков и особенно у чероки «конфликт двух миров» усугублялся еще и тем, что в годы Великой депортации часть индейцев пошла на компромисс с федеральным правительством. Эти индейцы переселились на Запад добровольно, на более или менее сносных условиях. Остальных депортировали насильно. Уже на Индейской территории между чероки — сторонниками и противниками компромисса началась настоящая гражданская война, которая прекратилась только при вмешательстве федеральных властей. В 1861 г. именно члены «договорной партии» (наиболее американизированная часть общества) активнее всего поддерживали сецессию. Напротив, их политические противники — даже имея интересы на Юге — порой отказывались вмешиваться в конфликт просто потому, что не желали иметь с ними ничего общего.

Индейская территория интересовала конфедератов из-за своего выгодного стратегического положения. Имелись планы использовать ее как плацдарм для наступления на Канзас и Миссури. Однако, когда агенты Конфедерации начали свою агитацию среди индейцев, выяснилось, что значительное их число предпочло бы сохранить нейтралитет и не порывать с Союзом. К тому же в начале 1861 г. на Индейской территории стояли федеральные гарнизоны и работали федеральные агентства по делам индейцев. Правда, большинство агентов симпатизировало конфедератам.

В мае 1861 г. воинские части США были выведены, их сменили подразделения КША. Нейтралитет был нарушен. После первых поражений северян (Булл-Ран, Уилсонс-Крик), многие индейцы сочли, что правительство Союза неспособно, да и не желает, их защищать. Их собственные «конфедераты» уже создавали вооруженные отряды (так, добровольцы-чероки Стэнда Уэйти в участвовали в битве при Уилсонс-Крик) и угрожали взять власть в свои руки. Индейские правительства не хотели терять средства, предназначавшиеся в компенсацию за уступленные на Востоке земли и к тому времени находившиеся в банках южных штатов. Наконец, на Индейскую территорию просочились слухи о планах Вашингтона снова переселить индейцев, а их владения открыть для белых поселенцев. В частности, будущий госсекретарь Уильям Сьюард в октябре 1860 г. заявил, что для благополучия Америки необходимо освободить от индейцев земли к югу от Канзаса.

В этих условиях даже наиболее последовательным противникам участия в войне (в частности, верховному вождю чероки Джону Россу) пришлось пересмотреть свои взгляды. Немалую роль в этом сыграли ораторские способности конфедеративных дипломатов, прежде всего Альберта Пайка, «архитектора» союза с индейцами, и Дугласа Купера, федерального агента у чикасо и их будущего командира в войне. Летом-осенью 1861 г. «Пять цивилизованных племен» одно за другим приняли Декларации независимости и подписали договоры о союзе с Конфедерацией.

Юридически смена «великих отцов» с вашингтонского на ричмондского на индейцах отразилась слабо. В новых договорах по большей части переписывались основные положения старых. Индейские республики объявлялись протекторатами КША; правительство Конфедерации переложило на себя все обязательства по опеке и защите индейцев, ранее возложенные на федеральные власти. Еще в середине марта 1861 г. при военном министерстве КША было создано собственное Бюро по делам индейцев, первым главой которого стал Дэвид Хаббард. Индейцы не считались гражданами КША, но наделялись рядом общих с ними прав — в частности, право свободно передвигаться и заниматься бизнесом на всей территории Конфедерации. Однако в этих договорах имелись два положения, которые федеральное правительство давно обещало реализовать, но так и не сделало этого. Граждане индейских республик получили право посылать своих делегатов в конфедеративный Конгресс и право на вхождение в состав КША на правах штата. Последнее было прописано в договоре с чокто и чикасо, к которым могли присоединиться и остальные «цивилизованные племена».

Договоры предусматривали создание индейских вооруженных отрядов для защиты своих границ. Индейцы сформировали свои армии по образцу американской, разделенные на роты, батальоны и полки (соответственно, полк состоял примерно из 10 рот по сто солдат в каждой). Крики и чероки, как самые многочисленные, выставили два полка (1-й и 2-й Коннострелковые), чокто и чикасо выставили один на двоих, семинолы — батальон. Общая численность этих подразделений составила около 5 тысяч человек; к концу войны она увеличилась до 10 тысяч.

Солдаты записывались в армию добровольно сроком на год. Когда стало ясно, что война затягивается, в большинстве подразделений продлили службу еще на год. К лету 1863 г. армия противника оккупировала половину Индейской территории, и людей стало не хватать. Тогда все союзники Конфедерации ввели воинскую повинность. Призыву подлежали все мужчины в возрасте от 15 до 50 лет. Одновременно увеличился и срок службы — на три г. или до конца войны.

Все индейские соединения подчинялись конфедеративному командованию. В конце ноября 1861 г. Индейская территория была преобразована в отдельный военный округ. Первым его командующим стал дипломат Альберт Пайк, затем командиры несколько раз менялись. Внятного плана операций выработано не было. Более или менее эффективное управление округом конфедераты смогли наладить только в 1864 г., когда во главе его стоял генерал Сэмюэль Мэкси. Но переломить ход войны он уже не успел.

Правительство Конфедерации обязалось снабжать своих индейских союзников, но проблемы с этим начались с самого начала. Поскольку снаряжения не хватало и для «белых» частей, припасы, выделенные индейцам, часто просто не доходили до них и «реквизировались» либо просто разворовывались по дороге. Так что во время войны индейские солдаты преимущественно снабжали себя сами — главным образом за счет имущества, захваченного у противника на поле боя или в партизанских рейдах. Многие солдаты шли воевать в гражданской одежде, со своими лошадьми и охотничьими ружьями, захваченными из дома. Излюбленным оружием индейских конников быстро стал дробовой обрез.

Практически сразу же после вступления Индейской территории в Войну Севера и Юга среди индейцев началась собственная гражданская война. Уже на стадии формирования конфедеративных полков выяснилось, что солдаты записывались в армию, исходя из своих политических предпочтений. Так, у чероки в 1-м Коннострелковом полку служили в основном сторонники вождя Росса, относившиеся к «делу Юга» в лучшем случае прохладно. Порой они и не скрывали своего нежелания воевать. Напротив, ревностные сторонники Конфедерации — «белые индейцы» во главе со Стэндом Уэйти — записались во 2-й полк. Диссиденты из разных частей Индейской территории, не признававшие союза с Конфедерацией, сплотились вокруг одного из вождей криков, Обитла Яхола. В конце концов их собралось около 6 тысяч человек. Попытки конфедеративных властей договориться с ними результатов не имели. Со своей стороны, федеральные агенты обещали Обитла Яхола поддержку и защиту, и в ноябре 1861 г. он принял решение увести своих сторонников в Канзас. Это и послужило началом внутрииндейского конфликта.

Когда диссиденты направились в Канзас, индейские и техасские части бросились в погоню. В серии сражений ноября-декабря 1861 г. (Раунд-Маунтин, Чусто-Таласа, Чустенала) диссиденты понесли огромные потери, еще больше людей погибло от холода во время бегства. Исход в Канзас имел далекоидущие последствия: во-первых, индейских солдат Конфедерации возмутило то, что их принудили убивать других индейцев, появились первые случаи дезертирства. Во-вторых, федеральные власти Канзаса оказались не в состоянии содержать такое количество людей, собравшихся у форта Скотт. Индейцы вымирали. Присутствие в Канзасе индейских беженцев стало поводом для вторжения северян на Индейскую территорию — формально для того, чтобы вернуть их домой. Началось формирование двух полков индейской милиции.

В первый раз северяне во главе с Уильямом Уиром вошли на Индейскую территорию летом 1862 г.. Не встречая особого сопротивления, они оккупировали Территорию Чероки и заняли ее столицу — город Талекуа. В этих условиях сторонники Джона Росса объявили о воссоединении с Союзом, изгнали из правительства сторонников Конфедерации и приняли прокламацию об освобождении рабов. Сам Росс отбыл в эмиграцию и до конца войны прожил в Вашингтоне и Филадельфии. Полк Джона Дрю перешел на службу к федералам и был преобразован в 3-й полк индейской милиции. Со своей стороны, приверженцы Конфедерации выбрали верховным вождем племени полковника Стэнда Уэйти. Легко себе представить, что началось, когда у северян начались проблемы со снабжением и командованием (Уир был смещен и взят под арест), и им пришлось вернуться в Канзас.

Федералы смогли закрепиться на Индейской территории только следующей весной. В новой экспедиции участвовали полки индейской милиции, сведенные в одну Индейскую бригаду общей численностью около 3 тысяч человек. 12 апреля 1863 г. полковник Уильям Филипс отбил у конфедератов форт Гибсон и превратил его в главную базу северян на Индейской территории. Отбить форт конфедераты так и не смогли. Главной проблемой Филипса стала охрана длинной линии коммуникаций — военной дороги протяженностью 160 миль, соединявшей форт Гибсон с фортом Скотт в Канзасе.

17 июля 1863 г. состоялось последнее крупное сражение на Индейской территории — битва при Хани-Спрингс. Там находилась важная база снабжения конфедератов. Чтобы не допустить прорыва туда подкреплений, двигавшихся из Арканзаса, северяне под началом генерала Джеймса Бланта атаковали базу. 3 тысячи северян при 12 орудиях нанесли поражение около 4500 конфедератов при 4 орудиях, которыми командовал генерал Дуглас Купер. Индейские части внесли главный вклад в финал сражения: когда северяне приказали своим индейцам перегруппироваться, индейцы-конфедераты сочли, что противник уже разбит, и бросились в самоубийственную атаку. Хуже организованные и снаряженные, южане не смогли реализовать свое численное превосходство. При отступлении отличился полк Чокто-Чикасо, пытавшийся сдерживать противника в течение получаса. Северяне заявили о потере 17 человек убитыми и 60 ранеными, южане — о 134 убитыми и ранеными, 47 пленными.

После битвы у Хани-Спрингс операции на Индейской территории окончательно выродились в партизанскую войну и рейдерство. По сути дела, индейцы были предоставлены сами себе. Их собственные «северяне» и «южане» не просто убивали, а вырезали друг друга, жгли поля, угоняли скот. Теперь пришла очередь сторонников Юга бежать с насиженных мест. Тысячи чероки и криков пытались найти пристанище у своих союзников-чокто и чикасо, а то и дальше, в Техасе. Партизанские налеты Стэнда Уэйти (дослужившегося у конфедератов до бригадного генерала, а в феврале 1865 г. возглавившего военный округ) порой достигали впечатляющих успехов. Так, 15 июня 1864 г. Уэйти захватил пароход «Дж. Р. Уильямс», который вез припасы для форта Гибсон, а 19 сентября того же года он вместе с техасским генералом Ричардом Гэно одержал победу при Кэбин-Крик. Победителям достался огромный караван с продовольствием и военным снаряжением общей стоимостью более 1 млн. долларов. Индейский генерал заслужил право считаться одним из лучших командиров Конфедерации на Трансмиссисипском театре военных действий. Однако его подвиги имели сугубо тактическое значение — убитые солдаты и захваченные фургоны уже не могли остановить северян. К тому же эти победы оказывали дезорганизующее воздействие на самих индейских солдат. Захватив богатую добычу, они, как правило, расходились по домам, чтобы помочь своим бедствующим семьям. Бороться с таким «вынужденным дезертирством» было бесполезно.

Говоря о реальном вкладе индейских солдат в ход Гражданской войны, следует отметить, что он не мог быть высоким. Зачастую индейцы только назывались солдатами. Командование — как федеральное, так и конфедеративное — мало заботилось их обучением, считая, что «прирожденных воинов» учить и не нужно. Однако граждане индейских республик таковыми уже не являлись — они (за исключением семинолов) уже давно не воевали. Как оказалось, из индейцев получались великолепные разведчики, рейдеры и снайперы (в этих аспектах военного дела они традиционно были сильны), однако повседневная солдатская рутина была не для них. Ни северянам, ни конфедератам не удавалось их привлечь к гарнизонной или к караульной службе, да и на поле боя индейские части страдали от недостатка дисциплины. Они могли сражаться с отвагой, удивлявшей белых офицеров (как, например, чероки при Пи-Ридж, атаковавшие и оттеснившие несколько рот федеральной кавалерии, или полк Чокто-Чикасо в битве при Ньютонии 30 сентября 1862 г.), но если сражение затягивалось, их пыл угасал. Индейские солдаты не переносили артиллерийского обстрела, тут же ломая строй и отходя в укрытие. Наконец, эффективно они могли воевать только на своей территории или в непосредственной близости от ее границ. Это показали попытки конфедеративного командования использовать индейцев в Арканзасе (та же битва при Пи-Ридж 7-8 марта 1862 г.) и Миссури. Таким образом, область применения индейских частей была ограниченной. Правда, в этой области они могли продемонстрировать лучшее, на что были способны.

Слухи о капитуляции армии генерала Роберта Ли в Аппоматоксе 9 апреля 1865 г. доходили на Запад медленно. Там война продолжалась. Еще 23 апреля федеральный патруль из перехваченных писем узнал о планах конфедератов совершить рейд с Индейской территории в Миссури. В мае 1865 г. в Кэмп-Наполеон южане собрали большой совет индейских племен, на котором провозгласили их объединение на принципах «индейцы не воюют с индейцами». Однако «дело Юга» уже было обречено. 25 июня в Доксвилле (Территория Чокто) сдался со своей Индейской бригадой генерал Уэйти.

Индейская территория заплатила за участие в Войне Севера и Юга непомерно высокую цену. По сути дела, индейцы стали единственными, кто эту войну проиграл по-настоящему. Ни Конфедерация, ни Союз не оправдали их чаяний. За годы войны экономика индейских республик оказалась полностью разрушенной — значительная часть окультуренных земель превратилась в выжженную пустыню. Тысячи людей погибли, тысячи стали беженцами. По примерным подсчетам, к концу войны 33% женщин Индейской территории овдовели, 16% детей лишились отцов, а 14% полностью осиротели. После войны «Пяти цивилизованным племенам» пришлось восстанавливать отношения с США, заключая новые договоры. В глазах федерального правительства они были не просто разбитыми мятежниками, а еще и индейцами-мятежниками (14-я и 15-я поправки к Конституции США индейцев не коснулись). Поэтому с ними обошлись соответственно, не делая разницы между теми, кто воевал за конфедератов и теми, кто воевал против них. В послевоенные годы остатки автономии, еще имевшиеся у индейских республик, методично уничтожались, от самой Индейской территории кусок за куском отчуждался в пользу белых поселенцев. В 1907 г. Индейская территория была окончательно ликвидирована и вошла в США как штат Оклахома. «Пяти цивилизованным племенам» уже в который раз за последние сто лет пришлось начинать все сначала.