После установления новой власти Чимкент вошел сначала в состав ново-кокандской линии, с февраля 1867 года входил в состав Туркестанской области, а с июля 1867 года входит в состав Сырдарьинской области Туркестанского губернаторства как уездный город. 

Сразу же после победы генерал Черняев занялся мирскими делами: вместо бека высшим административным лицом посадил коменданта, затем утвердил должность городничего из обер-офицера. С 1868 года главным административным лицом становится уездный начальник. Менялись они довольно часто, и не все были чисты на руку. Подполковник В.В. Лалекин, «правивший» Чимкентом с апреля 1908г до начала сентября 1910 года, был уволен за расхищение земель в селе Арысь, но на суде был оправдан, хотя и не восстановлен.