С началом Второй мировой войны Липатти продолжал давать концерты на оккупированных нацистами территориях. В 1943 Липатти вынужден был бежать из родной Румынии вместе со своей будущей женой, пианисткой Мадлен Кантакюзен (1915—1982), и обосновался в Женеве, где занял должность профессора по классу фортепьяно в консерватории. К этому времени обнаружились первые признаки его болезни. Поначалу доктора были сбиты с толку, но в 1947 был поставлен диагноз — лимфогранулематоз (в англоязычном мире известен как болезнь Ходжкина). После войны выступления Липатти становились всё более редкими. На некоторое время его состояние улучшилось благодаря инъекциям кортизона (тогда экспериментальным) и сотрудничеству с Вальтером Легге, который осуществил большинство записей пианиста.