Древний Симонов монастырь основан в 1370 году по благословению Святого Сергия Радонежского его учеником и племянником – преподобный Федором, уроженцем Радонежа, принявшим постриг в Покровском Хотьковом монастыре (основанном родителями Сергия , ростовским боярином Кириллом и его женой Марией). Как рассказывается во второй редакции жития преподобного Сергия, великий князь Дмитрий Иванович и святитель Московский Алексий упросили его отпустить Федора в Москву для строительства монастыря.
Первоначально Симонов монастырь располагался несколько ниже по Москве-реке, у большой дороги в Москву, и Федор, стремясь найти большее уединение, в 1379 году выбрал для монастыря другое место, неподалеку от старого.
На прежнем месте сохранилась церковь Рождества Богородицы. В 1380 году у этой церкви (тогда еще деревянной) были похоронены легендарные богатыри-монахи Троицкого монастыря Пересвет и Ослябя, которых послал в помощь великому князю Дмитрию Ивановичу сам Сергий Радонежский. С Куликова поля их привезли в дубовых колодах. Как полагается монахам, их должны были бы похоронить в родном монастыре — в Троицком. Но Дмитрий Донской пожелал, чтобы герои были похоронены ближе к Москве, при дороге, по которой он вел войска на Дон. В 1509 году вместо деревянной церкви построили каменную, которая стоит и теперь. В конце XVIII века над самыми их могилами возвели трапезную. За шесть столетий надгробия их неоднократно перестраивались. Последние, изготовленные в 80-е годы XX века, представляют собой два низких беломраморных саркофага, на одном их которых написано — «Александр Пересвет», а на другом — «Родион Ослябя». Позади саркофагов, стоит общий для обоих широкий черный закругленный сверху обелиск с бронзовым крестом на лицевой стороне. А на задней его стороне прикреплена большая бронзовая же доска со словами из «Задонщины»: «Положили вы головы свои за святые церкви, за землю за русскую и за веру за христианскую».
Преподобный Федор во время своей поездки в Константинополь в 1384 году получил для Симонова монастыря статус ставропигиального, то есть подчиняющегося непосредственно патриарху.
Преподобный Сергий Радонежский считал Симонов монастырь «отраслью» своей Троицкой обители и всегда останавливался здесь во время приездов в Москву. По преданию, в 1370 году в двухстах метрах южнее церкви преподобный Сергий Радонежский вырыл «незасыхающее глубокое озерцо» Святое. Позднее оно расширилось и превратилось в Лисьин пруд, который в конце XVIII века москвичи назвали Лизиным.
Из стен Симонова монастыря вышла целая плеяда выдающихся подвижников и церковных деятелей: св. Кирилл Белозерский (1337—1427), св. Иона, митрополит Московский (?—1461), патриарх Иосиф (?—1652), митрополит Геронтий, архиепископ Ростовский Иоанн. В XVI веке в монастыре проживали и работали знаменитый деятель нестяжательства инок Вассиан (в миру — князь Василий Иванович Косой-Патрикеев). В монастыре жил и работал преподобный Максим Грек.
В 1405 году в монастыре была построена каменная соборная церковь во имя Успения Пресвятой Богородицы, строительство которой было начато в 1379 г. В 1476 году купол собора сильно пострадал от удара молнии, поэтому в конце XV века храм перестраивался неизвестным итальянским архитектором. В конце XVII века собор был расписан артелью московских царских мастеров. Тогда же был выполнен резной золоченый иконостас, в котором находилась главная реликвия монастыря — Тихвинская икона Богоматери, которой св. Сергий Радонежский благословил Дмитрия Донского на Куликовскую битву. Старые башни и стены монастыря строились в XVI веке. Как считают, их возводил «государев мастер» Федор Савельевич Конь — строитель Смоленского кремля, башен и стен Белого города Москвы и Новоспасского монастыря.
С момента своего создания Симонов монастырь находился на самых опасных южных рубежах Москвы, поэтому стены его делали не просто монастырскими, но крепостными. В 1591 году во время нашествия татарского хана Казы-Гирея Симонова обитель, к тому времени укрепленная по указу Бориса Годунова, вместе с Новоспасским и Даниловым монастырями успешно противостояла крымскому войску. В 1606 году в Симонов монастырь царем Василием Шуйским были направлены стрельцы, которые вместе с монахами отражали войска Ивана Болотникова. Наконец, в 1611 году, во время сильнейшего пожара в Москве, многие жители столицы укрылись за монастырскими стенами.
Частично дошедшие до наших времен новые стены монастыря и некоторые из башен, которые можно увидеть и поныне, были сооружены в 1630 году, при этом в состав новой крепости вошли фрагменты старой крепости, построенной Федором Конем. Окружность монастырских стен составляла 825 м, высота — 7 м. Из сохранившихся башен особенно выделяется угловая башня «Дуло», увенчанная высоким шатром с двухъярусной дозорной башенкой. Две другие уцелевшие башни — пятигранная «Кузнечная» и круглая «Солевая» — построены в 1640-е годы, когда велась перестройка оборонительных сооружений монастыря, пострадавших в Смутное время.
Трапезная Симонова монастыря была сооружена в 1680 году на средства царя Федора Алексеевича артелью каменщиков во главе с Парфеном Петровым. В состав «новой» трапезной с церковью Сергия Радонежского (1677—83; архитекторы И.Потапов, О.Д. Старцев) вошли фрагменты предыдущей постройки 1485 года. При строительстве нового здания Парфен Петров — мастер, строивший в традициях первой половины XVII века, использовал детали древней московской архитектуры, которые не пришлись по духу монастырским властям. Они возбудили против мастера судебную тяжбу, и три года спустя трапезная была перестроена заново в ярком, индивидуальном стиле московского барокко. На этот раз работами руководил известный московский мастер Осип Старцев — выдающийся зодчий конца XVII века много строивший в Москве, Киеве, Архангельске и Таганроге.
Новая трапезная Симонова монастыря стала одним из самых значительных сооружений конца XVII века. Пышно украшенное здание было ярко раскрашено «в шахмат» — стиль росписи, имитирующий каменную ограненную кладку. Церковь Сошествия Святого Духа при трапезной построена в 1700 году на средства царевны Марии Алексеевны, сестры Петра I. Она же принесла в дар монастырю золотой крест, осыпанный алмазами и изумрудами.
В монастырь вели трое ворот: восточные, западные и северные. В память об отражении нападения крымского хана Казы-Гирея в 1591 году была сооружена надвратная церковь Всемилостивого Спаса. Над восточными воротами в году была возведена надвратная церковь Св. Николая Чудотворца.
В прежние времена монастырь был одним из самых известных и почитаемых в России: сюда стекалось и огромное количество людей, и богатые материальные вклады. Особенной любовью монастырь пользовался у царя Федора Алексеевича (старшего брата Петра I), который имел здесь собственную келью для уединения.
В 1771 году монастырь был упразднен Екатериной II и по случаю распространившейся в то время эпидемии чумы был обращен в чумной изолятор. Лишь в 1795 году он был восстановлен в своем исконном качестве ходатайством графа Алексея Мусина-Пушкина.
В 1832 году было решено построить новую колокольню монастыря на средства, которые пожертвовал купец Иван Игнатьев. По первоначальному проекту колокольня должна была быть построена в классическом стиле по проекту известного архитектора Н. Е. Тюрина. Однако в те времена уже набирало силу движение за возврат к «традиционной» для России архитектуре, что привело к строительству величественной пятиярусной колокольни высотой 90 метров в «русском стиле» по проекту другого замечательного архитектора — К. А. Тона, которое было завершено в 1839 году. По архитектурному стилю и расположению она напоминала колокольню Новодевичьего монастыря. Самый большой из висевших там колоколов весил 1000 пудов. На четвёртом ярусе были установлены часы. Колокольня была одной из сильнейших архитектурных доминант Москвы своего времени и зрительно формировала завершенную картину живописной излучины Москва-реки вниз по течению от города.
После прихода советской власти в 1920 году монастырь был упразднен. В 1923 году в монастыре был учреждён музей, просуществовавший до 1930 год. Директор музея, Василий Иванович Троицкий (1868—1944), наладил отношения с церковной общиной: разрешил службы в одном из храмов монастыря в обмен на предоставление сторожей и дворников за счёт общины.
В январе 1930 года правительственная комиссия признала, что часть древних сооружений на территории монастыря могут быть сохранены как исторические памятники, но собор и стены следует снести. Колокольня была разобрана еще раньше, в 1929 году.
Взрыв прогремел в ночь на 21 января, точно в шестую годовщину смерти В. И. Ленина. На воздух взлетели пять из шести церквей, в том числе Успенский собор, колокольня, надвратные церкви, а также башни Сторожевая и Тайницкая с прилегавшими к ним постройками. На рабочих субботниках были разобраны все стены монастыря, кроме южной, а также стерты с лица земли все могилы на территории обители. На месте развалин «крепости церковного мракобесия», как писал журнал «Огонек», в 1932—1937 годах поднялся Дворец культуры ЗИЛа.
По поводу этих трагических событий сохранилось воспоминание С.М.Голицына: «Следующей жертвой был выбран московский Симонов монастырь. Издали он напоминал Новодевичий, стоял на высоком холме над Москвой-рекой, был виден за много верст, люди всегда любовались великолепным ансамблем. Там находились древнейшие, XVI века, гражданские здания, стены с мощными древними башнями окружали его. «Очаг мракобесия,— вопили газеты, -- симоновский холм — самое место для дворца культуры завода, названного именем Сталина, выпускавшего грузовики!» Протестующие голоса ученых и членов общества «Старая Москва» потонули в неистовых визгах газет об этом самом очаге. С тех пор я близко не могу подходить к тому холму, на котором высятся темные кубы означенного Дворца культуры. У меня хранится фотокопия страницы из «Рабочей газеты» от 20 января 1930 года, там помещены: постановление Моссовета от 12 января о разрушении монастыря, статья, как со всей Москвы должны с кувалдами, с ломами, с лопатами прийти колонны добровольцев-энтузиастов, как надо организовать их питание и медобслуживание, а также фельетон восторженного борзописца».
В монастырском соборе были похоронены Симеон Бекбулатович, крещеный татарский царевич, по прихоти Ивана Грозного «венчанный» в 1574 году «царем и великим князем всея Руси» и через год им же «свергнутый». Во время правления Годунова отставной царь Симеон подвергся жестоким гонениям: он был ослеплен и изгнан из Москвы. При Лжедмитрии I страдалец был пострижен в монахи и сослан в Соловецкий монастырь, но затем возвращен в Москву. Это была единственная милость, оказанная несчастному татарину в конце жизни. Последние свои дни он провел в Симоновом монастыре, где и умер под именем схимонаха Стефана в 1616 году. Здесь же был погребен сын Дмитрия Донского Константин Дмитриевич, прославившийся своей победой во главе псковского войска над ливонцами в 1407 году. Впоследствии он принял постриг под именем Кассиана. Как простой инок жил в Симоновом монастыре и здесь же умер. В Успенском соборе находились родовые захоронения князей Мстиславских, в том числе знаменитого Федора Михайловича — главы Семибоярщины. Ему трижды били челом занимать русский престол, но он всякий раз отказывался. Там же покоились крупные русские военачальники — первый кавалер ордена Андрея Первозванного, сподвижник Петра I генерал-фельдмаршал Ф.А. Головин (1650–1706) и генерал-фельдмаршал В.П. Мусин-Пушкин (1735–1804). Особенное значение для монастыря имело родовое захоронение бояр Ховриных-Головиных. Сама территория, на которой расположен монастырь, принадлежала когда-то боярину Стефану Васильевичу Ховрину. Он подарил эту землю в 1370 году основателю монастыря игумену Федору. А впоследствии Стефан Васильевич и сам постригся в монахи под именем инока Симона. От него и монастырь стал называться — Симоновским. По другой версии, земля принадлежала князю Симеону Гордому.
На территории Симонова монастыря находился обширный некрополь, где были похоронены поэт Д. В. Веневитинов (1805—1827), писатель С. Т. Аксаков (1791—1859), его сын К. С. Аксаков (1817—1860), композитор А. А. Алябьев (1787—1851), известный библиофил и коллекционер А. П. Бахрушин (1853—1904), дядя А. С. Пушкина — Н. Л. Пушкин, а также многочисленные представители старинных русских дворянских фамилий — Загряжские, Оленины, Дурасовы, Вадбольские, Соймоновы, Муравьёвы, Исленьевы, Татищевы, Нарышкины, Шаховские.
В 1930-х годах, одновременно с монастырём, был уничтожен и некрополь. С его разорённого кладбища на Новодевичье были перенесены останки поэта Д. В. Веневитинова и писателей С. Т. и К. С. Аксаковых. Вскрывавших захоронения рабочих поразило то, что из левой части груди Сергея Тимофеевича Аксакова в области сердца рос корень громадной березы, покрывавшей всю фамильную могилу Аксаковых.
Разорённые захоронения были превращены в мусорные ямы, и прямо на костях усопших открылся сначала гальванический, а потом столярный цех.
После возвращения монастыря церкви во время строительных работ в 1990-х гг. некоторые останки были найдены и вновь захоронены.
Все могилы, находящиеся здесь, были разрушены и осквернены. Многие останки были обретены во время того, как вывозился строительный мусор отсюда. Проведена большая работа по идентификации и разделению останков человека от животных. После чего останки, которые соответствуют останкам человека, были здесь в некрополе с отданием необходимых почестей и обрядов захоронены.