Мощи преподобного были вскрыты властями в Свирском монастыре 19 декабря 1918г. и увезены в Лодейное Поле. Однако накануне этих событий монастырская братия произвела освидетельствование мощей святого, обретенных «в теле» в 1641 г. Они констатировали, что за 300 лет мощи претерпели серьезные разрушения: упали ребра грудной клетки, а пальцы ног и кости стоп рассыпались. Этот текст был переписан протоиереем Николаем Чуковым, впоследствии ставшим митрополитом Ленинградским с именем Григорий, и хранился в его личном архиве. Факт отправки мощей в Петроград и передачи их в ведение Наркомздрава не подтверждается сохранившимися архивными документами. Согласно информации сотрудника Государственной академии материальной культуры Бориса Моллоса, весной 1919 г. по требованию уездной чрезвычайной комиссии мощи были уничтожены местным лодейнопольским советом.
Весной 1998 г. исполняющим обязанности настоятеля монастыря был назначен игумен Лукиан (Куценко). Поиски привели игумена в фундаментальный музей кафедры нормальной анатомии Военно-медицинской академии, где им был найден мумифицированный труп неизвестного мужчины идеальной сохранности. Его отличал брахицефальный антропологический тип, обрезанные гениталии и срезанные подушечки пальцев рук. Состояние найденного тела отличалось от состояния мощей, зафиксированного монастырским актом 1918 г., а его владелец явно не принадлежал ни к Церкви Христовой, ни к средневековым новгородцам. Однако это не смутило игумена, а привлеченная им старший научный сотрудник Музея антропологии и этнографии им.Петра Великого РАН кандидат биологических наук Ю.Беневоленская 17 июля 1998г. выдала заключение, что «исследуемый обладает антропологическим типом, свойственным вепсам», к которым якобы и принадлежал преподобный, будучи родом из Юго-Восточного Приладожья. Другой сотрудник игумена кандидат биологических наук инокиня Леонида (Сафонова) скрыла обнаруженный ею документ, свидетельствующий об уничтожении мощей в 1919 г. Игуменом было объявлено, что открытые им мощи начали «мироточить».
После этого Лукиан, ссылаясь на «приближение отпускного периода», не уведомив петербургского митрополита Владимира (Котлярова), 28 июля добился от начальника ВМА Ю. Шевченко передачи тела. Акт был подписан начальником кафедры полковником И. Гайворонским, майором Д. Старчиком, капитаном Г. Ничипоруком и доцентом М. Твардовской. Среди заключений экспертов, на которые ссылался акт, фигурировало имя В. Ковалева, выступавшего категорически против предлагаемой идентификации. Акт сообщал, что «анатомический препарат «мумифицированный труп мужчины»», числящийся в каталогах фундаментального музея кафедры, может быть идентифицирован как искомые мощи. Анатомический препарат попал в Музей в 1930-е гг. и мог быть передан сюда правоохранительными органами.
Лишь 30 июля, получив в свое распоряжение тело, устроив ему торжественную встречу и раструбив о случившемся по всей России, Лукиан отправил соответствующий рапорт митрополиту Владимиру (Котлярову). В тот же день, не вникая в обстоятельства дела и не принимая во внимание только что принятое Определение Синода от 21 июля 1998 г. об обязательном освидетельствовании святых мощей епархиальной комиссией, митрополит подписал резолюцию: «Благословляется совершение молебнов у раки с мощами преподобного Александра Свирского». В августе 1998 г. в Петербурге побывал патриарх Алексий (Ридигер), которого митрополит тут же повез прикладываться к «мощам». Только после того, как предстоятель церкви поцеловал неизвестного, присутствовавший здесь митрополит Крутицкий Ювеналий (Поярков) задал вопрос, создавалась ли епархиальная комиссия. Такая комиссия была спешно создана в сентябре. Ее председателем был назначен ректор Петербургской Духовной академии епископ Константин (Горянов), который, осмотрев мощи, не отметил никаких фактов мироточения, но отметил факт обрезания и впоследствии рассказывал о чувстве физической тошноты, охватившей его при виде «анатомического препарата». Уже после первого заседания, в октябре 1998 г., комиссия прекратила свое существование, поскольку ее выводы однозначно опровергали подлинность мощей. Тело было по-тихому отвезено в Александро-Свирский монастырь. В январе 2001 г. Митрополит Владимир (Котляров) подал патриарху рапорт об утверждении дня празднования второго обретения мощей. 29 января последовала патриаршая резолюция: «Благословляется совершать празднование второго обретения мощей прп. Александра Свирского 17/30 июля». После того как патриарха заставили поцеловать неизвестное тело, судьба тела была решена: признать, что патриарх и тысячи верующих прикладывались к лжемощам, было невозможно…