Группа со значением "Привет"
Охаё годзаймасу (Ohayou gozaimasu) - "Доброе утро". Вежливое приветствие. В молодежном общении может использоваться и вечером. Напоминаю, что в большинстве случаев "у" после глухих согласных не произносится, то есть, данное выражение обычно произносится как "Охаё годзаймас".
Охаё (Ohayou) - Неформальный вариант.
Оссу (Ossu) - Очень неформальный мужской вариант. Часто произносится как "Осс".
Коннитива (Konnichiwa) - "Добрый день". Обычное приветствие.
Комбанва (Konbanwa) - "Добрый вечер". Обычное приветствие.
Хисасибури дэсу (Hisashiburi desu) - "Давно не виделись". Стандартный вежливый вариант.
Хисасибури нэ? (Hisashiburi ne?) - Женский вариант.
Хисасибури да наа... (Hisashiburi da naa) - Мужской вариант.
Яххо! (Yahhoo) - "Привет". Неформальный вариант.
Оой! (Ooi) - "Привет". Весьма неформальный мужской вариант. Обычное приветствие при перекличке на большом расстоянии.
Ё! (Yo!) - "Привет". Исключительно неформальный мужской вариант.
Гокигэнъё (Gokigenyou) - "Здравствуйте". Редкое, очень вежливое женское приветствие.
Моси-моси (Moshi-moshi) - "Алло". Ответ по телефону.

Группа со значением "Пока"
Саёнара (Sayonara) - "Прощай". Обычный вариант. Говорится, если шансы скорой новой встречи невелики.
Сараба (Saraba) - "Пока". Неформальный вариант.
Мата асита (Mata ashita) - "До завтра". Обычный вариант.
Мата нэ (Mata ne) - Женский вариант.
Мата наа (Mata naa) - Мужской вариант.
Дзя, мата (Jaa, mata) - "Еще увидимся". Неформальный вариант.
Дзя (Jaa) - Совсем неформальный вариант.
Дэ ва (De wa) - Чуть более формальный вариант.
Оясуми насай (Oyasumi nasai) - "Спокойной ночи". Несколько формальный вариант.
Оясуми (Oyasumi) - Неформальный вариант.

Группа со значением "Да"
Хай (Hai) - "Да". Универсальное стандартное выражение. Также может значить "Понимаю" и "Продолжайте". То есть, оно совсем не обязательно означает согласие.
Хаа (Haa) - "Да, господин". Очень формальное выражение.
Ээ (Ee) - "Да". Не очень формальная форма.
Рёкай (Ryoukai) - "Так точно". Военный или полувоенный вариант.

Группа со значением "Нет"
Иэ (Ie) - "Нет". Стандартное вежливое выражение. Также вежливая форма отклонения благодарности или комплимента.
Най (Nai) - "Нет". Указание на отсутствие или несуществование чего-либо.
Бэцу ни (Betsu ni) - "Ничего".

Группа со значением "Конечно":
Наруходо (Naruhodo) - "Конечно", "Конечно же".
Мотирон (Mochiron) - "Естественно!" Указание на уверенность в утверждении.
Яхари (Yahari) - "Так я и думал".
Яппари (Yappari) - Менее формальная форма того же самого.

Группа со значением "Может быть"
Маа... (Maa) - "Может быть..."
Саа... (Saa) - "Ну..." В смысле - "Возможно, но сомнения еще остаются".

Группа со значением "Неужели?"
Хонто дэсу ка? (Hontou desu ka?) - "Неужели?" Вежливая форма.
Хонто? (Hontou?) - Менее формальная форма.
Со ка? (Sou ka?) - "Надо же..." Иногда произносится как "Су ка!"
Со дэсу ка? (Sou desu ka?) - Формальная форма того же самого.
Со дэсу нээ... (Sou desu nee) - "Вот оно как..." Формальный вариант.
Со да на... (Sou da naa) - Мужской неформальный вариант.
Со нээ... (Sou nee) - Женский неформальный вариант.
Масака! (Masaka) - "Не может быть!"

Группа со значением "Пожалуйста"
Онэгай симасу (Onegai shimasu) - Весьма вежливая форма. Может использоваться самостоятельно. Особенно часто используется в просьбах типа "сделайте нечто для меня". Напоминаю, что в большинстве случаев "у" после глухих согласных не произносится, то есть, данное выражение обычно произносится как "Онэгай симас".
Онэгай (Onegai) - Менее вежливая, более часто встречающаяся форма.
- кудасай (kudasai) - Вежливая форма. Добавляется как суффикс к глаголу. Например, "китэ-кудасай" - "Пожалуйста, приходите".
- кудасаймасэн ка? (kudasaimasen ka) - Более вежливая форма. Добавляется как суффикс к глаголу. Переводится как "не могли бы вы сделать нечто для меня?". Например, "китэ-кудасаймасэн ка?" - "Не могли бы вы придти?".

Группа со значением "Спасибо"
Домо (Doumo) - Краткая форма, обычно говорится в ответ на небольшую "бытовую" помощь, скажем, в ответ на поданное пальто и на предложение войти.
Аригато годзаймасу (Arigatou gozaimasu) - Вежливая, несколько формальная форма. Напоминаю, что в большинстве случаев "у" после глухих согласных не произносится, то есть, данное выражение обычно произносится как "Аригато годзаймас".
Аригато (Arigatou) - Менее формальная вежливая форма.
Домо аригато (Doumo arigatou) - "Большое спасибо". Вежливая форма.
Домо аригато годзаймасу (Doumo arigatou gozaimasu) - "Огромное вам спасибо". Очень вежливая, формальная форма.
Катадзикэнай (Katajikenai) - Старомодная, очень вежливая форма.
Осэва ни наримасита (Osewa ni narimashita) - "Я - ваш должник". Очень вежливая и формальная форма.
Осэва ни натта (Osewa ni natta) - Неформальная форма с тем же значением.

Группа со значением "Пожалуйста"
До итасимаситэ (Dou itashimashite) - Вежливая, формальная форма.
Иэ (Iie) - "Не за что". Неформальная форма.

Группа со значением "Простите"
Гомэн насай (Gomen nasai) - "Извините, пожалуйста", "Прошу прощения", "Мне очень жаль". Весьма вежливая форма. Выражает сожаление по некоторому поводу, скажем, если приходится кого-то потревожить. Обычно не является собственно извинением за существенный проступок (в отличие от "сумимасэн").
Гомэн (Gomen) - Неформальная форма.
Сумимасэн (Sumimasen) - "Прошу прощения". Вежливая форма. Выражает извинение, связанное с совершением существенного проступка.
Суманай/Суман (Sumanai/Suman) - Не очень вежливая, обычно мужская форма.
Суману (Sumanu) - Не очень вежливая, старомодная форма.
Сицурэй симасу (Shitsurei shimasu) - "Прошу прощения". Очень вежливая формальная форма. Используется, скажем, чтобы войти в кабинет начальника.
Сицурэй (Shitsurei) - Аналогично, но менее формальная форма
Мосивакэ аримасэн (Moushiwake arimasen) - "Мне нет прощения". Очень вежливая и формальная форма. Используется в армии или бизнесе.
Мосивакэ най (Moushiwake nai) - Менее формальный вариант.
Прочие выражения
Додзо (Douzo) - "Прошу". Краткая форма, предложение войти, взять пальто и так далее. Обычный ответ - "Домо".
Тётто... (Chotto) - "Не стоит беспокоиться". Вежливая форма отказа. Например, если вам предлагают выпить чаю.

Группа "Уход и возвращение"
Иттэ кимасу (Itte kimasu) - "Я ушел, но еще вернусь". Произносится при уходе на работу или в школу.
Тётто иттэ куру (Chotto itte kuru) - Менее формальная форма. Обычно значит нечто вроде "Я выйду на минутку".
Иттэ ирасяй (Itte irashai) - "Возвращайся поскорей".
Тадайма (Tadaima) - "Я вернулся, я дома". Иногда говорится и вне дома. Тогда эта фраза значит "духовное" возвращение домой.
Окаэри насай (Okaeri nasai) - "Добро пожаловать домой". Обычный ответ на "Тадайма".
Окаэри (Okaeri) - менее формальная форма.

Группа "Еда"
Итадакимасу (Itadakimasu) - Произносится перед тем, как начать есть. Буквально - "Я принимаю [эту пищу]". Напоминаю, что в большинстве случаев "у" после глухих согласных не произносится, то есть, данное выражение обычно произносится как "Итадакимас".
Готисосама дэсита (Gochisousama deshita) - "Спасибо, было очень вкусно". Произносится по окончании еды.
Готисосама (Gochisousama) - Менее формальная форма.

Кавайи! (Kawaii) - "Какая прелесть!" Часто употребляется по отношению к детям, девушкам, очень красивым парням. Вообще, в этом слове сильно значение "видимость слабости, женственности, пассивности (в сексуальном смысле этого слова)". По мнению японцев, наиболее "кавайи" создание - это белокурая пай-девочка лет четырех-пяти с европейскими чертами лица и голубыми глазами.
Сугой! (Sugoi) - "Круто" или "Крутой/крутая!" По отношению к людям используется для обозначения "мужественности".
Каккоии! (Kakkoii!) - "Крутой, красивый, офигительный!"
Сутэки! (Suteki!) - "Крутой, очаровательный, прекрасный!" Напоминаю, что в большинстве случаев "у" после глухих согласных не произносится, то есть, данное выражение обычно произносится как "Стэки!".
Ковай! (Kowai) - "Страшно!" Выражение испуга.
Абунай! (Abunai) - "Опасно!" или "Берегись!"
Хидой! (Hidoi!) - "Злюка!", "Злобно, плохо".
Тасукэтэ! (Tasukete) - "На помощь!", "Помогите!" Напоминаю, что в большинстве случаев "у" после глухих согласных не произносится, то есть, данное выражение обычно произносится как "Таскэтэ!".
Ямэро!/Ямэтэ! (Yamero/Yamete) - "Остановитесь!"
Дамэ! (Dame) - "Нет, не делайте этого!"
Хаяку! (Hayaku) - "Быстрее!"
Маттэ! (Matte) - "Постойте!"
Ёси! (Yoshi) - "Так!", "Давай!". Обычно произносится как "Ёсь!".
Икудзо! (Ikuzo) - "Пошли!", "Вперед!"
Итай!/Итээ! (Itai/Itee) - "Ой!", "Больно!"
Ацуй! (Atsui) - "Горячо!"
Дайдзёбу! (Daijoubu) - "Все в порядке", "Здоров".
Кампай! (Kanpai) - "До дна!" Японский тост.
Гамбаттэ! (Ganbatte) - "Не сдавайся!", "Держись!", "Выложись на все сто!", "Постарайся на совесть!" Обычное напутствие в начале трудной работы.
Ханасэ! (Hanase) - "Отпусти!"
Хэнтай! (Hentai) - "Извращенец!"
Урусай! (Urusai) - "Заткнись!"
Усо! (Uso) - "Ложь!"
Ёкатта! (Yokatta!) - "Слава богу!", "Какое счастье!"
Ятта! (Yatta) - "Получилось!"

^_^ - улыбка.
^_- - подмигивание.
^ ^ - улыбка через силу.
;_; - плач.
(T_T) - горький плач.
v_v - грусть.
o_o - удивление.
V_v - неприятное удивление.
0_0 - большое удивление.
O_o - такое большое удивление, что аж перекосило.
*_* - фанатение.
@_@ - обалдение.
>_< - злость.
-_-; - болезнь.
+_+ - смерть.
%_% - после ночи за компьютером.
*^_^* - покраснение от смущения.
^}{^ - любовь.
(-.-)Zzz.. - сон.
(^_^)/~~ - приветствие.