В феврале 1690 у Лопухиной родился первый сын – царевич Алексей Петрович, в октябре 1691 – второй сын, царевич Александр Петрович, вскоре умерший.

Алексей Петрович

Желая размеренной старозаветной московской жизни, она не хотела изменять привычного уклада, а это вело к возрастающей неприязни между супругами. Воспитанная по старине Евдокия не могла привлечь к себе молодого и энергичного мужа и понять причину его увлечений "марсовыми делами" и "нептуновыми потехами". Она не разделяла взглядов Петра и поэтому не могла простить мужу его постоянных отлучек из дома. 

 Пётр I в иноземном наряде перед матерью своей царицей Натальей, патриархом Андрианом и учителем Зотовым.Николай Васильевич Неврев (1830-1904),

Даже рождение сыновей не могло уже сблизить их. Охлаждение между супругами началось с 1692, когда Петр I познакомился в московской Немецкой слободе с дочерью торговца Анной Монс. 

Окончательно Петр I оставил жену в 1694 после смерти своей матери. Лопухину пока еще называли царицей, она жила с сыном в Кремле, но ее родственники Лопухины, занимавшие видные государственные посты, уже попали в опалу. После возвращения Петра I из-за границы в 1698 царица Евдокия была сослана Петром I в Суздальский Покровский монастырь и насильно пострижена в монахини под именем Елена.

Суздальский Покровский монастырь

Евдокия Лопухина в монашеском облачении

В Манифесте 1718 года, изданном в связи с "делом царевича Алексея", Петр I сформулировал обвинения против бывшей царицы: "...за некоторые ее противности и подозрения". Лопухиной не было назначено содержание от казны; все необходимое она получала от родственников.

В 1709 году Степан Глебов, в звании майора, оказался в Суздале по делам службы и заодно навестил свою сверстницу и давнюю знакомую Евдокию Лопухину. Глебов расспросил о ее жизни и рассказал о своем неудачном браке, длившемся шестнадцать лет и не приносящем ему никакой радости.

Монахиня Елена - ссылная супруга Петра I - царица Евдокия (в девичестве Лопухина).

После первого свидания он передал Евдокии две шкурки песцов, соболей и плотной парчи. Затем Глебов стал регулярно присылать несчастной красавице пищу. Шел год за годом, но их любовь все больше крепла и расцветала. Они мечтали, чтобы ее освободили, и они могли бы стать счастливой парой.

 «Петр I допрашивает царевича Алексея Петровича в Петергофе», картина Николая Ге, 1871 г.

Во время следствия по делу Кикина и царевича Алексея было открыто и участие Евдокии Лопухиной в заговоре 1718 года. Лопухину обвинили в причастности к этому и допрашивали ее "с пристрастием", вынуждая давать показания и признания в тайной связи с генералом С. Глебовым. 

В письме к Петру она призналась во всем и просила прощения, чтобы ей "безродною смертью не умереть". Жестоко казнив всех замешанных в деле, в том числе и С. Глебова, Петр ограничился переводом бывшей жены в Ладожский - Успенский монастырь.

При императрице Екатерине I Евдокия Лопухина была заточена в Шлиссельбурге и содержалась в строго секретном заключении как государственная преступница под именем "известной особы". С воцарением Петра II, внука Евдокии, ее перевели в Москву в Новодевичий монастырь – ей было дано большое годовое содержание в 60 тысяч рублей и назначено особое обслуживание.

 Новодевичий монастырь

Никакой роли при дворе Петра II Лопухина не играла. 

Император Петр II со своей любимой сестрой Натальей Алексеевной и теткой – молодой красавицей Елизаветой Петровной, в которую юный Петр был влюблен, обосновался в Кремлевском Дворце. Там его навещала бабушка Евдокия, однако царственным внучатам вскоре наскучили ее наставления, император Петр II, окружив бывшую затворницу почестями и обеспечив ее в денежном отношении, чего она была так долго лишена, считал свой долг тем самым исполненным. 

портрет императора Петра II

Петр II  и Елизавета Петровна

После смерти молодого императора Петра II и в связи с пресечением прямой линии Петра I кандидатура Евдокии Лопухиной даже рассматривалась Верховным тайным советом в качестве возможной претендентки на престол, но Лопухина от короны отказалась. Последние годы в Новодевичьем монастыре жила в палатах, которые впоследствии стали называться "лопухинскими". 

Кубок инокини Елены Федоровны, бывшей царицы Евдокии

Анна Иоанновна
 

Обласканная новой императрицей Анной Иоанновной, царица Евдокия Федоровна мирно почила 27 августа (9 сентября) 1731 года в Московском Новодевичьем монастыре, пережив близких потомков супруга-императора Петра I: его вторую державную супругу Екатерину I, детей от его второго брака, кроме цесаревны Елизаветы. А также всех своих детей, в том числе безвинно убиенного царевича Алексея и, наконец, неожиданную смерть единственного внука – императора Петра II (1730 г.). 

Погребена царица Евдокия Федоровна в Московском Новодевичьем монастыре у южной стены собора Смоленской иконы Божьей Матери.