ПРОСТЫВАЕМ ПО ГРАФИКУ |

|
Метки: Биология и медицина |
Почему я хочу чтобы люди вакцинировались |
|
Метки: Биология и медицина |
Начинаются клинические испытания ещё одной отечественной вакцины против COVID-19 |
Сегодня во многих российских СМИ появилось сообщение о том, что МЗ РФ выдало разрешение на клинические испытания (фаза 1-2) ещё одной отечественной экспериментальной вакцины против COVID-19, которая называется “Бетувакс-Ков-2”. Эта вакцина, цитирую из СМИ: «представляет собой рекомбинантную вакцину на основе сферических частиц с поверхностным антигеном (белком) коронавируса». Она разработана Институтом стволовых клеток человека. В разрешении МЗ оговорены сроки клинических испытаний (27/9/2021 – 31/8/2022) и общее число добровольцев (170 человек).
Всё это можно прочесть на множестве новостных ресурсов. Какой-то дополнительной научной информации по Бетувакс-Ков-2 у меня нет. Зачем же этот пост? Я хочу, используя сегодняшние сообщения о Бетувакс-Ков-2, ещё раз привлечь внимание к серьёзной проблеме, которая, увы, касается всех российских вакцин против COVID-19. Это дефицит научной информации (публично доступной!), которая позволяла бы специалистам и широкой публике понять базовые научные характеристики тех или иных вакцин и их клинических испытаний. Не буду голословным и «пройдусь» по доступной информации о Бетувакс-Ков-2.
Из описания вакцины следует, что её иммуногеном является «поверхностный антиген (белок)» вируса. Из этого можно заключить, что речь идёт о белке (гликопротеине) S. Но есть разные варианты использования этого белка в вакцине – это может быть полноразмерный белок S или его фрагменты (RBD, S1). Никакой информации об этом пока нет.
Обозначено, что иммуноген вакцины это «рекомбинантный белок». Но это слишком обще. Рекомбинантный белок может нарабатываться в бактериях (для вакцины иммуноген которой гликопротеин это худший вариант – у бактерий совершенно по-иному проходит гликозилирование белков). Для наработки рекомбинантного белка могут быть использованы клетки дрожжей или насекомых или различных млекопитающих (эти варианты лучше). Но в каком бы типе клеток не нарабатывался рекомбинантный белок, важнейшее значение имеет генетический вариант гена, кодирующего S-белок. Это может быть исходный «уханьский» вариант, а могут быть и более актуальные варианты, скажем «дельта». Последнее кажется логичным для вакцины, выходящей на клинические испытания во время повсеместного доминирования «дельты». Другой немаловажный вопрос – иммуноген вакцины кодируется «природным» геном, или в его структуру внесены модификации, повышающие иммуногенность (например, фиксация в «pre-fusion” конфигурации)?
Далее, что это за «сферические частицы», в состав которых входит “поверхностный антиген» вируса. Они состоят только из иммуногена (S) или там есть что-то ещё. Если есть, то что? Ещё вопрос – эти частицы используются для иммунизации сами по себе или в смеси с адъювантом? Если верно последнее, какой адъювант? Мне могут возразить – мол, это «секреты фирмы». Но закрытой может быть только информация о know how изготовления этих частиц. А вопросы, заданные выше, общие. Ответы на такого рода вопросы можно найти в опубликованной информации не только о западных вакцинах, но и китайских, индийских.
Разрешение на клинические испытания предполагает, что успешно пройдены доклинические испытания на лабораторных животных. Но никакой конкретной информации об этих испытаниях нет. Какие лабораторные модели SARS-CoV-2 инфекции/ COVID-19 использовались? Каков был масштаб этих испытаний? Есть ли данные о протективности? Если да, на каких животных? В такого рода данных никакого секрета нет. В отношении многих других вакцин это было опубликовано, причём, как правило, до начала клинических испытаний.
Наконец, информации о сроках клинических испытаний и количестве добровольцев явно недостаточно. Общепринятая практика в этой области – публикация полного протокола клинических испытаний до их начала. В таком протоколе детальнейшим образом должно быть описано как конкретно будут проводиться испытания, как будет оцениваться безопасность и иммуногенность (это цели фаз 1 и 2), какова будет процедура внесения изменений в протокол испытания, если таковые понадобятся. К сожалению, такие протоколы в публичном доступе отсутствуют, причём не только по Бетувакс-Ков-2, но и по всем другим российским вакцинам против COVID-19.
Как только информация, относящаяся к перечисленным выше вопросам, появится, и не только по Бетувакс-Ков-2, но и по другим российским вакцинам, я обязательно об этом напишу.
Проф_АФВ
Дополнение 28-1-2021. Кое-что прояснилось. Спасибо читателям (Дмитрий Прозоров, physicus, ilia_yasny) за дополнения. Теперь понятно, что иммуноген это рекомбинантный RBD (по нему остаётся немало вопросов), а адъювант это бетулин (https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%91%D0%B5%D1%82%D1%83%D0%BB%D0%B8%D0%BD ). Последний составляет основу «сферических частиц», на которых адсорбирован рекомбинантный RBD. Наиболее информативен текст российского патента, выданного 7-6-2021 (https://patents.google.com/patent/RU2749193C1/ru ). Там много технологических деталей. Из того, что имеет значение в контексте доклинических испытаний, это данные по иммуногенности на мышах. Иммуногенность оценивалась по выработке связывающихся антител против RBD. Данных о нейтрализующие антитела и, тем более, о протективности на лабораторных моделях, в патенте нет. До сих пор бетулин не использовался в качестве адъюванта в вакцинах. Так-что с оригинальностью всё в порядке. Но, это и дополнительная сложность — «введение в обиход» нового адъюванта это крайне сложная задача. Недаром, в этой области продолжает доминировать гидроокись алюминия – адъювант, используемый с конца 1920х годов.
|
Метки: Биология и медицина |
Ревакцинация против COVID-19 в CША – старт дан, но всеобщей она пока не будет |
Позавчера у меня дома исчез интернет и так продолжалось почти два дня. Поэтому оперативно реагировать на ход заседания ACIP, посвящённого ревакцинации, я не смог. А сейчас уже опубликовано соответствующее решение CDC. Это официально позволят начать компанию ревакцинации вакциной Pfizer-BioNTech (только этой вакциной!) лиц, относящихся к оговоренным в нём контингентам (пресс-релиз: https://www.cdc.gov/media/releases/2021/p0924-booster-recommendations-.html ). В оригинале наиболее важная часть этого документа сформулирована так:
CDC recommends:
1. people 65 years and older and residents in long-term care settings should receive a booster shot of Pfizer-BioNTech’s COVID-19 vaccine at least 6 months after their Pfizer-BioNTech primary series,
2. people aged 50–64 years with underlying medical conditions should receive a booster shot of Pfizer-BioNTech’s COVID-19 vaccine at least 6 months after their Pfizer-BioNTech primary series,
3. people aged 18–49 years with underlying medical conditions may receive a booster shot of Pfizer-BioNTech’s COVID-19 vaccine at least 6 months after their Pfizer-BioNTech primary series, based on their individual benefits and risks, and
4. people aged 18-64 years who are at increased risk for COVID-19 exposure and transmission because of occupational or institutional setting may receive a booster shot of Pfizer-BioNTech’s COVID-19 vaccine at least 6 months after their Pfizer-BioNTech primary series, based on their individual benefits and risks.
В первых двух пунктах оговорено кому 3-я инъекция вакцины Pfizer-BioNTech должна (should) быть сделана через 6 месяцев после 2-й инъекции (65 лет и старше, обитатели учреждений длительного ухода; 50-64 года с сопутствующими заболеваниями, оговоренными в отдельном списке CDC).
В двух последующих пунктах оговорено кому 3-я инъекция вакцины Pfizer-BioNTech может быть (may) сделана через 6 месяцев после 2-й инъекции (18-40 года с сопутствующими заболеваниями, оговоренными в отдельном списке CDC; 18-64 года при наличии «производственного» (в широком смысле - occupational or institutional) высокого риска заражения SARS-CoV-2, в зависимости от индивидуального соотношения риска и пользы).
ACIP единогласно поддержал только первый пункт этого решения. По второму пункту результат голосования был 13 «за, 2 «против»; по третьему - 9 «за», 6 «против». В по четвёртому пункту большинство ACIP проголосовало против (9 «против», 6 «за»). Но директор CDC Rochelle P. Walensky по этому пункту приняла решение, не совпадающее с результатом голосования ACIP (это в её полномочиях).
Юридически, ревакцинация в США может быть начата сразу же после того, как директор CDC поставил(а) свою подпись под такого рода решением.
На заседании ACIP cделано несколько интересных докладов в которых были и пока неопубликованные данные. Ознакомлюсь с этим подробнее и, возможно, напишу отдельно.
Проф_АФВ
|
Метки: Биология и медицина |
Иммунизация детей в возрасте 5-11 лет вакциной PfizerBioNTech на подходе |
Исполнительный директор компании Pfizer Albert Bourla объявил, что завершен анализ данных клинического испытания безопасности и иммуногенности вакцины PfizerBioNTech для детей в возрасте 5-11 лет (https://www.businesswire.com/news/home/20210920005452/en/ ) . В ближайшее время компания планирует ознакомить (share data with) с этими данными FDA, EMA и «других регуляторов». В этой возрастной группе использовалась доза 10мкг (у детей 12 лет и старше и взрослых используется доза 30мкг). Среднегеометрические титры нейтрализующих антител (обратные) через месяц после 2й дозы были очень высокими — 1198 (95% ДИ: 1106 - 1297). Этот показатель у контрольной группы (16-25 лет) статистически значимо не отличался - 1146 (95% ДИ: 1045 - 1257). В испытании участвовало 2268 детей этой возрастной группы. Относительно безопасности сказано, что вакцина хорошо переносится, побочные эффекты в целом сопоставимы с таковыми в группе 16-25 лет. Результаты этого испытания будет опубликованы в научным журнале. Кроме этого заявлено, что результаты клинических испытаний PfizerBioNTech в возрастной группах 6мес – 2 года и 2-5 лет будет сообщены в «четвёртом квартале».
Проф_АФВ
|
Метки: Биология и медицина |
Имел ли миф о Содоме и Гоморре историческую основу или Библейская метеоритная археология |
|
Метки: Гуманитарные науки |
Соломоново решение экспертного комитета FDA о ревакцинация против COVID-19 в США |
Около месяца назад в США было объявлено о предстоящей ревакцинации всех полностью привитых от 16-ти лет и старше через 8 месяцев после завершения первичной вакцинации (об этом у меня был пост: https://prof-afv.livejournal.com/89711.html ). Ревакцинация должна была начаться 20 сентября, т.е. сегодня, и предполагалось проводить её всеми разрешёнными в США вакцинами. Но этого не случилось. Хотя, по всей видимости, менее масштабная реиммунизация в США вскоре начнётся. С чем же связана задержка и существенное изменение первоначального плана? Это интересно как пример функционирования американской системы принятия решений, касающихся вакцинации. Но у истории есть и «драматургический» компонент – это почти готовый сюжет для фильма или сериала.
Объявление о предстоявшей массовой ревакцинации исходило из офиса президента. Но такого рода решения в США принимаются не президентом или его администрацией, а специализированными государственными агентствами – FDA (в его функционал входит лицензирование вакцин) и CDC (отвечает за контроль инфекционных болезней). В отношении разрешения на применение вакцин функционалы этих двух агентств несколько перекрываются, что может быть источником межведомственных разборок. Но, в конечном итоге, для того чтобы вакцина «пошла в жизнь», необходимо одобрение как FDA, так и СDC. В этой паре первым решение принимает FDA.
Казалось бы, президент сказал и FDA должно заняться рассмотрением вопроса. Но деятельность FDA законодательно регулируется таким образом, что основанием для рассмотрения подобного вопроса должна быть соответствующая заявка производителя вакцины. Иными словами, производитель вакцины должен представить в FDA заявку на разрешение ревакцинации, включающую конкретную доказательную базу по этому вопросу. Между прочим, в заявке такого рода FDA требует предоставления первичных данных, которые его эксперты анализируют независимо от заявителя. Заявку на разрешение ревакцинации в FDA подали только Pfizer/BioNTech. Кстати, пора привыкать к торговому названию их вакцины – Сomirnaty. Именно по этим именем FDA эта вакцина фигурирует в выданном недавно полном разрешении (full approval) (о этом здесь: https://prof-afv.livejournal.com/91575.html ). Остальные производители разрешённых в США вакцин (Moderna и Johnson&Jonhson) на подачу заявки не решились. Хотя, возможно, что Moderna это уже сделала, или сделает в ближайшее время. Таким образом, два игрока из игры выбыли, по крайней мере пока.
Очень важным этапом прохождения заявки в FDA, является ее рассмотрение на заседании Комитета Экспертов, который сокращённо называется VRBPAC (Vaccines and Related Biological Products Advisory Committee). Члены VRBPAC не являются сотрудниками FDA. Помимо членов VRBPAC в заседании принимают участие заявитель, эксперты FDA, приглашенные эксперты и представители общественности. К заседанию VRBPAC эксперты FDA готовят «справку» (FDA Briefing Document), в которой представлена доказательная база (результат их независимого от заявителя анализа) и выводы. Впрочем, члены комитета с этой позицией могут и не согласиться. Что, собственно, и произошло на заседании VRBPAC 17 сентября.
Здесь, стоит сделать небольшой экскурс в историю «фронды», проявившейся на заседании VRBPAC. Сразу же после объявления о предстоящей ревакцинации, оппозицию этому решению высказали публично два высокопоставленных сотрудника FDA - директор Офиса Изучения и Экспертизы Вакцин (Office of Vaccines Research & Review) - Marion F. Gruber и её заместитель - Phillip R. Krause. Более того, в знак протеста они подали в отставку (отсроченную до октября-ноября 2021). Затем они, в соавторстве c несколькими учёными и сотрудниками ВОЗ, опубликовали в Lancet дискуссионную статью, в которой изложили суть своих возражений (об этом здесь: https://prof-afv.livejournal.com/93197.html ). Всё это наделало немало шума. Так что заседание VRBPAC, в котором, кстати, принимала участие и Marion F. Gruber, рядовым назвать нельзя.
Возвращаюсь к заседанию. Справка экспертов FDA (она в свободном доступе) здесь: https://www.fda.gov/media/152176/download. Заседание VRBPAC можно было наблюдать в живую (видео здесь: https://www.youtube.com/watch?v=WFph7-6t34M ). Длительность этого видео 8ч 9м. Не уверен, что среди читателей найдётся много желающих его смотреть целиком. Не делал этого и я – просмотрел лишь несколько наиболее важных моментов. Но, между прочим, на момент публикации поста это видео набрало 754 тысячи просмотров.
В ходе обсуждения, в котором в числе прочих был доклад от МЗ Израиля, многие членов комитета констатировали, что доказательная база в пользу всеобщей ревакцинации весьма скудная. Фактически, кроме данных из Израиля по протективности, ничего нет (препринт c описанием израильских данных здесь: https://www.gov.il/BlobFolder/reports/vaccine-efficacy-safety-follow-up-committee/he/files_publications_corona_booster-27082021.pdf ). При этом израильские данные охватывают очень короткий период и формат этого исследования таков, что сделать однозначные выводы нельзя, что было подтверждено и в справке экспертов FDA. Несмотря на заметную оппозицию, Председатель VRBPAC и официальный представитель FDA явно старались провести «президентскую повестку». На 7-м часу заседания Председатель поставил на голосование следующий «Вопрос 1»:
Do the safety and effectiveness data from clinical trial C4591001 support approval of a COMIRNATY booster dose administered at least 6 months after completion of the primary series for use in individuals 16 years of age and older?
В очень вольном переводе его суть сводится к тому, согласны ли члены комитета с тем, чтобы разрешить введение 3-й дозы вакцины COMIRNATY (PfizerBioNTech) через 6 месяцев после завершения первичной иммунизации, всем от 16-ти лет и старше.
На голосование отводилось 2 минуты. Его окончательный итог: 16 – «против», 2 – «за». Но, если вы посмотрите видео этого голосования (на видео это около 7 часовой отметки), то обнаружите, что счет голосования на экране был 16:3. Причем, 3 голоса «за» были поданы в самом начале двухминутного периода голосования. А ведь членов Комитета 18… Внимание сценаристов – интрига налицо! Чей это был голос? Сотрудница FDA, ответственная за голосование, поначалу не заметила, что 16+3=19. Голос за кадром ей это подсказал и при зачитывании поименных результатов голосования «лишний» голос был удалён. Было сказано, что это был голос не члена комитета, а «speaker». Каким образом у не члена комитета оказалась кнопка голосования и кто этот таинственный «speaker» остаётся неясным (а может уже прояснилось, но я об этом пока не знаю).
После «фиаско» с этим голосованием Председатель VRBPAC и представитель FDA задействовали «план Б». Они предложили переформулировать вопрос и для этого объявили 10-минутный перерыв. Переформулированный «Вопрос 2» был таков:
«Based on the totality of scientific evidence available, including the safety and effectiveness data from clinical trial C4591001, do the known and potential benefits outweigh the known and potential risks of a Pfizer-BioNTech Covid-19 vaccine booster dose administered at least 6 months after the completion of the primary series for use in:
· individuals 65 years of age and older and
· individuals at high risk of severe covid-19
В такой формулировке группа для ревакцинации сузилась – теперь это люди 65 лет и старше, а также, независимо от возраста, те, у кого высокий риск тяжёлого COVID-19. Замечу, что по второй группе много неясностей.
Перед вторым голосование представитель FDA подчеркнул, что в отличие от Вопроса 1, который ставился в контексте полновесного разрешения, Вопрос 2 ставится только в контексте временного чрезвычайного разрешения – EUA. Конечный результат второго голосования: 18 - «за», 0 - «против» (на видео в районе 7ч50м). Но без интриги опять не обошлось – первые результаты были 13:1, затем 17:1, а к концу двухминутного периода 18:0. Кто был этот «колеблющейся» осталось неизвестным.
После голосования была попытка некоторых членов Комитета прояснить конкретику по второй группе (высокий риск тяжелого COVID-19), на что Председатель ответил, что «тонкой настройкой» займётся экспертный комитет CDC. Его заседание должно состоятся в эту среду. Очень интересно, как этот комитет, который называется ACIP (Advisory Committee on Immunization Practices) осуществит «тонкую настройку».
Проф_АФ
Дополнение 21-9-2021. Предварительная программа заседаний ACIP (22-23/9/2021): https://www.cdc.gov/vaccines/acip/meetings/downloads/agenda-archive/agenda-2021-09-22-23-508.pdf
|
Метки: Биология и медицина |
Антропология неславянских народов Восточной Европы |


Беломоро-балтийский тип
Представлен у карел, вепсов, ижорцев. Здесь максимально выражены черты северных европеоидов восточно-европейского облика. Это население отражает комбинацию брахикефалии, уменьшения высоты лица и носа, значительного посветления пигментации и ослабления роста бороды, повышения встречаемости поднятого кончика носа. В соответствии с этим, он имеет следующие характеристики



Здесь и далее на картах красным выделен обсуждаемый тип.




















Еще один тип, довольно далеко расположен от остальных по своим антропологическим особенностям. Это лопарский тип.


"Так, беломоро-балтийский тип по отношению к восточно-европейскому смещен в направлении брахикефалии, уменьшения высоты лица и носа, значительного посветления пигментации и ослабления роста бороды, повышения встречаемости поднятого кончика носа - то есть в сторону нарастания черт северо-восточных европеоидов. Вычегодский тип по отношению к восточно-европейскому смещен, по существу, в том же направлении, но в сочетании с присутствием заметной уралоидной примеси, что проявляется в отсутствии отчетливой депигментации, дальнейшем ослаблении роста бороды, проявлении некоторой уплощенности относительно низкого лица.
Соотношение выделенных выриантов можно представить на графике канонических переменных вот так. Стрелочки и подписи к ним добавил я.

|
Метки: Гуманитарные науки |
Когда Россия уйдет с МКС? |









zelenyikot
|
Метки: Астрономия и астрофизика |
Антропология современного населения Прибалтики |

"Настоящая работа посвящена количественному многомерному рассмотрению антропологической дифференциации современных финских, балтских и тюркских народов Восточной Европы, живущих в России и государствах Восточной Прибалтики. Кроме того, что подобное исследование имеет самостоятельный интерес, оно также в определенной степени может позволить получить представление о структуре существовавших в центральной и северной зонах восточно-европейской России и предшествовавших славянскому расселению расовых вариантов, популяционные потомки которых составили антропологическую основу современных финских, балтских и тюркских народов, живущих ныне на этих территориях".
"Во-первых, рассматривались материалы публикации результатов Прибалтийской комплексной экспедиции (Витов и др., 1959), где для 45 выборок приведены сопоставимые по методике материалы по 15 признакам. Вторая серия данных включала эти же материалы с добавлением данных Р.Я.Денисовой (1956, 1958), что позволило рассматривать 70 выборок. Третью и четвертую серию образовали материалы по эстонцам Ю.Ауля (1954) и К.Ю.Марк (Марк, 1975; Mark et al., 1994)".
По результатам проведенных анализов, на территории Восточной Прибалтики намечаются несколько антропологических вариантов, имеющих географическую локализацию. В Эстонии можно говорить о западно- и восточно-эстонском вариантах. Для Латвии прослеживаются курземский (отличающийся близостью к западно- эстонскому), земгальско-видземский и латгальский варианты. Для населения Литвы и северо-западной зоны Белоруссии характерен особый валдайский вариант. Об их взаимосвязи и влияниях соседей речь пойдет в конце, сначала рассмотрим эти варианты.

Большие (белый цвет) и малые (черный цвет) значения 1-ой переменной, а также промежуточные варианты. Проще говоря, белые точки означают максимальную выраженность черт северных европеоидов, черные - максимальное их ослабление.

То же самое для 2-ой переменной. Белые точки - усиление черт беломоро-балтийской расы, черные - атланто-балтийской.

Или для Эстонии и Латвии

А теперь можно перейти непосредственно к выделенным антропологическим типам.
Здесь сильнее всего выражены сочетания больших значений обеих направлений изменчивости.





Соотношение выделенных в Прибалтике типов можно представить и таким образом. Это график соотношения двух переменных. Стрелочки с направлениями и их описания добавил я. Ширина лица относительная, т.е. речь про лицевой указатель.

|
Метки: Гуманитарные науки |
SpaceX запустил первых туристов |
Частная космическая компания SpaceX вторично использовала многоразовый космический корабль Crew Dragon и отправила первый частный туристический экипаж на орбиту. Этот запуск можно считать первым пассажирским космическим рейсом, т.к. на его борту нет профессионального космонавта или астронавта, а командир корабля имеет только опыт пилотирования самолётов.
zelenyikot
|
Метки: Астрономия и астрофизика |
Тестирование Т-клеточного иммунитета против SARS-CoV-2. Сложно, дорого, малоинформативно…пока |
После долгого перерыва возвращаюсь к теме T-клеточного иммунитета. Тема сложная. Для того чтобы в ней не «утонуть», необходимо знание основ, хотя бы на популярном уровне. Поэтому перед прочтением этого поста советую ознакомиться с моим популярным текстом об основных блоках иммунной системы (https://prof-afv.livejournal.com/42161.html).
В заглавии поста есть слово «малоинформативно». Это нуждается в пояснении. Есть два контекста использования тестов на Т-клеточный иммунитет против SARS-CoV-2 – исследовательский и практический. Для исследовательских целей эти тесты (если они выполнены на должном методическом уровне) весьма информативны. А вот когда они используются в диагностической практике, их результаты, увы, пока малоинформативны. Почему так? Если коротко, то потому, что каков бы ни был результат этих тестов, что это значит с точки зрения защиты (или её отсутствия) от вируса и/или заболевания, сказать невозможно. К тому же результаты Т-клеточных тестов не сводятся к одному простому показателю (типа титра антител) и для этих тестов даже в перспективе не просматривается нечто аналогичное защитному титру антител. Если копать поглубже, то нужно сначала разобраться с тем, как работают современные тесты для определения Т-клеточных иммунных ответов.
Проблема 1 – нужно работать с живыми клетками и их количество ограничено
Главное «действующее лицо» в этих тестах - живая клетка (Т-лимфоцит). Это на порядок (если не на несколько порядков) повышает сложность, по сравнению с тестами, основанными на взаимодействии антигена и антитела. Антитела легко «добыть» (источник – сыворотка или плазма крови), их взаимодействие с антигеном происходит «напрямую» (это их взаимное связывание) и его относительно просто зарегистрировать. Для того, чтобы поставить Т-клеточный тест, для начала надо «добыть» из крови лимфоциты (строго говоря это не только лимфоциты, но и другие одноядерные клетки периферической крови). Для этого необходимы специальные реагенты, оборудования и навыки. Хотя это далеко не «высший пилотаж», но существенно дороже и сложнее, чем получение образцов сыворотки или плазмы крови. Из-за того, что работать нужно с живыми клетками, временное окно для тестирования после забора крови очень короткое. Правда, клетки можно заморозить и хранить в жидком азоте, а когда надо, то разморозить и «оживить». Но это требует соответствующей криотехники (недешёвой), навыков и трудозатрат, значительно превосходящих таковые при долгосрочном хранении сыворотки и плазмы крови. Но даже если всё необходимое для заморозки и хранения клеток доступно, есть принципиальный ограничитель – тот максимальный объём крови, который можно забрать у человека, особенно, если он болен.
Проблема 2 - адекватность антигена
Т-клетки не реагируют на цельные молекулы антигенов, содержащие Т-эпитопы, на которые эти клетки запрограммированы (подробнее см. ссылку выше). Если коротко, то для того, чтобы Т-лимфоциты среагировали на «свой» Т-эпитоп, молекула, содержащая этот эпитоп, сначала должна быть расщеплена на пептиды, а затем пептид, несущий этот эпитоп должен быть «презентирован» молекулой главного комплекса гистосовместимости (MHC). А чтобы это произошло, пептид должен распознаваться молекулой МНС. Кстати, эту работу выполняют не Т-лимфоциты, а антиген-презентирующие клетки (АРС). Таким образом, для того чтобы распознавание антигена произошло, в реакционной смеси должны сработать все составляющие (Т-лимфоциты, АPC, правильный MHC) и есть немало возможностей, когда что-то «пойдет не так. Поэтому в современных тестах на Т-клеточный иммунитет используют не «цельные антигены», а уже готовые пептиды (их синтезируют). Это относительно легко и сравнительно дешево, если известен пептид, несущий Т-эпитоп, представляющий интерес. Но что делать, если неизвестно в каких частях антигена располагаются Т-эпитопы? Эту проблему в современных Т-клеточных тестах решают, используя для активации/стимуляции Т-клеток смесь перекрывающихся пептидов (длиной 9-15 аминокислот, с перекрытием в 5-10 аминокислот). Для того, чтобы перекрыть белок-антиген нужны десятки/сотни пептидов (а это уже недешёвое удовольствие). Между прочим, если Вы заинтересуетесь коммерческим предложением тестирования «на Т-клеточный иммунитет» стоит уточнить какой антиген используется для стимуляции Т-клеток, пептиды или цельные белки.
Проблема 3 – сложности регистрации специфической активации Т-клеток
Выявить специфические реакции Т-лимфоцитов на Т-эпитопы значительно сложнее, чем связывание антитела с антигеном. Есть два основных подхода к регистрации того, что в тестируемом образце присутствуют Т-лимофоциты, специфически реагирующие на антиген. Первый – регистрация продуктов Т-лимфоцитов, которые продуцируются в ответ на антигенную стимуляцию. Это различные лимфокины (интерлейкины, интерферон). Чаще всего как индикатор специфической активации Т-лимфоцитов используется интерферон-гамма, к примеру, в распространённом формате коммерческих тестов – Elispot. Недостаток этого подхода состоит в том, что активация соответствующих лимфокинов, это дополнительное «действо», которое должно произойти в Т-лимфоците. Его эффективность может варьировать. Скажем, Т-лимфоцит активировался, но это не сопровождалось продукцией достаточного количества интерферона-гамма (или другого индикаторного лимфокина). По крайней мере частично эта проблема снимается при использовании в качестве индикатора специфической активации Т-лимфоцитов так-называемых «маркёров, индуцируемых активацией» (Activation Induced Markers – AIM). На сегодня, пожалуй, это самый эффективный, но и самый дорогой метод. Для его реализации необходимо множество моноклональных антител против различных маркёров Т-лимфоцитов, задействованных в процессе распознавания и реагирования на конкретные антигены. Но сами по себе эти реагенты бесполезны. Ими можно воспользоваться только имея доступ к дорогим и сложным приборам (проточные цитофотометры с множественными каналами регистрации сигнала). Эти приборы позволяют идентифицировать маркеры у индивидуальных клеток, в соответствии с этим классифицировать эти клетки и посчитать размеры различных субпопуляций Т-лимфоцитов. Скажем, количество Т-лимфоцитов-хелперов (CD4+) и цитотоксических Т-клеток (CD8+), реагирующих на тот или иной Т-эпитоп SARS-CoV-2. В наиболее высокотехнологичном варианте (добавка клеточного сортера), разные субпопуляции Т-клеток можно ещё «рассортировать» в отдельные пробирки.
Повторяю, материал сложный. В один пост уложится не получается. Продолжу завтра. В частности, о недавно опубликованных данных, позволяющих несколько упростить тестирование Т-клеточного иммунитета к SARS-CoV-2.
Проф_АФВ
ПРИЛОЖЕНИЕ: посты, посвящённые исследованиям Т-клеточного иммунитета против SARS-CoV-2 и других коронавирусов (в хронологическом порядке):
«Иммунитет против SARS-CoV-2. На «сцене» появились Т-клетки» (27-4-20); https://prof-afv.livejournal.com/13205.html
«Т-клеточный иммунный ответ на SARS-CoV-2 инфекцию» (17-5-20); https://prof-afv.livejournal.com/17647.html
«Сюрпризы T-клеточных ответов на SARS-CoV-2» (18-5-20); https://prof-afv.livejournal.com/17683.html
«SARS-CoV-2 и старые коронавирусы - «T-клеточные связи» (5-8-2020); https://prof-afv.livejournal.com/35424.html
«Большинство заболевших COVID-19 выздоравливают. Почему?» (19-9-2020); https://prof-afv.livejournal.com/42380.html
|
Метки: Биология и медицина |
Антропология кавказцев |

Сверху старинная открытка, а мы поговорим о более современных вещах. У Дерябина есть работа, которая называется "Этническая антропология современных народов Кавказа. Многомерное изучение".
На данный момент это наиболее полная и современная обобщающая работа по физической антропологии Кавказа. Я скомпоновал и упорядочил данные по разным группам населения Кавказа из этой работы. Это результаты работы Дерябина над 221 выборкой собственно самих кавказцев и закавказцев. Всего у Дерябина использовано в анализе 895 выборок. Антропологические варианты кавказцев ниже в табличке.
Табличка под катом. Кликабельно. При желании можно сравнить с восточноевропейцами.
Ну и немного текста
" Многомерное шкалирование (рис.22) по сравнению с результатами кластеризации дает более наглядную картину взаимных таксономических расстояний между центральными точками выделенных антропологических вариантов. На ней хорошо видно резкое противопоставление каспийского антропологического типа (собственно каспийского и нижне-араксинского вариантов) кавказским брахикефалам. При этом в наиболее специфической форме это характерно для нижне-араксинцев, для которых и можно констатировать наиболее отчетливое присутствие индо-средиземноморского (индо-афганского) расового компонента. Собственно каспийский вариант обнаруживает некоторую небольшую модификацию этой же антропологической основы, которая проявляется в его смещении к кругу балкано-кавказских форм (рис.22). На уровне отдельных признаков это проявляется (табл.4) в том, у собственно каспийского варианта по сравнению - с нижне-араксинским менее сильно была выражена мезокефалия и лептопрозопность, пигментация оказывалась менее темной, чаще встречались прямые волосы, сильнее было развито оволосение лица, чаще встречалась выпуклая спинка носа.
|
Метки: Гуманитарные науки |
arxiv:2108.12122 Близкая материнская галактика для источника повторных быстрых радиовсплесков |
|
Метки: Астрономия и астрофизика |
arxiv:2108.12040 Химические указания на поглощение планет четвертью звезд типа Солнца |
|
Метки: Астрономия и астрофизика |
Куда подевали восточных славян? |
|
Метки: Гуманитарные науки |
Первые научные данные из России о протективной эффективности ГамКовидВак (Спутник V) |
На сайте MedRxiv выложен препринт статьи, в которой впервые представлены данные о протективной эффективности ГамКовидВак в реальных условиях в России (https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.08.18.21262065v2 ). Работа выполнена питерскими исследователями, причём, без прямого государственного финансирования и без доступа к информационной медицинской системе Санкт-Петербурга. Это значительно ограничило возможности для сбора материала и обеднило результаты анализа. Скажем, авторам работы была недоступна информация о госпитализациях, оценках тяжести COVID-19 у госпитализированных пациентов и исходам госпитализации. Поэтому они вынуждены были оценивать эффективность по «суррогатным» исходам. Так вместо госпитализации учитывалось направление на госпитализацию, а вместо госпитальных показателей степени тяжести COVID-19 (различные уровни потребности в кислородной терапии, длительность пребывания в госпитале, летальность) учитывались менее информативные амбулаторные оценки (степень поражения лёгких при КТ, скрининге, степень насыщения крови кислородом). Авторы даже не располагали информацией о том, какой вакциной были привиты пациенты, вошедшие в анализ. По этой формальной причине они вынуждены были избегать безоговорочного «привязывания» их данных об эффективности в реальных условиях конкретно к ГамКовидВак. Хотя неформально это очевидно – в Питере более 95% вакцинированных против COVID-19 были привиты именно этой вакциной. Разумеется, всё это не вина авторов. Свою работу они выполнили профессионально. Я бы даже сказал, сделали максимум возможного, в тех рамках в которых проводилась эта работа.
Коротко о формате исследования. Он называется «случай-контроль» (case-control study). Суть его проста – определяется есть ли разница в частоте клинически значимых исходов между сравниваемыми двумя группами – случаями и контролями. И те и другие, в идеале должны быть одинаковыми во всём, кроме одного параметра – того роль которого исследование предполагает оценить. Последний называют «экспозицией» (exposure) - воздействие которое либо есть, либо его нет. В данном исследовании и случаи и контроли — это пациенты с положительным ПЦР и симптомами, вписывающимися в клинику COVID-19 (выявленные первичным медицинским звеном). Их направляли на «сортировку» в два амбулаторных центра, где проводилась врачебная оценка состояния + КТ лёгких + оксигемометрия. Результатом сортировки было два «потока». Те, у кого заболевание протекала более тяжело, получали направление на госпитализацию – в данном исследовании это «случаи». А те, у кого клинически и по данным инструментальных исследований, заболевание протекало легко, это «контроли». Как среди случаев, так и среди контролей были и вакцинированные (экспозиция-плюс) и невакцинированные (экспозиция-минус). По их соотношению среди случаев и контролей, можно оценить снижает ли вакцина вероятность тяжелого заболевания. Действительно, если, при прочих равных, среди случаев вакцинированных намного меньше, чем среди невакцинированных, вакцина эффективна относительно предотвращения оговоренного исхода. На первый взгляд всё предельно просто. На самом деле, в такого рода исследованиях есть много «подводных камней». Надёжность оценок эффективности сильно зависит от степени сбалансированности случаев и контролей по различным параметрам, способным повлиять на вероятности регистрируемых исходов. Для того, чтобы получить корректные оценки протективности «сырые» данные нужно «прогонять» через статистические модели. В данной работе это было сделано.
Теперь коротко об основных результатах. Для простоты буду использовать общепринятое в научной литературе сокращение термина протективная эффективности вакцины в реальных условиях – VE (vaccine effectiveness). VE всегда «идёт в паре» с тем или иным исходом (инфицирование вирусом, заболевание, та или иная тяжесть заболевания, смерть). При этом общее понятие, скажем, тяжесть заболевания, обычно выражается в тех или иных регистрируемых (по возможности объективно) показателях — госпитализация, степень поражения лёгких, потребность в ИВЛ, интенсивной терапии и т.п. вплоть до летального исхода. В этой работе (в силы недоступности более полной информации) основным регистрируемым исходом было направление на госпитализацию. Причём именно направление, а не состоявшаяся госпитализация и всё последующее. Авторы это ограничение прекрасно осознают и оговаривают в статье.
Теперь коротко о результатах. При условии, что вакцинация была полной (не менее 14 дней после второй дозы) VE была 81% (95%ДИ: 68-88%). При частичной вакцинации (сроки начиная с 14 дней после первой дозы и вплоть до 13 дней после второй дозы) протективности обнаружено не было – VE=35% (95% ДИ: -21% до 65%). VE была несколько выше у женщин – 84% (95% ДИ: 66-92%), чем у мужчин – 76% (95% ДИ: 51-88%
При оценке VE по исходу «степень поражения лёгких при КТ» отмечалась тенденция к повышению VE по мере увеличения доли поражения лёгких. VE была наиболее высокой — 76% (95%ДИ: 59-86%) при обширном поражении (больше 50%). Более детальную информацию можно найти в статье. Советую её прочесть.
Авторов можно и нужно поздравить с отлично выполненной работой. Жаль, что им недоступны «залежи данных» в медицинских информационных системах.
Проф_АФВ
|
Метки: Биология и медицина |
Антропология современных славянских народов Восточной Европы на схеме |
Последние несколько постов были посвящены обзору антропологических данных по современным славянским народам по результатам работы Дерябина.
Графически взаимосвязь выделенных типов выглядит вот так.

Обозначения типов и вариантов: 1 - в составе русских, 2 - в составе украинцев, 3 – в составе белорусов, 4 - в составе балтского и финно-угорского населения Восточной Прибалтики, 5 - южно-ботнический тип, 6 - беломоро-балтийский тип, 7 - сурской и мокшанский типы, 8 - мезенско-печорский и вычегодский типы, 9 - камский тип, 10 - волжско-камский тип, 11 - степной тип, 12 - волжско-камско-степной тип, 13 - среднекубанский тип
Возможно, это может показаться сложным для понимания, поэтому решил сделать более наглядным и простым, изобразив соотношение антропологических типов восточнославянских и некоторых других народов.

Неславянские группы обведены красными овалами. В центре в зеленом поле размещаются антропологические типы, входящие в восточноевропейскую группу популяций. Здесь мы увидим большую часть антропологических типов русских, украинцев и белорусов, а также некоторых неславянских народов (например, сурский тип мордвы-эрзя или валдайский тип литовцев). У славян есть несколько исключений. Это украинцы карпатского типа, а также промежуточного верхне-днестровского типа, а также русские беломоро-онежского и северо-двинского типов. Они входят в другие группы популяций, не в восточноевропейскую. Карпатские украинцы в карпатскую, северные русские в беломоро-балтийскую.
Также на рисунке я постарался показать соотношение выделенных типов. В верхнем левом углу расположен южно-ботнический тип, представленный у шведов и юго-западных финнов. Он входит в атланто-балтийскую группу популяций и в целом далек от восточноевропейцев. Промежуточное, но обособленное положение занимают группы балтов и эстонцев, входящие в восточнобалтийскую (в терминологии Дерябина. Не путать с восточнобалтийской других классификаций) группу антропологических типов. Между восточнобалтийцами есть переходные к восточноевропейцам типы - латгальские и неманский.
Далее идут валдаские типы литовцев, белорусов и русских. И от них мы видим целую цепочку вариантов, ведущих либо на верх графика, к беломоро-балтийцам (выделены розовым), либо направо - к народам, в которых так или иначе выражен уралоидный компонент, либо в левый нижний угол - к карпатскому типу. Внизу расположен прутский тип молдаван, гагаузов и т.д., где доминирует понтийской компонент. Как видим, он довольно далек от изображенных антропологических вариантов, хотя как компонент представлен у мокшанского типа мордвы-мокши.
Хоть мы и использовали как репер валдайский тип, не стоит считать его чем-то эталонным, потому что и сам он имеет некоторое сближение с восточнобалтийской группой популяций. Таким образом, антропологические варианты Восточной Европ представляют собой мозаику признаков, в которых прослеживаются переходные тенденции к тем или иным расам третьего порядка (восточнобалтийской, карпатской, беломоро-балтийской и т.д.). Это не уникальная черта Восточной Европы. Там со всеми группами популяций. Например, один из двух карпатских типов (они изображены здесь как единое целое) имеет большую близость с восточноевропейцами, чем другой. Сверху уже указывалось, что неманский и латгальский типы литовцев занимают промежуточное положение. И так далее.
Ради экономии места я очень схематично показал соотношение типов, не всегда соблюдая реальные расстояния. Например, вычегодский тип настолько далеко, что на такой схема бы не уместился, карпатский полюс тоже был бы протяженнее, прутский тип бы на карте не уместился, как и южно-ботнический. Тем не менее, тенденции я отобразил, а точное расположение можно посмотреть на первой схеме. В остальном я попытался показать реальные группировки. Например, валдайское ядро или центральноукраинскую группу, северное и южное ядра русских, близкие или схожие типы разместил рядом, менее близкие удалил.
|
Метки: Гуманитарные науки |
Браслет |

|
Метки: Гуманитарные науки |
Хрустальная бусина |

imgsrc_ru)





|
Метки: Гуманитарные науки |
Воронеж разоренный, Воронеж осажденный и Воронеж псевдонаучный |

Изображение Mateusz Przeklasa
Если мем про "бомбить" Воронеж довольно известен, то реальные примеры захвата и осады моего родного города даже самим воронежцам не сильно знакомы. Я имею в виду не вторую мировую войну, а более ранние случаи. А они интересны. В широком доступе, пожалуй, информации не так уж много, поэтому хочу рассказать здесь о двух случаях. Первый - это разрушение города спустя всего несколько лет после основания. Его разграбили черкасы (запорожские казаки) в 1590 году. Второй случай - это осада войсками Речи Посполитой в 1618 году. Ну и в конце расскажу о кое-каком курьезе.
Про первый случай есть замечательная статья О.В. Скобелкина. Попробую пересказать ее вкратце и кое-что процитировать. Собственно, документов о разорении Воронежа всего четыре. Два из Посольского приказа - это документы дипломатического характера и представляют собой ответы на взаимные претензии, которые выдвигали друг другу Русское государство и Речь Посполитая через дипломатические миссии.
Первый документ составлен дьяком Щелкаловым и довольно краток:
"да и внове многие обиды учинились от государя вашего людей: город Воронеж сожгли и воеводу и многих людей побили, а взяли в том городе болыии 40 000 рублев; и в нынешнее в перемирное время».
Второй более подробный (статейный список А.Д. Резанова), сообщает следующее:
«А в 98-м году литовские ж люди - черкасы из Канева и ис Черкас да ис Переяславля атаманы Денис да Селепской, да Боран, да Гусак с товарыщи - приходили ко государеву украинному городу к Воронежу, а прислали с поля, что они пришли к Воронежу на Дон для крымских и азовских людей и хотят з государскими людьми над татары промышляти. И воеводы государевы послали к ним корм и тех, которые от них приехали, поили и кормили и заночевали в остроге. А почаели от них правды, что з государем Коруна Польская и Великое княжество Литовское в перемирье. И черкасы пришли ночью и тот город сожгли, и государева воеводу убили, и людей многих побили, а иных сожгли, а иных живых поймали, и многие убытки починили. А учинилось в том городе, что сожгли и поймали снарядов и всяких убытков на 40 000 рублев, опричь людей»
Третий источник - Разрядная книга 1550-1636 гг.
«Того же году в апреле пришли черкасы с поля безвесно и сожгли город Воронеж и воеводу князя Ивана Шибановского Долгорукова убили и многих людей побили».
Четвертый - Разрядная книга 1475 - 1605 гг. сообщает такую информацию:
«И тово же году весною месеца апреля приходили к Воронежю городу черкасы каневские, шестьсот человек, и город, пришед ночью, сожгли, а воеводу князь Ивана Ондреевича Шебановсково Долгорукова убили и город весь сожгли. И государь прислал на Воронеж воеводу князь Григорья Ивановича Долгорукове Чорта да голову Гура Вердеревского; а города послал государь ставить Воронежа Петра Суворова сына Наукова»
Все четыре источника различны и по объему, и по полноте информации. Например, точную дату (до месяца) сообщает лишь один источник. В остальных она либо не указана, либо указан только год. Интересно, что черкасы в одном источнике названы каневскими, а в другом более подробно - из Канева, Черкас и Переяславля. Здесь имеется в виду не только города, но и округа. Т.е. запорожские они весьма условно.
Указанная численность противника (600 чел.) вызывает некоторые сомнения. За год до разорения Воронежа на Поле появился отряд запорожских черкас Матвея Федорова, который представлял примерно такую же цифру (620 рядовых и 50 атаманов и есаулов). Они писали московскому государю, что хотят ему служить и воевать с татарами. Голова русского отряда, посланного на Поле, получил тогда отписку, что воевать совместно с черкасами следует лишь тогда, когда они докажут лояльность. Если же они сами начнут разбойничать, их следовало самих подвергнуть разгрому. К июлю 1589 г. казаки Матвея Федорова эту самую лояльность вполне продемонстрировали - участвовали в сторожах, захвате татарских и ногайских языков, а также совместно с русскими воинами разгромили отряд других, "воровских" черкас - некоего Сеньки Колпака. После этого они обратились с просьбой прислать продовольствие, что и было сделано. Более того, им была выплачена и некая премия, включавшая помимо прочего и богатый доспех для атамана.
Есть соблазн связать этих черкас с черкасами, разорившими Воронеж в 1590 г., хоть Матвей Федоров и не указан среди разорителей. Он мог покинуть отряд к этому времени, но в любом случае, этим 600 запорожцам следовало зазимовать на Поле вместе с лошадьми, что маловероятно, особенно учитывая то, что отряд Федорова летом 1589 г. жаловался на нехватку продовольствия. Факты зимовок на Поле небольших групп, не то, что сотен людей с конями, кажется, как указывает Скобелкин, неизвестны. Таким образом, маловероятно, что именно эти казаки атаковали город годом позже. По всей видимости, черкасский отряд 1590 года был сформирован и вышел из пределов Речи Посполитой незадолго до атаки на Воронеж, весной 1590 года. Скобелкин полагает, что факт того, что численность погромщиков указана лишь в одном из четырех документов, а также его особенности, указывают на то, что цифра в 600 человек - это путаница с отрядом Матвея Федорова.
Что же происходило в 1590? Черкасы-разорители сначала действовали так же, как и за год до этого черкасы Матвея Федорова - попросилась служить и воевать татар. Предполагается, что сперва к крепости выехала некая депутация. Факт того, что известны имена атаманов и места, откуда пришли эти черкасы, позволяет сказать, что сначала депутация была подробно распрошена, а после оставлена ночевать в городе. Основному же отряду казаков, который все это время был за стенами, были направлены припасы. Непонятно лишь, было ли это продовольствие на долгое время или на один раз.
Что происходило дальше до падения крепости - неизвестно. Толи черкасы проникли в город, сняв часовых, толи часовые были пьяными, толи во время приема делегации разгорелся какой-то конфликт и подоспела помощь из-за стен, толи врагу кто-то помог открыть ворота. Этого мы не знаем. Ясно лишь, что дальше "город Воронеж сожгли".
Касательно масштабов разрушений, предполагается, что пожар все же не был тотальным. Скорее всего, такая формулировка предназначалась для польской стороны, чтобы придать веса взаимным обвинениям.
Анализ сообщений о людских потерях позволяет предположить, что население не было уничтожено или пленено полностью. Обороты "поимание" и "иных живых" указывает на то, что одна из целей нападения предполагала захват пленных для продажи в холопство, рабство или для получения выкупа. Фраза "иных сожгли" предполагает не изуверскую казнь, а гибель в пожаре, виной которому были черкасы.
Сумма в 40 000 рублей, упомянутая в источниках, совершенно фантастическая. В одном источнике она обозначает наличные деньги, похищенные казаками, во втором - общий ущерб. Столько наличных денег не могло быть в Воронеже. Более реалистично представить, что она отражает ущерб материальный, включая сгоревшие постройки и т.д. Но первее был написан документ о похищенной наличности на эту сумму.
В итоге, как пишет Скобелкин, информации о воронежской трагедии 1590 г. довольно мало для надежной реконструкции событий. Перечисленные факты оставляют впечатление, что масштабы случившегося были не так велики. Однако, это не более, чем впечатление, пока не подтвержденное источниками. Остается надежда на нахождение документа-отписки из Воронежа по случившимся событиям. Но вероятность этого мала. Большую надежду дает возможность археологических раскопок в разных местах той территории, которую занимала Воронежская крепость в 1590 г.
http://books.reenactor.ru/?bookid=3935
Что там стало дальше с этими казаками не очень ясно. У Соловьева есть такой оборот:
"На жалобу московского правительства киевский воевода, князь Острожский, отвечал: «Писали паны радные к князю Александру Вишневецкому, велели ему схватить атамана запорожского, Потребацкого с товарищами, которые сожгли Воронеж; паны грозили Вишневецкому, что если он козаков не переловит, то поплатится головою, потому что они ведут к размирью с государем московским. Вишневецкий Потребацкого схватил и с ним 70 человек козаков»".
В украинской Вики этот Потребацкий указан как запорожский гетман:
"Иван Потребацкий - украинский политический и военный деятель, запорожский гетман.
Возможно, он был организатором похода, но сам в нем участия не принимал, раз не перечислен русскими документами. Но какая-то чехарда с датами. Пожар в Воронеже был в 1590, а тут фигурирует 1588.
Если о событиях 1590 г. есть отдельная статья, то факт осады города в 1618 вообще слабо освещен. Полагаю, что наиболее подробно это должно быть написано в книге Глазьева "Воронежские воеводы и их окружение в XVI-XVII веках", но в открытом доступе ее не нашел. Что обидно, когда работал в историческом архиве, ходил мимо нее и косился, но так и не прочел.
По этой осаде нашел кое-что в другой статье Глазьева "ГОРОДА-КРЕПОСТИ РОССИЙСКОГО ЧЕРНОЗЕМЬЯ В 1604–1618 гг.:
https://hfrir.jvolsu.com/index.php/en/component/attachments/download/1914
"В феврале 1618 г. произошло нападение пятитысячного польско-литовского отряда на Воронеж. Штурм неприятеля был отбит [15,с. 54–55]. Свой успех воронежцы объяснили заступничеством святителя Алексея, в день памяти которого произошло событие. В память о нем воронежцы устроили монастырь в честь святителя Алексея [19, с. 116; 13, с. 846–847], существующий поныне".
В тексте стоит сноска на книгу сеунчей 1613-1619 гг., где находим такой фрагмент:
"Февраля в 21 день прислан с сеунчом можаитин Иван Стрешнев да воронаженин Ортем Буханов с Вороножа от воевод от князя Василья Пронскова да от Ортемья Лодыгина с тем, что приходили под Воронаж литовские люди черкасы 5000 человек и к городу и к острогу приступали двожды со всех сторон жестокими приступы с нарядом и с щиты, и с приметом, и у приступа и на выласке многих [55] литовских людей и черкас побили, и языки, и знамена, и литавры, и зелья в приметах поимали, и с посаду литовских людей выбили, и жечь не дали. И воевода Ортемей Лодыгин с воронажскими и с оскольскими ратными людми на литовских людей на табары выходил, и литовские люди и черкасы побежали по Оскольской дороге, и он, Ортемей, за ними ходил до реки до Дону от города верст з 10. И им дано государева жалованья за сеунчь у Казны: Ивану Стрешневу камки 10 аршин, цена 8 рублев, 40 куниц, цена 10 рублев; Ортемью Бухвалову в приказ из Большово приходу 10 рублев".
https://drevlit.ru/docs/russia/XVII/1600-1620/Kniga_seunch/text.php
Численность противника довольно высокая. Если это не преувеличение, то значит, что враг превосходил воронежцев многократно.
Кстати, когда я все это искал, произошел довольно занятный случай. Я что-то слышал ранее про осаду поляками Воронежа толи в 1617, толи в 1618 г. Решил что-нибудь поискать, набрел на статью на Киберленинке (на елайбрари, кстати, тоже есть) под названием "Оборона Воронежа от поляков в 1617 году". Думаю - вот, сейчас как почитаю. В начале статьи, правда, было написано крупными буквами "Воронежское русское военно-историческое общество", что меня сильно насторожило, обещая какой-то трэш. А журнал, где разместили статью назывался аж "Берегиня", что еще более насторожило. Но решил поглядеть, что там. Собственно, по большей части там про самую ужасную интервенцию в истории России (оказывается, польскую), про цветные революции (самая первая - аж в Смутное время), про длинную руку Ватикана и геополитику 17 века, про то, что Воронеж древнее официальной даты (автор попутал Вороноч под Псковом и Воронеж). Короче, предчувствие трэша меня не обмануло, а про саму осаду там вообще пара абзацев. Но вот стало интересно, что за военно-историческое общество? Я не знал, что у нас такая трэшачина присутствует в столь организованном виде. Набрел на сайт. И увидел вот такое (ниже на скрине). Как это развидеть теперь?

|
Метки: Гуманитарные науки |
Тоже оружие |




|
Метки: Гуманитарные науки |
Эффективность кубинской вакцины «Abdala» против СOVID-19 - 92,3% |
На днях кубинские СМИ сообщили о высокой эффективности вакцины Abdala против СOVID-19. Оригинала этого сообщения я не нашёл, но суть его пересказана в многочисленных СМИ, в основном испаноязычных, скажем, здесь (на английском): https://english.elpais.com/usa/2021-07-01/cuba-announces-its-abdala-vaccine-is-9228-effective-against-covid-19.html
Научной публикации пока нет. Тем не менее некоторая конкретика известна:
· Иммуноген вакцины – рекомбинантный белок RBD, продуцируемый в дрожжах (это лучше, чем рекомбинантный белок, продуцируемый бактериями)
· Этот иммуноген привязан (конъюгирован с) к белку-носителю – токсоиду столбнячного токсина (токсоид - «убитый» токсин)
· По данным Фазы 1 и 2 клинических испытаний, вакцина безопасна (не вызывает серьёзных побочек) и имеет хорошую иммуногенность (вырабатываются нейтрализующие антитела). Научных публикаций о Фазе 1 и 2 нет
· Полный курс вакцинации включает 3 инъекции с двухнедельными интервалами между ними
· В Фаза 3 клинических испытаний Abdala участвуют около 48 тысяч добровольцев. Протективная эффективность оценивалась по разнице в заболеваемости COVID-19 в группах «вакцина» и «плацебо».
· Протективная эффективность 92,28% (95%ДИ 85,7 – 95,8%) рассчитана исходя из распределения 153 случаев COVID-19, развившихся у испытуемых через 14 и более дней после введения 3-й дозы: в группе «вакцина» - 11 случаев, в группе «плацебо» - 142 случая.
Некоторые страны (Аргентина, Мексика, Ямайка, Вьетнам, Венесуэла, Иран) уже выразили интерес к этой вакцине. Предполагается, что скоро разработчиками/производителями будет подана заявка в ВОЗ на получение статуса EUL. Кстати, есть кубинские вакцины, которые имеют «предквалификацию ВОЗ» (это даже выше, чем статус EUL).
Конечно, чтобы корректно оценить вакцину Abdala нужно дождаться публикации научных отчётов о её клинических испытаниях. Помимо рандомизированных клинических испытаний, эта вакцина уже используется в рамках масштабного «интервенционного испытания» (привито более 120 тысяч человек). Это позволяет надеяться, что вскоре появятся данные о безопасности и эффективности вакцины Abdala в реальных условиях. Кстати, Abdala не единственная кубинская вакцина против COVID-19. Есть и другие, но об этом не сегодня.
Остается только поражаться, как этой маленькой стране, в течении многих десятилетий находящееся в экономической блокаде, удалось создать одну из лучших в мире систем здравоохранения (а с учетом затрат, лучшую) и осуществлять полный цикл наукоёмких биотехнологических разработок. Далеко не полный список последних включает генно-инженерный интерферон, рекомбинантную вакцину против гепатита В, вакцины против менингита (против менингококка типа С – впервые в мире!), и теперь вакцины против COVID-19. Но это уже отдельная и большая тема, выходящая за рамки моего блога.
Проф_АФВ
|
Метки: Биология и медицина |
Вышли мы все из бактерий |
|
Метки: Математика физика и химия |
Развернули |

|
Метки: Гуманитарные науки |
Мазок для ПЦР на SARS-CoV-2 c экрана телефона…? |
Оригинальная идея - в качестве образца для SARS-CoV-2 использовать не традиционные мазки из носа/носоглотки, а мазок с экрана смарт-телефона, реализована чилийскими исследователями. Их статья принята к печати в журнале eLife (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34155970/). Оказалось, что ПЦР тестирование «телефонных» и традиционных мазков даёт сходные результаты. А если вирусная нагрузка высокая (при тестировании традиционного образца Ct меньше 20), то результаты идентичны или почти идентичны. Рисунки ниже иллюстрируют данные о чувствительности ПЦР тестирования «телефонных» образцов в зависимости от величины вирусной нагрузки (Ct). Вначале исследовалась «пилотная» когорта – 540 человек (рис. С), а затем «проверочная» - 764 человека (рис. E). За «золотой стандарт принимался результат тестирования традиционного мазка, взятого одновременно с телефонным.

Как видно из рисунка, в области самых высоких вирусных нагрузок чувствительность «телефонного ПЦР» была 100-процентной. Далее она несколько падала, но вплоть до Ct в районе 20 оставалась выше 80%. Это важно, так-как наибольшую эпидемиологическую опасность представляют инфицированные лица с высокой вирусной нагрузкой. Что особенно интересно, «телефонные» мазки оказались подходящим материалом для быстрой идентификации «проблемных» вариантов SARS-CoV-2. Подход, на мой взгляд, перспективный. Разумеется, речь не идёт о том, чтобы переходить на «телефонные» мазки полностью. Но в некоторых обстоятельствах такая процедура тестирования может оказаться полезной.
Проф_АФВ
|
Метки: Биология и медицина |
SARS-CoV-2. Тайна рождения |
|
Метки: Астрономия и астрофизика |
arxiv:2106.16033 Облака Кельвина (Kelvin's clouds) |
|
Метки: Астрономия и астрофизика |