На первой иллюстрации видно, как можно обыграть батарею. Я у себя тоже делала шкафы, точнее не шкафы, а узкие книжные полки, батарея закрылась экраном, а подоконник стал шире.

Можно выносить батарею из-под окна, так сейчас часто делают при ремонте. Или ставятся батареи с высокой теплоотдачей, тогда секции получаются короче и освобождается место. То есть часть пространства может быть использована для хранения, а часть по-прежнему занята батареей.

Можно делать варианты как предложила Светлана в "Квартирном вопросе"
http://www.peredelka.tv/articles/base_f/46064_mebel.html
Если обратите внимание, то для воздуха там оставлено место под "диванчиком". Мне такой вариант не очень нравится, потому что циркуляция воздуха полноценной не будет. Холодный воздух поступает снизу, а теплый должен иметь выходы сверху. Поэтому я бы сделала еще "прорези" сверху. Можно даже было бы их обыграть с узором римских штор. Впрочем, помещение получилось небольшим, окно хорошее и, скорее всего, там нет необходимости в использовании возможностей отопительной системы на 100%.