Hernia (херня) по-латыни означает грыжа, и именно этот диагноз "добрые" военные врачи чаще всего выставляли детям обеспеченных мещан, которым не хотелось служить в армии. Каждый пятый призывник в России конца 19 века страдал хернёй.
Если разобраться, ничего неприличного в слове "хер" нет. Так в церковнославянском алфавите называлась буква "х". Когда крестом вычеркивали ненужные места в тексте, это называлось "похерить".

По указанию Бернекера, приводящего устное сообщение Абихта, название церковнославянской буквы Х— `хер' представляет собою условное сокращение или вернее: первую звуковую часть слова херовим или херувим. Очевидно, именно этим словом (в его написании и звучании) иллюстрировалось значение буквы Х — при обучении церковно-славянской азбуке. Именно от этого слова хер произведен глагол херить (ср. выхерить, похерить, захерить)— `перечеркивать крестом наподобие буквы хер'.

http://fishki.net/1478254-stradat-hernyoj.html?mode=recent

http://wordhist.narod.ru/poherit.html