Мария Кристина (которую в семье называли Мими) была четвертой, но второй выжившей дочерью Франциска I, императора Священной Римской империи и Мария-Терезия, королевы Венгрии и Богемии и правительницы всех владений австрийских Габсбургов. Она была любимым ребенком своей матери, возможно, потому что у них совпадали дни рождения. Мими была не только красива, но она также была очень умна и творчески одаренна.

Мими любимая дочь Марии-Терезии, вызывала зависть у своих сестёр и братьев, в том числе и будущего императора Иосифа. Жена Иосифа, Изабелла Пармская, была ближайшей подругой Марии Кристины и назвала в честь неё свою дочь, что также вызвало неприязнь Иосифа. Мария-Терезия планировала выдать дочь замуж за принца Савойского.

Воспользовавшись тяжёлым состоянием Марии-Терезии после кончины своего отца в 1765 году, Мими убедила мать позволить ей выйти замуж по любви — за герцога Альберта Саксен-Тешенского, бедного эрцгерцога не имевшего никаких перспектив на трон.

Мими была единственной дочерью Марии-Терезии, которой позволили выйти замуж за того, за кого она хотела, и это только усилило неприязнь к ней других сестёр, прежде всего Марии Амалии, которая также хотела связать свою жизнь с небогатым родственником, но ей этого не позволили, насильно выдав замуж за Фердинанда Пармского.

Насмешливость Мими и её привычка всё пересказывать матери заставили отдалиться от неё и других сестёр, в том числе Марию-Антуанетту, которая во время визита Марии Кристины во Францию практически игнорировала сестру и не пустила её в Малый Трианон.

Единственный ребёнок Марии Кристины — принцесса Кристина — умерла на следующий день после рождения, 17 мая 1767 года. Больше она детей иметь не могла и усыновила своего племянника герцога Карла Людвига, одного из пятнадцати детей её брата, императора Леопольда. Их брак описывался всегда, как счастливый.

Мария Кристина похоронена в Императорском склепе в Вене вместе с мужем и дочерью.