В 1997 г. сестры Преображенского монастыря — духовных чад о. Петра (Кучера)— потребовали от правящего архиерея и Патриарха Алексия снять настоятельницу обители игумению Дорофею (Ермачкову), которая, по их словам, погрязла в грехах. Что касается самого о. Петра, то он, помимо прочего, увлекался политикой и во время одной из праздничных проповедей несколько часов к ряду агитировал за Зюганова, рассказывал, что ему в видении явился сам ап. Павел и указал ему на "раба Божия Геннадия".
В монастыре создалась крайне нездоровая обстановка, и руководство Воронежской епархии приняло решение удалить из обители инициаторов непослушания настоятельнице. Изгонять их пришлось с ОМОНом. В результате 60 из 76 насельниц вместе с духовником были насильно выселены из монастыря и долгое время жили на железнодорожном вокзале.
Но выход был найден. О. Петр как говорят, "по совету опытных людей", ушел из Мосоковской патриархии и перешел к суздальским раскольникам (РПАЦ). Под Суздалем, в селе Омутское, о. Петр создал монастырь. Через месяц, под официальным предлогом скудости монашеского питания, о. Петр с сестрами попросился во Владимирскую епархию МП, куда и был мгновенно принят. Сам о. Петр и бывшие сестры Задонской обители написали покаянное письмо на имя архиепископа Владимирского и Суздальского Евлогия и самого Патриарха Алексия с просьбой снова принять их в лоно Русской Православной Церкви. "Мы нарушили свои иноческие обеты смирения и послушания своему священноначалию, — говорится в письме. — Более того, мы произвели соблазн и смущение многих и многих тысяч верующих, узнавших о нас через различные виды информационной печати, что могло повлечь за собой церковную смуту".

По распоряжению архиепископа Евлогия для вновь прибывших монахинь быстро освободили находившийся в запустении Боголюбовский монастырь, формально считавшийся мужским и действующим с 1991 года.
14 января 1997 г. в Боголюбовскую обитель были переведены 63 сестры. Часть сестер архиепископ Евлогий попробовал вывести из-под "сектантского влияния" о. Петра, расселив их по разным обителям. Отказавшиеся от послушания своему "старцу" сестры были прокляты о. Петром, а остальным было запрещено с ними общаться. Несколько десятков сестер и новых послушниц о. Петр расселил по различным селам и деревням Владимирской области, где монастырю были пожертвованы или проданы дома, - там организовались многочисленные скиты, подворья и пустыни обители, не имеющие официального статуса в епархии и государственной регистрации. Одновременно в монастырь и скиты стали съезжаться мирские женщины со всей России - как духовные чада о. Петра, так и просто социально неустроенные, не имеющие места жительства, беженки, инвалиды и проч.
Наиболее удивительное чудо было связано с тем, что на куполе уцелевшего храма вместо сохранившейся фрески "Господь Саваоф" стал проявляться лик "Царя-искупителя Николая II". "Правая.Ру" так воспроизводит диалоги своего корреспондента с боголюбскими монахинями по этому поводу:
"Мон.: Лик Царя появился когда мы сюда приехали. Когда мы все расчистили и отслужили первую литургию, в день Торжества Православия. И вот когда отслужили эту литургию, наш старец вышел и сказал, что такое Православие, проповедь такую… И в это время проявился Царь у нас… У нас очень много было фотографий его, в журнале "Русский Дом" было, приезжали, снимали… Народ очень много просит, а они нам запрещают даже фотографии сделать. Вот сейчас вот запрещают. Оно не в красках было, оно было, вы понимаете, как вот фломастером таким жирным, черным все нарисовано. Да это уже давно было, сразу как мы сюда приехали в 1997 году. Собор был весь в запущенном состоянии, фрески еще после революции замазывались известкой и их пытались вытравить кислотой. Поэтому стены все были грязно-серые. И потом на алтарной части, на куполе, там, где обычно изображается Господь Вседержитель, обнаружили, что там проступил лик черно-белый, контуры, очень похожие на лик Царя-мученика Николая II, причем мы даже не сами первые это обнаружили, приехали паломники и сказали: "Смотрите, у вас чудо!"
Правая.ру: Т.е. он проявился на месте иконы?
Мон.: Да, на месте, где изображен Господь, Царь славы. На месте, где был лик Царя Небесного, проступал лик царя земного: т.е. Господь показал, что Он его прославил".
У монастыря появилась масса высокопоставленных покровителей во Владимире, Москве и других регионах, которые часто приезжали в обитель и делали щедрые пожертвования. Был организован Попечительский совет монастыря, персональный состав которого не обнародуется, однако в монастыре объясняют это тем, что он состоит из очень высокопоставленных чиновников, генералов спецслужб и крупных бизнесменов, которые не хотят или не могут афишировать свое членство в совете. Известно, что Боголюбскому монастырю покровительствовал руководитель УФСБ по Владимирской области Рюрик Сиванов. Осенью 2002 г. о. Петр организовал коллективный протест против принятия обителями РПЦ МП ИНН. В преддверии скорого воцарения антихриста монастырь в огромных количествах стал скупать продукты питания и предметы первой необходимости. По приказу о. Петра все запасы были закопаны в землю на территории обители и в прилегающих местах. В 2003 году, по благословению "старца", боголюбские монахини написали заявления, в которых отказывались от всякой помощи со стороны сатанинского государства, от пенсий и пособий. Их примеру последовали многие прихожане и паломники обители, так что, например, в Суздальском районе, на территории которого расположен монастырь, заметная часть пенсионеров не получает пенсии "по религиозным соображениям".
В качестве "предварительного предупреждения" о. Петру Священный Синод РПЦ МП 7 мая 2003 г. освободил архимандрита от управления мужской частью Боголюбского монастыря, а его братия была переведена "под надзор" в Константино-Еленинский приход г. Владимира. Поскольку монахини о. Петра настроены непримиримо, священноначалие до их пор опасается их "разгонять", предполагая повторение задонских событий 1997 г.
На заявление монахинь с отказом принимать паспорта нового образца, архиепископ Евлогий наложил резолюцию: "Это состояние наших насельников явно не здоровое, а прямо болезненное, и на церковном языке есть духовная прелесть, мнимая праведность, страшнее коей ничего нет на свете, пленником которой стал даже высший дух из ангелов – Денница" (опубликовано в газете "Русский вестник" 19 сентября 2003 г.). На монастырь была наложена епитимья — запрещено служить литургии в будние дни в период Успенского поста.
Вскоре у архимандрита Петра возникла новая идея — организовать всемирное покаяние русского народа. В подмосковных Мытищах перед статуей царя Николая им были организованы особые покаянные собрания, на которые приходили тысячи людей (что говорит о масштабах влияния Боголюбского монастыря и его духовника). Города и городки центральной России были обклеены объявлениями, в которых граждане призывались в Мытищи каяться в грехах. По местным теле- и радиоканалам крутились рекламные ролики. В специально разработанном старцем и изданном чине народ каялся за "участие в цареубийстве", за то, что "пропил свои ваучеры", "мылся в одной бане с иудеями", каялся за восстание декабристов и т.д. Недавно в интервью одной из местных газет руководитель молодёжного отдела Воронежской епархии РПЦ МП священник Олег Шамаев рассказал о хорошо поставленном бизнесе на "чине покаяния", к которому не вполне открыто, но всё же причастна часть духовенства многих епархий РПЦ МП. Также, по его признанию, священнослужители Воронежской епархии РПЦ МП в последнее время часто слышат на исповедях от верующих признание в грехе цареубийства. А, по словам настоятеля воронежского кафедрального Покровского собора РПЦ МП, то, что происходит в Тайнинском – это "страшное язычество, ведь, по сути, являет собой пример поклонения статуе"
Как сообщалось в СМИ, накануне и во время так называемого "диомидовского раскола" в РПЦ МП, именно на "чине покаяния" в Тайнинском широко распространялись воззвания опального Чукотского епископа и выражалась ему всенародная поддержка. Молебны у памятника царю-мученику Николаю совершал брат епископа Диомида епископ Феофил. Разумеется, недоверие и критика официального руководства РПЦ МП, особенно после начала патриаршества Кирилла, являются обычным явлением на собраниях в Тайнинском.
Всероссийскую славу Боголюбскому монастырю и архимандриту Петру принесла активная борьба против новых паспортов "с микрочипом" (электронно считываемой записью) и ИНН. В проповедях и беседах о. Петр заявлял: "Принятие цифрового идентификатора есть, можно так выразиться, принятие веры антихристовой. Вот так. Вхождение в Царство антихриста".
Как и раньше в Задонске, в Боголюбово у старца возник конфликт с игуменией, причины которого доподлинно неизвестны. Поскольку, как и в Задонске, епархиальное начальство поддержало смещаемую игумению и сместила архимандрита, о. Петр обратился за поддержкой к своим духовным чадам. 2 апреля 2004 г. по Владимиру прошло гигантское шествие "в защиту опального старца". Для участия в акции протеста автобусами из разных городов России и ближнего зарубежья были доставлены тысячи людей. Пройдя из Боголюбова до Золотых ворот Владимира (местная милиция не могла пресечь столь массовую акцию и была явно растеряна), протестующие потребовали от Евлогия "вернуть старца", что и было тотчас сделано.