Прототип водки изготовил в XI веке персидский врач Ар-Рази, который первым выделил этанол путём перегонки. Жидкость использовалась исключительно в медицинских целях, так как Коран запрещает употребление алкоголя. В Европе первая перегонка спиртосодержащей жидкости была сделана итальянским монахом-алхимиком Валентиусом.

В России водка появилась в конце XIV века. В 1386 году генуэзское посольство привезло в Москву первую водку («aqua vitae» — «живая вода») и представили её князю Дмитрию Донскому. Алхимики Прованса приспособили изобретённый арабами перегонный куб для превращения виноградного сусла в спирт. Коран запрещает мусульманам употребление любых спиртных напитков, поэтому арабы использовали спирт для приготовления духов. В Европе же от «аквавиты» родились все современные крепкие напитки: бренди, коньяк, виски, шнапс и русская водка. Получаемая в результате перегонки перебродившего сусла летучая жидкость воспринималась как концентрат, «дух» вина (по-латыни «spiritus vini»), откуда и происходит современное название этой субстанции во многих языках, в том числе в русском — «спирт».

Согласно преданию, около 1430 года монах Исидор из Чудова монастыря, находившегося на территории Московского Кремля, создал рецепт первой русской водки. Имея подходящее образование и обладая винокуренным оборудованием, он стал автором качественно нового алкогольного напитка. Международный арбитраж в 1982 году подтвердил данный факт, закрепив за Россией приоритет создания водки как русского оригинального алкогольного напитка.
Дмитрий Менделеев 31 января 1865 года защитил докторскую диссертацию «О соединении спирта с водою», посвящённую теории растворов на основе исследований водного раствора спирта.