А как вирус мог пожрать данные на флешке, лежащей отдельно от компа? Это ж не ржавчина и не таракан. Вообще, что-то не везёт тебе: то письма удалятся, то документы... Конечно, от потери данных никто не застрахован, но вот как делаю я, чтобы минимизировать риск:

1. Дублирую инфу на внешний хард, который бОльшую часть времени отсоединён от компа.
Плюсы: Если вирусы пожрут систему, хард останется нетронутым.
Чем чревато: Нужно следить, чтобы система была незаражённой в момент очередного подключения харда. Я так понимаю, флешку ты потерял по этой причине.

2. Когда инфы накапливается много (несжатые фотки, например), делаю копию на DVD.
Плюсы: Против болванки вирусы бессильны.
Чем чревато: Срок годности диска не бесконечен.

3. Небольшие документы отсылаю сама себе на e-mail.
Плюсы: Даже если в системе сидит какой-то вирус, в почтовый ящик он не попадёт (если, конечно, прикрепляешь текст и картинки, а не экзешники). А отосланные файлы будут доступны тебе из любого места, где есть Интернет.
Чем чревато: Ящик могут взломать. Особенно если у тебя сидит троян. Так что желательно защищать конфиденциальные файлы дополнительно: например, архивируя с паролем. От удаления не спасёт, но хоть не прочитают.
Ящик может быть не всегда доступен, а в один прекрасный день компания может объявить о прекращении предоставления почтовых услуг или переводе их на платную основу. Но я выбрала Google Mail - мне он представляется самым надёжным.

Чаще всего использую именно отправку на почту: так быстрее всего.

И, да, добавлю пункт номер 0:
0. Всегда отключаю на своей системе все автозапуски. Ибо черви так и проникают с внешних носителей на машину.
Чем чревато: CD-диски и прочие носители перестанут открываться автоматически. И, конечно, отключение autorun на своей системе не спасёт флешку, если будешь её втыкать в интернет-кафе или компьютерной лаборатории института. Оно, скорее, защищает твой компьютер от чужой гадости. Есть ещё трюк с записью на флешку пустого файла autorun.inf, защищённого от редактирования (это чтобы червь не смог прописать в него команду для запуска себя), но я не экспериментировала. Если понадобится, уточню.

// Прикольный смайл в первом комменте получился. Я бы назвала его "Микки Маус в гневе" ))