Филолог Владимир Пахомов об изменениях в русском языке и почему не надо этого бояться:

Почему очень часто слово «кофе» употребляют в среднем роде? Только ли от безграмотности? Вовсе нет. Дело в том, что мужскому роду слова «кофе» сопротивляется сама система языка. Это слово заимствованное, неодушевленное, нарицательное, несклоняемое и оканчивающееся на гласную. В подавляющем большинстве такие слова в русском языке относятся к среднему роду. «Кофе» попало в исключения, потому что были когда-то в языке формы «кофий», «кофей»  мужского рода, они склонялись, как «чай»: выпить чая, выпить кофия. И вот памятником давно умерших форм и является мужской род слова «кофе», в то время как законы живого языка втягивают его в средний род.

Кофе на пути к среднему роду

http://oper.ru/news/read.php?t=1051615533