Действие разворачивается в мире, который был уничтожен, но потом полностью воссоздан в виде заводного механизма. В один прекрасный день на дом ученика первого класса старшей школы Наото Миуры падает чёрный ящик, внутри которого оказывается девушка-автоматон.