Обычного японского работника Рокуро Окадзима отправляют в юго-восточную Азию в командировку с целью доставить компккт-диск с очень важной информацией. Но ситуация резко меняется после того, как на корабль, на котором находился Рокуро, атакуют пираты и главный герой попадает в плен. Для того, чтобы остаться в живых, он становится на сторону пиратов и теперь он член "Черной Лагуны". Вместе со своей новой командой он выполняет множество заданий. Это аниме о современных пиратах...