Принцесса Мария Анна (в семье ее называли Марианна), считалась наследницей престола, до появления ее брата Иосифа, впоследствии императора Иосифа II.

Получила хорошее домашнее образование, прекрасно музицировала, как и ее отец разделяла его увлечение естественными науками.  С детства страдала искривлением позвоночника (была горбата), отчего родители никогда не ставили вопрос о ее замужестве.

В 1757 году кода, ей было 19 лет Мария Анна перенесла тяжёлое лёгочное заболевание. Она была при смерти и получила миропомазание. Эрцгерцогиня выздоровела, но с тех пор страдала астмой.

В 1765 году семья гостила на свадьбе второго сына Марии-Терезии, Леопольда в Инсбруке. Проездом они посетили г.Клангенфурт, где Мария Анна побывала в женском монастыре. Эта поездка оказала на неё большое влияние. Кончина отца 18 августа 1765 года укрепила её в решении уйти в монастырь. Она приняла постриг в 1766 году и стала жить в женском монастыре в Праге, где получала пенсию в 20 000 гульденов. В дальнейшем эрцгерцогиня настояла на своём переводе в монастырь Клагенфурт, где для неё специально построили дом.

Под руководством Игнаца фон Борна Мария Анна занялась приумножением принадлежавшей её отцу коллекции минералов и насекомых, которая впоследствии стала частью Музея естествознания в Вене. Она также увлекалась нумизматикой и выпустила книгу о памятных монетах, выпущенных в царствование Марии-Терезии, занималась живописью и рисованием. Эрцгерцогиня интересовалась археологией и сама принимала участие в раскопках.

В 1780 году, после кончины Марии-Терезии, Мария Анна окончательно переселилась в Клагенфурт, где скончалась в 1789 году после тяжёлой болезни.

• Thea Leitner: Habsburgs vergessene Kinder, PIPER 1996, ISBN 3-492-21865-2