6 июня 1918 года состоялся допрос архиепископа. Святитель Андроник молча занял одно из кресел возле письменного стола и долго не отвечал ни на один вопрос. Затем снял панагию, завернул её в большой шёлковый лиловый платок, положил перед собой на письменный стол и, обращаясь к следователям, сказал: «Мы враги открытые, примирения между нами быть не может. Если бы я не был архипастырем и была необходимость решать вашу участь, то я, приняв грех на себя, приказал бы вас повесить немедленно. Больше нам разговаривать не о чем». Сказав это, он неспешно развернул платок, надел панагию, спокойно поправил её на груди и, весь погрузившись в молитву, не проронил более ни слова. Палачи отвезли исповедника в лес по Сибирскому тракту в ночь на 7 июня и заставили вырыть себе могилу, грозя закопать его живым. Закончив работу, Владыка минут десять помолился, поклонился на четыре стороны света, и лёг в своё последнее пристанище. Его тут же начали закапывать заживо, но священномученик не подавал признаков жизни. Несколькими выстрелами чекисты закончили свою «работу адову». Перед этим они сняли с Владыки архиерейский наперсный серебряный крест, на цепи от которого затем водили собаку.