Я как-то никогда не страдала от этого, но иногда сама обувь неприятно пахнет. Вот совет:

Чтобы избавиться от неприятного запаха в обуви, обильно протрите внутреннюю поверхность ваткой, смоченной перекисью водорода. Дайте обуви просохнуть и проветриться.

отсюда