Очень удобно когда операционка на флэшке, но кроме плюсов есть и минусы. К плюсам можно отнести: полностью настроенная под себя система, мобильность и скорость. Минус в необходимости иметь свободный компьютер без уже загруженной ос. Но это не проблема, при создании live usb Ubuntu, можно выбрать сколько места она займет на флэшке, минимум это 700Mb, так что даже на 1Gb флэшке остается еще место для casper-rw в котором будут храниться все настройки, дополнительные программы, учетные записи. И свободное место которое будет доступно из windows, потому что файловая система флэшки FAT32. На нем можно разместить портативные версии популярных программ для windows. Программы в большом ассортименте есть на сайте portableapps.com. Можно конечно хранить их на флэшке в открытом виде, но это крайне не рекомендуется. Во первых безопасность, во вторых вирусы, если компьтер к которому вы подключитесь заражен, ваши программы будут заражены сразу. Для такого случая пригодится dr.web curelt. Для безопасности советую воспользоваться Truecrypt я о нем уже писал раньше. Зашифрованный раздел вы сможете смонтировать как в windows так и в linux.

Причины по которым необходимо засекретить личные файлы бывают разные. Ваши закладки и пароли в сети. личная переписка, авторские материалы, фото и видео интимного характера. Хочу поделиться способами которыми сам давно пользуюсь. Есть замечательная бесплатная программа Truecrypt, с ее помощью вы можете зашифровать все что угодно. Программа кроссплатформенная, доступны версии для Windows Vista/XP/2000, Mac OS X и Linux (Ubuntu, OpenSuse), исходный код так же доступен. Размер программы 3 mb, требования к ресурсам минимальные.
С помощью Truecrypt вы можете создать зашифрованый файл размером до 2Gb, файл шифруется полностью и занимает на диске все 2Gb даже если он пуст, расширение файла значения не имеет никакого, вы его можете обозвать хоть Angels&Demons.avi или MSOffice2007_portable.zip )) или как угодно. Программа монтирует зашифрованый файл как еще один диск на вшем компьютере и вы можете сохранять на него как на обычный раздел жеского диска. Так же можно зашифровать полностью флэшку. После работы отмонтируете файл и все, как его и не было. Если вы забыли его отмонтировать, после перезагрузки он сам не появится. Порядок действий такой: Volumes\Create New Volume... и дальше по подсказкам, имеется большой выбор алгоритмов шифрования, если вы хотите использовать этот файл в разных ОС лучше выбрать файловую FAT. Для Windows на сайте truecript есть русификация, так что проблем не будет с пониманием. В linux версии для корректного отображения русскихимен файлов (для FAT32) в Settings\Preferences\Mount Options впишите iocharset=utf8. Вот собственно и все, просто и надежно.

А для полного комфорта можно зайти на сайт Portableapps накачать там портативных программ не требующих установки и абсолютно бесплатных, и разместить их на вашем секретном разделе. В итоге у вас будет свой браузер и почтовик которые кроме вас никто не сможет открыть и просмотреть где же вы были в интернете )) Удачи!