хм.. среди знакомых нет пользователей Миранды
не совсем уловил - какое именно поле было удалено и как? если можно - киньте принтскрин. думаю, что вполне попробовать самому разобраться, ваш опыт предыдущий пользования мессенджеров большой?
возможная причина
- проверка файлов на возможность записи, вполне вероятно, что на файле с историей встал атрибут R/O(только для чтения)
много зависит от сборки Миранды, качать и пользоваться стоит более менее последними версиями
скажу жуткую вещь.. поставьте QIP или &RQ - есть хорошая поддержка

мой общий вывод по контакт-листу(КЛ) такой:
КЛ хранится локально(в папке программы) и на сервере
серверный контакт-лист СКЛ обеспечивает вашему мессенджеру статусы контактов(онлайн,офлайн и т.п.) все контакты для серверного КЛ должны быть собраны в группы* (без групп контакты не сохраняются)
локальный контакт-лист ЛКЛ имеет смысл лишь как архив, для страховки (восстановить, если что)
* - группы создавать локально и после сохранять на сервер
** - сервер предлагает группы по умолчанию (если их не было или произошёл какой-то сбой. - General, Working..)
*** - есть некий (Contacts Manager) Менеджер контактов QIP - http://qip.ru/ru/pages/cm_ru/ подходит для Миранды, управляет КЛ (сохранение, удаление контактов на сервере)

немного пошарил по сети, вот что нашёл (если смотрели уже, то будем искать дальше)
вступление - что, где и как в Миранде - http://hotpaganini.ru/miranda.htm
основной FAQ по программе - http://forum.ru-board.com/topic.cgi?forum=5&topic=25182&start=0&limit=1&m=6#1
красивая на вид сборка Миранды - http://www.weaponplace.ru/miranda/miranda.html
капитальнейший форум по Миранде - http://forum.ru-board.com/topic.cgi?forum=5&topic=25182
вот самое началофорума (2003год) - http://forum.ru-board.com/topic.cgi?forum=5&topic=0899