Да вот только не знаем мы механизма выздоровления человека от смертельной болезни. А такие случаи бывают.

Правильно, мы многого ещё не знаем. Более того, по мере нахождения ответов на одни вопросы будут появляться другие, и так без конца - пока существует разумная жизнь. Когда было только-только открыто, что всё состоит из молекул, никто не задавался вопросом, сидят ли электроны внутри ядра, как изюм в булочке, или летают вокруг него, как планеты вокруг звёзд. Возможно, узнаем и этот самый механизм выздоровления. Но чтобы его узнать, нужно ставить научные опыты, отыскивать закономерности, выдвигать гипотезы, проверять их (опять же экспериментально!), при необходимости менять эти гипотезы или вовсе от них отказываться, выдвигать новые и так далее. Наука основывается не на вере, а на доказанных фактах.

болит что-то другое - душа, наверное. А что такое душа? Где она у человека?

Что такое душа? Это, выражаясь по-научному, наша нервная деятельность. Совокупность всех наших теоретических знаний и практических умений, всех наших симпатий и антипатий, наших воспоминаний о прошлом и надежд на будущее (или, наоборот, опасений) и так далее. А где она? В мозгу, конечно! Сознание есть функция мозга. И что представить все эти шастанья сознания, всё равно, что оторвать функцию от объекта и заставить её существовать самостоятельно.
Например, оторвать от желудка функцию переваривать пищу и выдумать такой ужас: бродит эта функция по вселенной и всё, во что она вселяется, начинает переваривать содержимое. Глупо, да? А как иначе с нашими фантазёрами, если не доводить до логического завершения сказанное ими же?
Опять же говорю, что человеческий мозг - это жутко сложная система. Тут работы для тысяч и тысяч учёных на многие сотни лет. Но именно учёных, а не болтунов.

Откуда в человеке заложен инстинкт самосохранения?

А уж это-то совсем просто: здесь действует механизм естественного отбора. Те, у кого не было инстинкта самосохранения, давно вымерли. Здесь мне вспоминается фраза неизвестного (мне) автора:
Когда дети спрашивают, почему у бобра большие передние зубы, взрослые обычно отвечают: "Чтобы было удобнее грызть деревья и складывать из них плотину". Хотя правильный ответ должен быть: "Потому что выжили бобры с большими зубами, а с мелкими - вымерли. Так уж устроена эволюция: мы видим лишь выжившие виды, а их особенности - это то, что помогло им выжить. Природа не помогает животным, в ней остаются в живых те, кто приспособился удачнее". Так что почти на все такие вопросы можно отвечать: "Остальные умерли". "Почему у зайца зимой белая шубка?" - "Других зимой съели волки и лисы". "Почему у зебры полоски?" - "Бесполосых съели хищники". "Почему у слона большие уши?" - "Слоны с маленькими ушами вымерли от жары".

Кто нас придумал, почему мы столь несовершенны?

Так вот, уже одно то, что мы столь несовершенны, и показывает, что нас никто не придумал. Как пишет Анна Гриневская,
Возьмём самый животрепещущий пример с происхождением человека. Хотя бы потому, что именно создание человека и есть единственная причина для существования бога. А вы знаете другую причину выдумывания бога?
Сначала рассмотрим всё по порядку. Так, как делают учёные.
Начнём с того, что у природы не было никаких планов по созданию человека. Действовала она всяко. В общем, как получится.
Как-то же должно было получиться? Получилось так. Со всякими там огрехами. И мы об этом знаем.
А если бы не получилось, то нас бы не было и мы ничего об этой неудаче природы не знали.
Сколько планет так и остались без разумной жизни, потому что там не получилось. Только об этом никто (на этих планетах!) не знает.
Сложно, непросто. Не всё знаем. Но общая картина ясна. А детали со временем проясним.
И есть у меня надежда, что когда научимся читать ДНК более полно и в другом масштабе, то проясним и те моменты, которые эксплуатируются ныне противниками теории эволюции.
Таким образом, мы видим конечный результат реально происходивших процессов. И ни один из этих процессов извне навязан не был. А смысл их навязывать?
Если некто создаёт жизнь, то он ЕЁ и создает. А не условия.
Представляете, взялись Вы строить дом и вместо того, чтобы строить, меняли бы окружающую среду, пока бы не вырос дом. (Это тоже приём идеалистов, кстати. Мысленный эксперимент, выраженный рефреном: а представьте... чего-то там.)
Что характеризует случайно порождённое существо от искусственно созданного? Прежде всего, невероятная избыточная сложность природного порождения.
Природа слепа, действует методом тыка и даже включающиеся в процесс творения законы, далеко не все из которых известны нам, не могут нивелировать эту избыточность. Не могут упростить.
Потому что именно упрощение есть качество разума. Не говоря уж о чудном выражении - совершенство просто.
Но мы настолько несовершенны, мы подвержены такому количеству болезней, что диву даёшься. Любой наш орган - это место проживания паразитных форм жизни.
Откуда они взялись, господа идеалисты? Бог творил для нас паразитов? Однако, ну и занятие вы ему приписали. Э, нет, сердитесь сами на себя. В моей концепции жизни бог точно не творил паразитов.
Только миллионы лет эволюционного приспособления позволили им овладеть нашими органами. Причём. В сравнительном балансе симбиоза. Иначе они сразу убивали бы нас.

Теория большого взрыва - а кто этот взрыв организовал?

А почему Вы считаете, что этот взрыв должен был кто-то организовать? Почему взрыв не мог произойти от естественных причин? Впрочем, как говорится в анекдоте про Большой Взрыв, "В начале было слово. И это слово было - "Поберегись!.. А, чёрт!""

Ученые в коллайдере ищут частицу бога - самую мельчайшую.

Про коллайдер и его отношение к Большому Взрыву тоже есть анекдот, отсылающий нас к фильму "Ирония судьбы": "У физиков сложилась традиция: каждые ... миллиардов лет собираться и строить коллайдер".

Так бог - велик или мал?

Каким мы его придумаем, таким он и будет. Захотим - больше галактики, а захотим - меньше элементарной частицы. В любом случае это будет только наша фантазия. Опять же сошлюсь на статью Анны Гриневской "Золотые часы Хоттабыча":
Чем отличается реальный мир от мира воображаемого?
А отличается он одним кардинальным качеством, которое превращает в фикцию любую нашу выдумку.
Всё реально существующее как-то устроено. Обладает реальными свойствами и подчиняется объективным законам мира.
А как устроена наша выдумка? Да никак. Никакими реальными свойствами не обладает и законы объективного мира ей до лампочки. Нафантазировать можно, конечно, много чего, кто мешает?
Есть не только слова. Можно ещё нарисовать. Из пластилина слепить. Или как Хоттабыч - тох-тиби-дох! - часы золотые создать. Только часы эти ходить не будут, потому как это фикция. Видимость. Блеск.
В чем ещё особенность реально существующего объекта? Он индивидуален. И он единственный. Это и неудивительно. Слишком многое из разных факторов принимало участие в его производстве.
Понимаете, к чему я веду? Даже если люди фантазируют, как они думают, об одном объекте, у них получатся разные объекты. И свойства будут разными. В зависимости, кто думал, и насколько сильно развито воображение.
Что же касается реального объекта, возьмём, стул, к примеру, то понятно, каждый человек тоже будет видеть его немного иначе. Или говоря, философским языком, у каждого человека в его сознании отразится "свой" стул. Но сам стул от всех этих его отражений нисколько не зависит. Он как был стул, так им остался, в абсолютной независимости, кто там что о нём думает.
Поэтому много людей могут только создать в сумме некий туманный объект, который они всё время должны в своем сознании поддерживать напряжением мысли.
Иначе говоря, чтобы бог существовал, о нём надо думать. А надо ли думать о стуле?
Не надо. Он существует реально. Потому что независим от наших мыслей.
Стоит ли терять время на создание фикций? Каждый выбирает сам. Вольному воля.
Самому’ же Миру вокруг совершенно всё равно, что’ мы там думаем, что’ намоливаем и чем морочим себе голову.
И самому духовному человеку надо сажать хлеб. А вот когда хлеб посажен, можно и душу отвести. Но только в такой последовательности.

Вселенная разумна. Она может ВСЁ - создать солнечную систему, Луну запустить вокруг земли.

Да где Вы видите эту разумность? Была бы она разумна - так во-первых, и мы были бы совершенны и устроены гораздо проще, чем на самом деле, а во-вторых, космос просто кишел бы всякой жизнью, и можно было бы запросто летать с планеты на планету, как в Алисиных повестях Кира Булычёва. Остальное я уже сказал в комментарии от 18:50 (то есть это опять же Анна Гриневская): "Кто нас придумал, почему мы столь несовершенны?"

И напоследок хочу сказать, что мне понравилась надпись на Вашем сегодняшнем аватаре: "Пишите жизнь на чистовик! Переписывать некогда." Очень, я бы сказал, атеистическая надпись. Так и есть - никакой "следующей, загробной жизни" не будет. Жизнь одна, и другой не будет. И поэтому мы, атеисты - одни из самых счастливых людей, потому что они точно знают, что жизнь одна, она конечна и весьма коротка. И поэтому они наслаждаются этой короткой вспышкой как никто другой. Они не откладывают ничего на потом, не тратят время впустую. Так и вы - спешите жить! Любить, радоваться, познавать, открывать, путешествовать, читать интересные книги, слушать прекрасную музыку и просто получать удовольствие от этой короткой, но от этого не менее великолепной жизни.
Как говорила всё та же Анна Гриневская, (а ссылки-то на неё каждый раз новые, именно на ту статью, откуда взята соответствующая цитата), "Смерть - неотъемлемая часть жизни, и страшна не она. Страшна бесцельно прожитая жизнь, жизнь не на основе выбора свободного разума и вечно развивающейся души, а навязанная извне, соблазняющая раем на халяву, и ведущая в тупик."