Нам понадобится полупрозрачный пластик, в данном случае был использован полный блок  Скальпи 5310 (56 г) и небольшое количество цветного (был взят фимо: сахара (№70), карамель (№7) и медный металлик (№27). 
На самом деле можно использовать другие оттенки, потому что агат очень разнообразен в окраске, я рассказываю только сам принцип.



Разделить полупрозрачный пластик на 4-5 равных частей. Одну часть оставить неокрашенной. В другие вмешать цветной пластик или смесь цветных пластиков, чтобы получить несколько разных оттенков от светлого до темного. (Для ориентира можно взять фото среза агата.)  
Итак, у нас получилось несколько шариков разного цвета.
Разделить каждый шарик на 2-3-части и раскатать слоями разной толщины.
Вырезать из раскатанных слоев одинаковые фигуры - использовалась квадратная вырезка для печенья. 
Некоторые из вырезанных кусочков покрасить белой акриловой краской тонким слоем. (на фото - два верхних квадрата справа и один в центре, в среднем ряду)


Когда краска подсохнет, сложить квадратики друг на друга, от темного к светлому, чередуя слои разной толщины и разного цвета. Здесь уже предел - ваша фантазия или, опять же, - фотография агата.
Получится примерно вот такой кубик:


Дальше можно действовать разными способами:
Например, отрезать от кубика вертикально слой


Поскольку у агата слои хоть и параллельны друг другу, но все же не идеально, то нам тоже нужно деформировать полученный срез, и только потом наложить на основу из полупрозрачного пластика, и сформировать бусину. Полупрозрачная основа нужна для того, чтобы наша имитация тоже оставалась полупрозрачной и немного просвечивалась на свету.


Можно пойти другим путем: нарезать большой кубик на маленькие или вырезать формочками любые другие фигурки - пирамидки, башенки, и уже из них формировать бусины. В этом случае полупрозрачная основа уже будет не нужна.


Вот вроде и все. Удачи!