ИМХО лучше бэкапить не т.н. раб. стол, а хомяк целиком, т.к. файлы с пользовательскими настройками лежат НЕ на раб. столе, а непосредственно в /home/$username
А чтобы не попортить права доступа к файлам, лучше всего флэшку форматировать не как NTFS или FAT32, но как ext2 (или ext3-ext4, но без журнала). Правда, под виндой эта бэкапная флэшка без доп. драйверов читаться не будет, но а) винда не нужна; б) если есть необходимость в обмене файлами с виндой, то для этих целей можно держать отдельную флэшку с FAT32.